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万見
- EMDB-13393: The structure of human neurofibromin isoform 2 in closed conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13393
タイトルThe structure of human neurofibromin isoform 2 in closed conformation
マップデータDeepEMhancer sharpened map. Main map.
試料
  • 複合体: Homo-dimer of human Neurofibromin Isoform 2
    • タンパク質・ペプチド: Neurofibromin
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / mast cell apoptotic process ...positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / mast cell apoptotic process / negative regulation of mast cell proliferation / Schwann cell proliferation / vascular associated smooth muscle cell proliferation / mast cell proliferation / glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of adenylate cyclase activity / regulation of cell-matrix adhesion / forebrain morphogenesis / negative regulation of neurotransmitter secretion / hair follicle maturation / regulation of blood vessel endothelial cell migration / cell communication / smooth muscle tissue development / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / camera-type eye morphogenesis / sympathetic nervous system development / myelination in peripheral nervous system / myeloid leukocyte migration / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylcholine binding / peripheral nervous system development / metanephros development / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / collagen fibril organization / endothelial cell proliferation / regulation of bone resorption / regulation of long-term synaptic potentiation / neural tube development / forebrain astrocyte development / regulation of postsynapse organization / 顔料 / artery morphogenesis / negative regulation of neuroblast proliferation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / adrenal gland development / negative regulation of protein import into nucleus / negative regulation of cell-matrix adhesion / spinal cord development / regulation of GTPase activity / negative regulation of MAPK cascade / Rac protein signal transduction / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / negative regulation of astrocyte differentiation / neuroblast proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of angiogenesis / Schwann cell development / negative regulation of stem cell proliferation / negative regulation of fibroblast proliferation / skeletal muscle tissue development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell proliferation / GTPase activator activity / extracellular matrix organization / negative regulation of angiogenesis / osteoclast differentiation / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of cell migration / liver development / negative regulation of MAP kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / long-term synaptic potentiation / stem cell proliferation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / brain development / negative regulation of protein kinase activity / visual learning / wound healing / cerebral cortex development / 認識 / osteoblast differentiation / positive regulation of GTPase activity / Regulation of RAS by GAPs / protein import into nucleus / positive regulation of neuron apoptotic process / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / presynapse / cellular response to heat / heart development / fibroblast proliferation / actin cytoskeleton organization / 遺伝子発現の調節 / 血管新生
類似検索 - 分子機能
Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) ...Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Rho GTPase activation protein / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Naschberger A / Baradaran R / Carroni M / Rupp B
資金援助 オーストリア, 3件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg Foundation431042 オーストリア
Austrian Science FundP28395 オーストリア
Austrian Science FundI5152 オーストリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: The structure of neurofibromin isoform 2 reveals different functional states.
著者: Andreas Naschberger / Rozbeh Baradaran / Bernhard Rupp / Marta Carroni /
要旨: The autosomal dominant monogenetic disease neurofibromatosis type 1 (NF1) affects approximately one in 3,000 individuals and is caused by mutations in the NF1 tumour suppressor gene, leading to ...The autosomal dominant monogenetic disease neurofibromatosis type 1 (NF1) affects approximately one in 3,000 individuals and is caused by mutations in the NF1 tumour suppressor gene, leading to dysfunction in the protein neurofibromin (Nf1). As a GTPase-activating protein, a key function of Nf1 is repression of the Ras oncogene signalling cascade. We determined the human Nf1 dimer structure at an overall resolution of 3.3 Å. The cryo-electron microscopy structure reveals domain organization and structural details of the Nf1 exon 23a splicing isoform 2 in a closed, self-inhibited, Zn-stabilized state and an open state. In the closed conformation, HEAT/ARM core domains shield the GTPase-activating protein-related domain (GRD) so that Ras binding is sterically inhibited. In a distinctly different, open conformation of one protomer, a large-scale movement of the GRD occurs, which is necessary to access Ras, whereas Sec14-PH reorients to allow interaction with the cellular membrane. Zn incubation of Nf1 leads to reduced Ras-GAP activity with both protomers in the self-inhibited, closed conformation stabilized by a Zn binding site between the N-HEAT/ARM domain and the GRD-Sec14-PH linker. The transition between closed, self-inhibited states of Nf1 and open states provides guidance for targeted studies deciphering the complex molecular mechanism behind the widespread neurofibromatosis syndrome and Nf1 dysfunction in carcinogenesis.
履歴
登録2021年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月17日-
マップ公開2021年11月17日-
更新2021年11月24日-
現状2021年11月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pgr
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13393.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13393.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 396.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer sharpened map. Main map.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4638 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.0017440361 - 1.654744
平均 (標準偏差)0.0002305105 (±0.009314227)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ470470470
Spacing470470470
セルA=B=C: 687.98596 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.46381.46381.4638
M x/y/z470470470
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z687.986687.986687.986
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS470470470
D min/max/mean-0.0021.6550.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13393_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local resolution filtered map.

