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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11999 | |||||||||||||||
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タイトル | M. pneumoniae 70S ribosome in complex with chloramphenicol obtained from in situ data using M, focused refinement of 50S sub-unit | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mycoplasma pneumoniae (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Tegunov D / Xue L / Dienemann C / Cramer P / Mahamid J | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2021 タイトル: Multi-particle cryo-EM refinement with M visualizes ribosome-antibiotic complex at 3.5 Å in cells. 著者: Dimitry Tegunov / Liang Xue / Christian Dienemann / Patrick Cramer / Julia Mahamid / 要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) enables macromolecular structure determination in vitro and inside cells. In addition to aligning individual particles, accurate registration of sample motion and ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) enables macromolecular structure determination in vitro and inside cells. In addition to aligning individual particles, accurate registration of sample motion and three-dimensional deformation during exposures are crucial for achieving high-resolution reconstructions. Here we describe M, a software tool that establishes a reference-based, multi-particle refinement framework for cryo-EM data and couples a comprehensive spatial deformation model to in silico correction of electron-optical aberrations. M provides a unified optimization framework for both frame-series and tomographic tilt-series data. We show that tilt-series data can provide the same resolution as frame-series data on a purified protein specimen, indicating that the alignment step no longer limits the resolution obtainable from tomographic data. In combination with Warp and RELION, M resolves to residue level a 70S ribosome bound to an antibiotic inside intact bacterial cells. Our work provides a computational tool that facilitates structural biology in cells. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11999.map.gz | 191.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11999-v30.xml emd-11999.xml | 12.8 KB 12.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11999_fsc.xml | 13 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11999.png | 85.2 KB | ||
マスクデータ | emd_11999_msk_1.map | 166.4 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11999_half_map_1.map.gz emd_11999_half_map_2.map.gz | 156.7 MB 156.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11999 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11999 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7oodM C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10499 (タイトル: Tilt series of native M. pneumoniae cells treated with chloramphenicol Data size: 83.8 Data #1: Unaligned tilt movies of M. pneumoniae [tilt series]) EMPIAR-10731 (タイトル: Locating Macromolecular Assemblies in Cells by 2D Template Matching with cisTEM Data size: 67.8 Data #1: 50S templates of Mycoplasma pneumoniae used for 2D and 3D template matching [reconstructed volumes] Data #2: Single-exposure micrographs of untilted Mycoplasma pneumoniae cells [micrographs - single frame] Data #3: Tomographic tilt series of Mycoplasma pneumoniae cells [tilt series] Data #4: Tomographic reconstructions of Mycoplasma pneumoniae cells [reconstructed volumes]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11999.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8502 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11999_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11999_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11999_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 70S ribosome with chloramphenicol
全体 | 名称: 70S ribosome with chloramphenicol |
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要素 |
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-超分子 #1: 70S ribosome with chloramphenicol
超分子 | 名称: 70S ribosome with chloramphenicol / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mycoplasma pneumoniae (バクテリア) |
分子量 | 実験値: 2.7 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 120.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |