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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11317 | |||||||||
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タイトル | The pointed end complex of dynactin bound to BICDR1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Golgi to secretory granule transport / retrograde axonal transport of mitochondrion / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / MAP2K and MAPK activation ...Golgi to secretory granule transport / retrograde axonal transport of mitochondrion / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / MAP2K and MAPK activation / ダイナクチン / Clathrin-mediated endocytosis / cellular response to cytochalasin B / regulation of transepithelial transport / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / morphogenesis of a polarized epithelium / vesicle transport along microtubule / postsynaptic actin cytoskeleton / protein localization to adherens junction / dense body / Tat protein binding / Neutrophil degranulation / dynein complex / apical protein localization / adherens junction assembly / coronary vasculature development / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / MHC class II antigen presentation / 密着結合 / regulation of norepinephrine uptake / COPI-mediated anterograde transport / aorta development / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of synaptic vesicle endocytosis / ventricular septum development / apical junction complex / establishment or maintenance of cell polarity / dynein complex binding / cortical cytoskeleton / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nitric-oxide synthase binding / dynactin binding / 刷子縁 / kinesin binding / ヘルト萼状シナプス / regulation of protein localization to plasma membrane / microtubule-based process / stress fiber / axon cytoplasm / 軸索誘導 / sarcomere / mitotic spindle organization / マイクロフィラメント / 運動性 / 接着結合 / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Schaffer collateral - CA1 synapse / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / 動原体 / small GTPase binding / neuron projection development / ヌクレオソーム / マイクロフィラメント / lamellipodium / 細胞皮質 / 核膜 / 微小管 / 細胞骨格 / regulation of cell cycle / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / 神経繊維 / focal adhesion / 中心体 / glutamatergic synapse / シナプス / protein kinase binding / protein-containing complex / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Pig (ブタ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Lau CK / Lacey SE / Carter AP | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM reveals the complex architecture of dynactin's shoulder region and pointed end. 著者: Clinton K Lau / Francis J O'Reilly / Balaji Santhanam / Samuel E Lacey / Juri Rappsilber / Andrew P Carter / 要旨: Dynactin is a 1.1 MDa complex that activates the molecular motor dynein for ultra-processive transport along microtubules. In order to do this, it forms a tripartite complex with dynein and a coiled- ...Dynactin is a 1.1 MDa complex that activates the molecular motor dynein for ultra-processive transport along microtubules. In order to do this, it forms a tripartite complex with dynein and a coiled-coil adaptor. Dynactin consists of an actin-related filament whose length is defined by its flexible shoulder domain. Despite previous cryo-EM structures, the molecular architecture of the shoulder and pointed end of the filament is still poorly understood due to the lack of high-resolution information in these regions. Here we combine multiple cryo-EM datasets and define precise masking strategies for particle signal subtraction and 3D classification. This overcomes domain flexibility and results in high-resolution maps into which we can build the shoulder and pointed end. The unique architecture of the shoulder securely houses the p150 subunit and positions the four identical p50 subunits in different conformations to bind dynactin's filament. The pointed end map allows us to build the first structure of p62 and reveals the molecular basis for cargo adaptor binding to different sites at the pointed end. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11317.map.gz | 62.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11317-v30.xml emd-11317.xml | 29.6 KB 29.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11317_fsc.xml | 9.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11317.png | 40.9 KB | ||
マスクデータ | emd_11317_msk_1.map | 67 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11317_additional.map.gz emd_11317_half_map_1.map.gz emd_11317_half_map_2.map.gz | 61.7 MB 51.7 MB 51.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11317 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11317 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11317.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11317_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Main map filtered to 6 Angstrom and not sharpened
ファイル | emd_11317_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Main map filtered to 6 Angstrom and not sharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11317_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11317_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Dynein-Dynactin-BICDR1 complex
+超分子 #1: Dynein-Dynactin-BICDR1 complex
+超分子 #2: Dynactin
+超分子 #3: BICDR1
+分子 #1: ARP1 actin related protein 1 homolog A
+分子 #2: Actin, cytoplasmic 1
+分子 #3: Arp11
+分子 #4: Dynactin subunit 2
+分子 #5: Dynactin 6
+分子 #6: Dynactin subunit 5
+分子 #7: BICD family-like cargo adapter 1,BICD family-like cargo adapter 1...
+分子 #8: Dynactin subunit 4
+分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #10: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #11: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 205611 |
FSC曲線 (解像度の算出) |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6znm: |