ファイルemd_13393_additional_1.map
注釈Local resolution filtered map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_13393_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_13393_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homo-dimer of human Neurofibromin Isoform 2

全体名称: Homo-dimer of human Neurofibromin Isoform 2
要素
  • 複合体: Homo-dimer of human Neurofibromin Isoform 2
    • タンパク質・ペプチド: Neurofibromin
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Homo-dimer of human Neurofibromin Isoform 2

超分子名称: Homo-dimer of human Neurofibromin Isoform 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量実験値: 640 KDa

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分子 #1: Neurofibromin

分子名称: Neurofibromin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 319.757656 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAHRPVEWV QAVVSRFDEQ LPIKTGQQNT HTKVSTEHNK ECLINISKYK FSLVISGLTT ILKNVNNMRI FGEAAEKNLY LSQLIILDT LEKCLAGQPK DTMRLDETML VKQLLPEICH FLHTCREGNQ HAAELRNSAS GVLFSLSCNN FNAVFSRIST R LQELTVCS ...文字列:
MAAHRPVEWV QAVVSRFDEQ LPIKTGQQNT HTKVSTEHNK ECLINISKYK FSLVISGLTT ILKNVNNMRI FGEAAEKNLY LSQLIILDT LEKCLAGQPK DTMRLDETML VKQLLPEICH FLHTCREGNQ HAAELRNSAS GVLFSLSCNN FNAVFSRIST R LQELTVCS EDNVDVHDIE LLQYINVDCA KLKRLLKETA FKFKALKKVA QLAVINSLEK AFWNWVENYP DEFTKLYQIP QT DMAECAE KLFDLVDGFA ESTKRKAAVW PLQIILLILC PEIIQDISKD VVDENNMNKK LFLDSLRKAL AGHGGSRQLT ESA AIACVK LCKASTYINW EDNSVIFLLV QSMVVDLKNL LFNPSKPFSR GSQPADVDLM IDCLVSCFRI SPHNNQHFKI CLAQ NSPST FHYVLVNSLH RIITNSALDW WPKIDAVYCH SVELRNMFGE TLHKAVQGCG AHPAIRMAPS LTFKEKVTSL KFKEK PTDL ETRSYKYLLL SMVKLIHADP KLLLCNPRKQ GPETQGSTAE LITGLVQLVP QSHMPEIAQE AMEALLVLHQ LDSIDL WNP DAPVETFWEI SSQMLFYICK KLTSHQMLSS TEILKWLREI LICRNKFLLK NKQADRSSCH FLLFYGVGCD IPSSGNT SQ MSMDHEELLR TPGASLRKGK GNSSMDSAAG CSGTPPICRQ AQTKLEVALY MFLWNPDTEA VLVAMSCFRH LCEEADIR C GVDEVSVHNL LPNYNTFMEF ASVSNMMSTG RAALQKRVMA LLRRIEHPTA GNTEAWEDTH AKWEQATKLI LNYPKAKME DGQAAESLHK TIVKRRMSHV SGGGSIDLSD TDSLQEWINM TGFLCALGGV CLQQRSNSGL ATYSPPMGPV SERKGSMISV MSSEGNADT PVSKFMDRLL SLMVCNHEKV GLQIRTNVKD LVGLELSPAL YPMLFNKLKN TISKFFDSQG QVLLTDTNTQ F VEQTIAIM KNLLDNHTEG SSEHLGQASI ETMMLNLVRY VRVLGNMVHA IQIKTKLCQL VEVMMARRDD