[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルMulti-particle cryo-EM refinement with M visualizes ribosome-antibiotic complex at 3.5 Å in cells.
ジャーナル・号・ページNat Methods, Vol. 18, Issue 2, Page 186-193, Year 2021
掲載日2021年2月4日
著者Dimitry Tegunov / Liang Xue / Christian Dienemann / Patrick Cramer / Julia Mahamid /
PubMed 要旨Cryo-electron microscopy (cryo-EM) enables macromolecular structure determination in vitro and inside cells. In addition to aligning individual particles, accurate registration of sample motion and ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) enables macromolecular structure determination in vitro and inside cells. In addition to aligning individual particles, accurate registration of sample motion and three-dimensional deformation during exposures are crucial for achieving high-resolution reconstructions. Here we describe M, a software tool that establishes a reference-based, multi-particle refinement framework for cryo-EM data and couples a comprehensive spatial deformation model to in silico correction of electron-optical aberrations. M provides a unified optimization framework for both frame-series and tomographic tilt-series data. We show that tilt-series data can provide the same resolution as frame-series data on a purified protein specimen, indicating that the alignment step no longer limits the resolution obtainable from tomographic data. In combination with Warp and RELION, M resolves to residue level a 70S ribosome bound to an antibiotic inside intact bacterial cells. Our work provides a computational tool that facilitates structural biology in cells.
リンクNat Methods / PubMed:33542511 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度1.34 - 6.0 Å
構造データ

EMDB-11603:
Human heavy-chain apoferritin refined from tilt series data using M
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-11611:
Human heavy-chain apoferritin refined from frame series data using M
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-11650:
M. pneumoniae 70S ribosome in complex with chloramphenicol obtained from in situ data using M
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-11651:
SARS-CoV-2 spike protein obtained from EMPIAR-10453 using M
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-11652:
Apoferritin obtained from EMPIAR-10248 using M
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.34 Å

EMDB-11653:
80S ribosome obtained from EMPIAR-10045 using M
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-11654:
80S ribosome obtained from EMPIAR-10064 using M
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-11655:
HIV-1 capsid-SP1 obtained from EMPIAR-10164 using M
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-11656:
Cannabinoid Receptor 1-G obtained from EMPIAR-10288 using M
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-11998:
M. pneumoniae 70S ribosome in complex with chloramphenicol obtained from in situ data using M, focused refinement of 30S sub-unit
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-11999:
M. pneumoniae 70S ribosome in complex with chloramphenicol obtained from in situ data using M, focused refinement of 50S sub-unit
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.4 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る