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万見
- EMDB-20806: Single-Particle Cryo-EM Structure of Plasmodium falciparum Chloro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20806
タイトルSingle-Particle Cryo-EM Structure of Plasmodium falciparum Chloroquine Resistance Transporter (PfCRT) 7G8 Isoform
マップデータSharpened map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Plasmodium falciparum Chloroquine Resistance Transporter (PfCRT) 7G8 Isoform Complexed with Fab
    • 細胞器官・細胞要素: Plasmodium falciparum Chloroquine Resistance Transporter (PfCRT)
      • タンパク質・ペプチド: Chloroquine resistance transporter
    • 細胞器官・細胞要素: Antigen-binding fragment (Fab)
      • タンパク質・ペプチド: Fab Heavy ChainFragment antigen-binding
      • タンパク質・ペプチド: Fab Light ChainFragment antigen-binding
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
機能・相同性Chloroquine-resistance transporter-like / Chloroquine resistance transporter / CRT-like, chloroquine-resistance transporter-like / vacuolar membrane / xenobiotic transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / Chloroquine resistance transporter
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum 7G8 (マラリア病原虫) / Homo sapiens (ヒト) / Plasmodium falciparum (isolate 7G8) (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kim J / Tan YZ / Wicht KJ / Erramilli SK / Dhingra SK / Okombo J / Vendome J / Hagenah LM / Giacometti SI / Warren AL ...Kim J / Tan YZ / Wicht KJ / Erramilli SK / Dhingra SK / Okombo J / Vendome J / Hagenah LM / Giacometti SI / Warren AL / Nosol K / Roepe PD / Potter CS / Carragher B / Kossiakoff AA / Quick M / Fidock DA / Mancia F
資金援助 米国, 9件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM111980 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 AI124678 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37 AI50234 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 AI506312 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM119396 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 HL120826 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AI111962 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM116799 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103310 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure and drug resistance of the Plasmodium falciparum transporter PfCRT.
著者: Jonathan Kim / Yong Zi Tan / Kathryn J Wicht / Satchal K Erramilli / Satish K Dhingra / John Okombo / Jeremie Vendome / Laura M Hagenah / Sabrina I Giacometti / Audrey L Warren / Kamil Nosol ...著者: Jonathan Kim / Yong Zi Tan / Kathryn J Wicht / Satchal K Erramilli / Satish K Dhingra / John Okombo / Jeremie Vendome / Laura M Hagenah / Sabrina I Giacometti / Audrey L Warren / Kamil Nosol / Paul D Roepe / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Anthony A Kossiakoff / Matthias Quick / David A Fidock / Filippo Mancia /
要旨: The emergence and spread of drug-resistant Plasmodium falciparum impedes global efforts to control and eliminate malaria. For decades, treatment of malaria has relied on chloroquine (CQ), a safe and ...The emergence and spread of drug-resistant Plasmodium falciparum impedes global efforts to control and eliminate malaria. For decades, treatment of malaria has relied on chloroquine (CQ), a safe and affordable 4-aminoquinoline that was highly effective against intra-erythrocytic asexual blood-stage parasites, until resistance arose in Southeast Asia and South America and spread worldwide. Clinical resistance to the chemically related current first-line combination drug piperaquine (PPQ) has now emerged regionally, reducing its efficacy. Resistance to CQ and PPQ has been associated with distinct sets of point mutations in the P. falciparum CQ-resistance transporter PfCRT, a 49-kDa member of the drug/metabolite transporter superfamily that traverses the membrane of the acidic digestive vacuole of the parasite. Here we present the structure, at 3.2 Å resolution, of the PfCRT isoform of CQ-resistant, PPQ-sensitive South American 7G8 parasites, using single-particle cryo-electron microscopy and antigen-binding fragment technology. Mutations that contribute to CQ and PPQ resistance localize primarily to moderately conserved sites on distinct helices that line a central negatively charged cavity, indicating that this cavity is the principal site of interaction with the positively charged CQ and PPQ. Binding and transport studies reveal that the 7G8 isoform binds both drugs with comparable affinities, and that these drugs are mutually competitive. The 7G8 isoform transports CQ in a membrane potential- and pH-dependent manner, consistent with an active efflux mechanism that drives CQ resistance, but does not transport PPQ. Functional studies on the newly emerging PfCRT F145I and C350R mutations, associated with decreased PPQ susceptibility in Asia and South America, respectively, reveal their ability to mediate PPQ transport in 7G8 variant proteins and to confer resistance in gene-edited parasites. Structural, functional and in silico analyses suggest that distinct mechanistic features mediate the resistance to CQ and PPQ in PfCRT variants. These data provide atomic-level insights into the molecular mechanism of this key mediator of antimalarial treatment failures.
履歴
登録2019年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月4日-
マップ公開2019年12月4日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ukj
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20806.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20806.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.035 Å
密度
表面レベル登録者による: 8 / ムービー #1: 8
最小 - 最大-18.20441 - 42.020454
平均 (標準偏差)-0.00000000000 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 310.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0351.0351.035
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z310.500310.500310.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-18.20442.020-0.000

-
添付データ

+
マスク #1

ファイルemd_20806_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #2

ファイルemd_20806_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_20806_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Local resolution map

ファイルemd_20806_additional_2.map
注釈Local resolution map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3DFSC - PfCRT with Fab, Raw

ファイルemd_20806_additional_3.map
注釈3DFSC - PfCRT with Fab, Raw
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3DFSC - PfCRT with Fab, Thresholded

ファイルemd_20806_additional_4.map
注釈3DFSC - PfCRT with Fab, Thresholded
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3DFSC - PfCRT with Fab, Thresholded and Binarized

ファイルemd_20806_additional_5.map
注釈3DFSC - PfCRT with Fab, Thresholded and Binarized
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3DFSC - PfCRT only, Raw

ファイルemd_20806_additional_6.map
注釈3DFSC - PfCRT only, Raw
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3DFSC - PfCRT Only, Thresholded

ファイルemd_20806_additional_7.map
注釈3DFSC - PfCRT Only, Thresholded
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3DFSC - PfCRT only, Thresholded and binarized

ファイルemd_20806_additional_8.map
注釈3DFSC - PfCRT only, Thresholded and binarized
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_20806_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_20806_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Plasmodium falciparum Chloroquine Resistance Transporter (PfCRT) ...