LSFCQEMKFR NK MVEYLTD WVMGTSNQAA DDDVKCLTRD LDQASMEAVV SLLAGLPLQP EEGDGVELME AKSQLFLKYF TLFMNLLNDC SEV EDESAQ TGGRKRGMSR RLASLRHCTV LAMSNLLNAN VDSGLMHSIG LGYHKDLQTR ATFMEVLTKI LQQGTEFDTL AETV LADRF ERLVELVTMM GDQGELPIAM ALANVVPCSQ WDELARVLVT LFDSRHLLYQ LLWNMFSKEV ELADSMQTLF RGNSL ASKI MTFCFKVYGA TYLQKLLDPL LRIVITSSDW QHVSFEVDPT RLEPSESLEE NQRNLLQMTE KFFHAIISSS SEFPPQ LRS VCHCLYQATC HSLLNKATVK EKKENKKSVV SQRFPQNSIG AVGSAMFLRF INPAIVSPYE AGILDKKPPP RIERGLK LM SKILQSIANH VLFTKEEHMR PFNDFVKSNF DAARRFFLDI ASDCPTSDAV NHSLSFISDG NVLALHRLLW NNQEKIGQ Y LSSNRDHKAV GRRPFDKMAT LLAYLGPPEH KPVADTHWSS LNLTSSKFEE FMTRHQVHEK EEFKALKTLS IFYQAGTSK AGNPIFYYVA RRFKTGQING DLLIYHVLLT LKPYYAKPYE IVVDLTHTGP SNRFKTDFLS KWFVVFPGFA YDNVSAVYIY NCNSWVREY TKYHERLLTG LKGSKRLVFI DCPGKLAEHI EHEQQKLPAA TLALEEDLKV FHNALKLAHK DTKVSIKVGS T AVQVTSAE RTKVLGQSVF LNDIYYASEI EEICLVDENQ FTLTIANQGT PLTFMHQECE AIVQSIIHIR TRWELSQPDS IP QHTKIRP KDVPGTLLNI ALLNLGSSDP SLRSAAYNLL CALTCTFNLK IEGQLLETSG LCIPANNTLF IVSISKTLAA NEP HLTLEF LEECISGFSK SSIELKHLCL EYMTPWLSNL VRFCKHNDDA KRQRVTAILD KLITMTINEK QMYPSIQAKI WGSL GQITD LLDVVLDSFI KTSATGGLGS IKAEVMADTA VALASGNVKL VSSKVIGRMC KIIDKTCLSP TPTLEQHLMW DDIAI LARY MLMLSFNNSL DVAAHLPYLF HVVTFLVATG PLSLRASTHG LVINIIHSLC TCSQLHFSEE TKQVLRLSLT EFSLPK FYL LFGISKVKSA AVIAFRSSYR DRSFSPGSYE RETFALTSLE TVTEALLEIM EACMRDIPTC KWLDQWTELA QRFAFQY NP SLQPRALVVF GCISKRVSHG QIKQIIRILS KALESCLKGP DTYNSQVLIE ATVIALTKLQ PLLNKDSPLH KALFWVAV A VLQLDEVNLY SAGTALLEQN LHTLDSLRIF NDKSPEEVFM AIRNPLEWHC KQMDHFVGLN FNSNFNFALV GHLLKGYRH PSPAIVARTV RILHTLLTLV NKHRNCDKFE VNTQSVAYLA ALLTVSEEVR SRCSLKHRKS LLLTDISMEN VPMDTYPIHH GDPSYRTLK ETQPWSSPKG SEGYLAATYP TVGQTSPRAR KSMSLDMGQP SQANTKKLLG TRKSFDHLIS DTKAPKRQEM E SGITTPPK MRRVAETDYE METQRISSSQ QHPHLRKVSV SESNVLLDEE VLTDPKIQAL LLTVLATLVK YTTDEFDQRI LY EYLAEAS VVFPKVFPVV HNLLDSKINT LLSLCQDPNL LNPIHGIVQS VVYHEESPPQ YQTSYLQSFG FNGLWRFAGP FSK QTQIPD YAELIVKFLD ALIDTYLPGI DEETSEESLL TPTSPYPPAL QSQLSITANL NLSNSMTSLA TSQHSPGIDK ENVE LSPTT GHCNSGRTRH GSASQVQKQR SAGSFKRNSI KKIV

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 130329
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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