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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13814 | |||||||||
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タイトル | AMP-PCP-treated A-like U2 snRNP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Splicing / snRNP (核内低分子リボ核タンパク質) / Spliceosome (スプライセオソーム) / NUCLEAR PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Tholen J / Galej WP | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structural basis of branch site recognition by the human spliceosome. 著者: Jonas Tholen / Michal Razew / Felix Weis / Wojciech P Galej / 要旨: Recognition of the intron branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is a critical event during spliceosome assembly. In mammals, BS sequences are poorly conserved, and ...Recognition of the intron branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is a critical event during spliceosome assembly. In mammals, BS sequences are poorly conserved, and unambiguous intron recognition cannot be achieved solely through a base-pairing mechanism. We isolated human 17 U2 snRNP and reconstituted in vitro its adenosine 5´-triphosphate (ATP)–dependent remodeling and binding to the pre–messenger RNA substrate. We determined a series of high-resolution (2.0 to 2.2 angstrom) structures providing snapshots of the BS selection process. The substrate-bound U2 snRNP shows that SF3B6 stabilizes the BS:U2 snRNA duplex, which could aid binding of introns with poor sequence complementarity. ATP-dependent remodeling uncoupled from substrate binding captures U2 snRNA in a conformation that competes with BS recognition, providing a selection mechanism based on branch helix stability. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13814.map.gz | 173.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13814-v30.xml emd-13814.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13814.png | 64.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13814.cif.gz | 4.6 KB | ||
その他 | emd_13814_half_map_1.map.gz emd_13814_half_map_2.map.gz | 322.2 MB 322.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13814 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13814 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.94 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_13814_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_13814_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : AMP-PCP-treated A-like U2 snRNP
全体 | 名称: AMP-PCP-treated A-like U2 snRNP |
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要素 |
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-超分子 #1: AMP-PCP-treated A-like U2 snRNP
超分子 | 名称: AMP-PCP-treated A-like U2 snRNP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10 詳細: Spliceosomal complex A-like U2 snRNP generated by binding BPS oligo in the presence of AMP-PCP to 17S U2 snRNP that was isolated from nuclear extract of HEK293F cells by affinity chromatography. |
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分子量 | 理論値: 300 KDa |
-超分子 #2: A-like U2 snRNP
超分子 | 名称: A-like U2 snRNP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#9 詳細: Spliceosomal complex A-like U2 snRNP generated by binding BPS oligo in the presence of AMP-PCP to 17S U2 snRNP that was isolated from nuclear extract of HEK293F cells by affinity chromatography. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: BPS Oligo
超分子 | 名称: BPS Oligo / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #10 / 詳細: BPS oligo |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
詳細: Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol. | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 150000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2230 / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 320883 |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / ソフトウェア - 詳細: Ab-initio reconstruction |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 63915 |