全体名称: Plasmodium falciparum Chloroquine Resistance Transporter (PfCRT) 7G8 Isoform Complexed with Fab
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Plasmodium falciparum Chloroquine Resistance Transporter (PfCRT) 7G8 Isoform Complexed with Fab
    • 細胞器官・細胞要素: Plasmodium falciparum Chloroquine Resistance Transporter (PfCRT)
      • タンパク質・ペプチド: Chloroquine resistance transporter
    • 細胞器官・細胞要素: Antigen-binding fragment (Fab)
      • タンパク質・ペプチド: Fab Heavy ChainFragment antigen-binding
      • タンパク質・ペプチド: Fab Light ChainFragment antigen-binding
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: Plasmodium falciparum Chloroquine Resistance Transporter (PfCRT) ...

超分子名称: Plasmodium falciparum Chloroquine Resistance Transporter (PfCRT) 7G8 Isoform Complexed with Fab
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 102 KDa

-
超分子 #2: Plasmodium falciparum Chloroquine Resistance Transporter (PfCRT)

超分子名称: Plasmodium falciparum Chloroquine Resistance Transporter (PfCRT)
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 7G8 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 49 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293 F

-
超分子 #3: Antigen-binding fragment (Fab)

超分子名称: Antigen-binding fragment (Fab) / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: Chloroquine resistance transporter

分子名称: Chloroquine resistance transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 7G8) (マラリア病原虫)
株: isolate 7G8
分子量理論値: 53.074461 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGRAKFASKK NNQKNSSKND ERYRELDNLV QEGNGSRLGG GSCLGKCAHV FKLIFKEIKD NIFIYILSII YLSVSVMNTI FAKRTLNKI GNYSFVTSET HNFICMIMFF IVYSLFGNKK GNSKERHRSF NLQFFAISML DACSVILAFI GLTRTTGNIQ S FVLQLSIP ...文字列:
MGRAKFASKK NNQKNSSKND ERYRELDNLV QEGNGSRLGG GSCLGKCAHV FKLIFKEIKD NIFIYILSII YLSVSVMNTI FAKRTLNKI GNYSFVTSET HNFICMIMFF IVYSLFGNKK GNSKERHRSF NLQFFAISML DACSVILAFI GLTRTTGNIQ S FVLQLSIP INMFFCFLIL RYRYHLYNYL GAVIIVVTIA LVEMKLSFET QEENSIIFNL VLISSLIPVC FSNMTREIVF KK YKIDILR LNAMVSFFQL FTSCLILPVY TLPFLKQLHL PYNEIWTNIK NGFACLFLGR NTVVENCGLG MAKLCDDCDG AWK TFALFS FFDICDNLIT SYIIDKFSTM TYTIVSCIQG PALAIAYYFK FLAGDVVREP RLLDFVTLFG YLFGSIIYRV GNII LERKK MRNEENEDSE GELTNVDSII TQAAAGGGSG GGSENLYFQG SHHHHHHHHH HWSHPQFEK

-
分子 #2: Fab Heavy Chain

分子名称: Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.737631 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSYSYIHWV RQAPGKGLEW VASIYPYSGY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYGSNYSFW YRGSSVTYAI DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSYSYIHWV RQAPGKGLEW VASIYPYSGY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYGSNYSFW YRGSSVTYAI DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT HT C

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分子 #3: Fab Light Chain

分子名称: Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.355898 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSTWPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSTWPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #4: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.56 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム

詳細: Solution was filtered and degassed.
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blot for 2 seconds before plunging..
詳細Protein was incorporated into lipid nanodiscs and complexed with Fab.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0018 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0012 µm / 倍率（公称値）: 215000
特殊光学系球面収差補正装置: Cs corrector was used. / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-80 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3377 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 91.56 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 183241
CTF補正ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 2.1), cisTEM (ver. 1), cryoSPARC (ver. 2))
詳細: CTF was estimated using GCTF and refined throughout the pipeline using cisTEM.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model / 詳細: Ab initio model was generated in CryoSPARC
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: Non-uniform refinement in CryoSPARC was used.
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 17841 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
詳細: Ab initio refinement using 2 models in CryoSPARC was used for classification.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: Non-uniform refinement in CryoSPARC was used.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1)
詳細: CisTEM was used to reconstruct the final map using original (non-signal subtracted) particles.
使用した粒子像数: 17030
詳細Energy filter slit width of 20 eV was used during the collection and was aligned automatically every hour using Leginon.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4xmm

chain_id: H

4xmm

chain_id: L
詳細Rosetta was used to generate an ab initio model for the PfCRT using the map. 4XMM chains H and L were used as starting point to model the Fab.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6ukj:
Single-Particle Cryo-EM Structure of Plasmodium falciparum Chloroquine Resistance Transporter (PfCRT) 7G8 Isoform

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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