+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10835 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | High resolution cryo-EM structure of urease from the pathogen Yersinia enterocolitica | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Righetto RD / Anton L / Adaixo R / Jakob R / Zivanov J / Mahi MA / Ringler P / Schwede T / Maier T / Stahlberg H | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: High-resolution cryo-EM structure of urease from the pathogen Yersinia enterocolitica. 著者: Ricardo D Righetto / Leonie Anton / Ricardo Adaixo / Roman P Jakob / Jasenko Zivanov / Mohamed-Ali Mahi / Philippe Ringler / Torsten Schwede / Timm Maier / Henning Stahlberg / 要旨: Urease converts urea into ammonia and carbon dioxide and makes urea available as a nitrogen source for all forms of life except animals. In human bacterial pathogens, ureases also aid in the invasion ...Urease converts urea into ammonia and carbon dioxide and makes urea available as a nitrogen source for all forms of life except animals. In human bacterial pathogens, ureases also aid in the invasion of acidic environments such as the stomach by raising the surrounding pH. Here, we report the structure of urease from the pathogen Yersinia enterocolitica at 2 Å resolution from cryo-electron microscopy. Y. enterocolitica urease is a dodecameric assembly of a trimer of three protein chains, ureA, ureB and ureC. The high data quality enables detailed visualization of the urease bimetal active site and of the impact of radiation damage. The obtained structure is of sufficient quality to support drug development efforts. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: High-resolution cryo-EM structure of urease from the pathogen Yersinia enterocolitica 著者: Righetto RD / Anton L / Adaixo R / Jakob R / Zivanov J / Mahi MA / Ringler P / Schwede T / Maier T / Stahlberg H | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10835.map.gz | 302.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-10835-v30.xml emd-10835.xml | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10835_fsc.xml | 18 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10835.png | 169.2 KB | ||
マスクデータ | emd_10835_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10835_half_map_1.map.gz emd_10835_half_map_2.map.gz | 410.4 MB 410.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10835 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10835 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10835_validation.pdf.gz | 461.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_10835_full_validation.pdf.gz | 460.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10835_validation.xml.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10835 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10835 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6yl3MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10389 (タイトル: High resolution cryo-EM structure of urease from the pathogen Yersinia enterocolitica Data size: 839.9 Data #1: Aligned averages of Y. enterocolitica urease [micrographs - single frame] Data #2: Raw multi-frame micrographs of Y. enterocolitica urease [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10835.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.639 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10835_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10835_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10835_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Urease oligomer from Y. enterocolitica
全体 | 名称: Urease oligomer from Y. enterocolitica |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Urease oligomer from Y. enterocolitica
超分子 | 名称: Urease oligomer from Y. enterocolitica / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア) 株: E40 |
分子量 | 実験値: 1.025 MDa |
-分子 #1: Urease subunit gamma
分子 | 名称: Urease subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: urease |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア) |
分子量 | 理論値: 11.063837 KDa |
配列 | 文字列: MQLTPREVEK LMIYTLSDVA FKRKARGLKL NYPEAVSIIT VTAMEGARDG KSVEDVMKEA SKVLTKDDVM DGVADLIPNV QVEAIFTDG SRLVTVHDPI K |
-分子 #2: Urease subunit beta
分子 | 名称: Urease subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: urease |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア) |
分子量 | 理論値: 14.611317 KDa |
配列 | 文字列: SEQNTPLGGC ILADTPITFN ENKPVTKVKV RNTGDRPIQV GSHFHFFEVN RALEFDRAAA YGKRLNISST TAIRFEPGDE TEVPLIPFG GKQTLYGFNN LVDGWTGEGV VPNSERPDKL EAIRRAAERG FKS |
-分子 #3: Urease subunit alpha
分子 | 名称: Urease subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: urease |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア) |
分子量 | 理論値: 61.054859 KDa |
配列 | 文字列: PQISRQEYAG LFGPTTGDKI RLGDTNLFIE IEKDLRGYGE ESVYGGGKSL RDGMGANNHL TRDNGVLDLV ITNVTIVDAR LGVIKADVG IRDGKIAGIG KSGNPGVMDG VTPGLVVGVS TDAISGEHLI LTAAGIDTHI HLISPQQAYH ALSNGVATFF G GGIGPTDG ...文字列: PQISRQEYAG LFGPTTGDKI RLGDTNLFIE IEKDLRGYGE ESVYGGGKSL RDGMGANNHL TRDNGVLDLV ITNVTIVDAR LGVIKADVG IRDGKIAGIG KSGNPGVMDG VTPGLVVGVS TDAISGEHLI LTAAGIDTHI HLISPQQAYH ALSNGVATFF G GGIGPTDG TNGTTVTPGP WNIRQMLRSV EGLPVNVGIL GKGNSYGRGP LLEQAIAGVV GY(KCX)VHEDWGA TANALRHS L RMADEMDIQV SVHTDSLNEC GYVEDTIDAF EGRTIHTFHT EGAGGGHAPD IIRVASQPNV LPSSTNPTLP YGVNSQAEL FDMIMVCHNL NPNVPADVSF AESRVRPETI AAENVLHDMG VISMFSSDSQ AMGRVGENWL RVMQTANAMK ASRGKLPEDA PGNDNFRVL RYVAKITINP AIAQGVSHVI GSVEVGKMAD LVLWDPRFFG AKPKMVIKGG MINWAAMGDP NASLPTPQPV F YRPMFGAM GKTMQDTCVT FVSQAALDDG VKEKAGLDRQ VIAVKNCRTI SKHDLVRNDQ TPNIEVDPET FAVKVDGVHA TC EPIDTAA MNQRYFFG |
-分子 #4: NICKEL (II) ION
分子 | 名称: NICKEL (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 24 / 式: NI |
---|---|
分子量 | 理論値: 58.693 Da |
Chemical component information | ChemComp-NI: |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3672 / 式: HOH |
---|---|
分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.39 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 seconds blotting. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |