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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20538 | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of NA-22 Fab in complex with N9 Shangahi2 | |||||||||
マップデータ | CryoEM map of NA-22 Fab in complex with N9 Shanghai | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A/environment/Shanghai/S1439/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Ward AB / Turner HL / Zhu X | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019 タイトル: Structural Basis of Protection against H7N9 Influenza Virus by Human Anti-N9 Neuraminidase Antibodies. 著者: Xueyong Zhu / Hannah L Turner / Shanshan Lang / Ryan McBride / Sandhya Bangaru / Iuliia M Gilchuk / Wenli Yu / James C Paulson / James E Crowe / Andrew B Ward / Ian A Wilson / 要旨: Influenza virus neuraminidase (NA) is a major target for small-molecule antiviral drugs. Antibodies targeting the NA surface antigen could also inhibit virus entry and egress to provide host ...Influenza virus neuraminidase (NA) is a major target for small-molecule antiviral drugs. Antibodies targeting the NA surface antigen could also inhibit virus entry and egress to provide host protection. However, our understanding of the nature and range of target epitopes is limited because of a lack of human antibody structures with influenza neuraminidase. Here, we describe crystal and cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of NAs from human-infecting avian H7N9 viruses in complex with five human anti-N9 antibodies, systematically defining several antigenic sites and antibody epitope footprints. These antibodies either fully or partially block the NA active site or bind to epitopes distant from the active site while still showing neuraminidase inhibition. The inhibition of antibodies to NAs was further analyzed by glycan array and solution-based NA activity assays. Together, these structural studies provide insights into protection by anti-NA antibodies and templates for the development of NA-based influenza virus vaccines and therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20538.map.gz | 117.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20538-v30.xml emd-20538.xml | 20.4 KB 20.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20538_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20538.png | 104.1 KB | ||
マスクデータ | emd_20538_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_20538_half_map_1.map.gz emd_20538_half_map_2.map.gz | 115.5 MB 115.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20538 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20538 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20538_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20538_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20538_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20538_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20538 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20538 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20538.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of NA-22 Fab in complex with N9 Shanghai | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_20538_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A of CryoEM map of NA-22 Fab in complex with N9 Shanghai
ファイル | emd_20538_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of CryoEM map of NA-22 Fab in complex with N9 Shanghai | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of CryoEM map of NA-22 Fab in complex with N9 Shanghai
ファイル | emd_20538_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of CryoEM map of NA-22 Fab in complex with N9 Shanghai | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NA-22 Fab in complex with N9 Shanghai2
全体 | 名称: NA-22 Fab in complex with N9 Shanghai2 |
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要素 |
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-超分子 #1: NA-22 Fab in complex with N9 Shanghai2
超分子 | 名称: NA-22 Fab in complex with N9 Shanghai2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: N9 Shanghai2
超分子 | 名称: N9 Shanghai2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/environment/Shanghai/S1439/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) |
-超分子 #3: NA-22 Fab
超分子 | 名称: NA-22 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Neuraminidase
分子 | 名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/environment/Shanghai/S1439/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/environment/Shanghai/S1439/2013(H7N9) |
分子量 | 理論値: 48.214508 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: LKPGCNCSHS QPETTNTSQT IINNYYNETN ITNIQMEERT SRNFNNLTKG LCTINSWHIY GKDNAVRIGE SSDVLVTREP YVSCDPDEC RFYALSQGTT IRGKHSNGTI HDRSQYRALI SWPLSSPPTV YNSRVECIGW SSTSCHDGKS RMSICISGPN N NASAVVWY ...文字列: LKPGCNCSHS QPETTNTSQT IINNYYNETN ITNIQMEERT SRNFNNLTKG LCTINSWHIY GKDNAVRIGE SSDVLVTREP YVSCDPDEC RFYALSQGTT IRGKHSNGTI HDRSQYRALI SWPLSSPPTV YNSRVECIGW SSTSCHDGKS RMSICISGPN N NASAVVWY NRRPVAEINT WARNILRTQE SECVCHNGVC PVVFTDGSAT GPADTRIYYF KEGKILKWES LTGTAKHIEE CS CYGERTG ITCTCRDNWQ GSNRPVIQID PVAMTHTSQY ICSPVLTDNP RPNDPNIGKC NDPYPGNNNN GVKGFSYLDG ANT WLGRTI STASRSGYEM LKVPNALTDD RSKPIQGQTI VLNADWSGYS GSFMDYWAEG DCYRACFYVE LIRGRPKEDK VWWT SNSIV SMCSSTEFLG QWNWPDGAKI EYFL |
-分子 #2: NA-22 fragment antigen binding light chain
分子 | 名称: NA-22 fragment antigen binding light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.774986 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) |
配列 | 文字列: QSVLTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG GYNYVSWHQQ HPGKAPKLMI YDVSNRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QTEDEADYY CSSYTSSTTN VFGTGTKVTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列: QSVLTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG GYNYVSWHQQ HPGKAPKLMI YDVSNRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QTEDEADYY CSSYTSSTTN VFGTGTKVTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS |
-分子 #3: NA-22 fragment antigen binding heavy chain
分子 | 名称: NA-22 fragment antigen binding heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.373496 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFN NYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKD KRFITMILVG PFDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFN NYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKD KRFITMILVG PFDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKRVEPKSC |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.478 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.25 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |