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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10774 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of a human 48S translational initiation complex - eIF2-TC | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / translation / initiation complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 male germ cell proliferation / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / translation initiation ternary complex / glial limiting end-foot / response to kainic acid / HRI-mediated signaling / Cellular response to mitochondrial stress / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / methionyl-initiator methionine tRNA binding ...male germ cell proliferation / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / translation initiation ternary complex / glial limiting end-foot / response to kainic acid / HRI-mediated signaling / Cellular response to mitochondrial stress / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / methionyl-initiator methionine tRNA binding / negative regulation of translational initiation in response to stress / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / Recycling of eIF2:GDP / PERK-mediated unfolded protein response / PERK regulates gene expression / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / regulation of translational initiation in response to stress / protein-synthesizing GTPase / cytoplasmic translational initiation / translation factor activity, RNA binding / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / mitophagy / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / stress granule assembly / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / translational initiation / PKR-mediated signaling / ABC-family proteins mediated transport / cytoplasmic stress granule / male gonad development / cellular response to UV / ribosome binding / cellular response to oxidative stress / cellular response to heat / in utero embryonic development / cadherin binding / GTPase activity / mRNA binding / synapse / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Brito Querido J / Sokabe M | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structure of a human 48 translational initiation complex. 著者: Jailson Brito Querido / Masaaki Sokabe / Sebastian Kraatz / Yuliya Gordiyenko / J Mark Skehel / Christopher S Fraser / V Ramakrishnan / 要旨: A key step in translational initiation is the recruitment of the 43 preinitiation complex by the cap-binding complex [eukaryotic initiation factor 4F (eIF4F)] at the 5' end of messenger RNA (mRNA) to ...A key step in translational initiation is the recruitment of the 43 preinitiation complex by the cap-binding complex [eukaryotic initiation factor 4F (eIF4F)] at the 5' end of messenger RNA (mRNA) to form the 48 initiation complex (i.e., the 48). The 48 then scans along the mRNA to locate a start codon. To understand the mechanisms involved, we used cryo-electron microscopy to determine the structure of a reconstituted human 48 The structure reveals insights into early events of translation initiation complex assembly, as well as how eIF4F interacts with subunits of eIF3 near the mRNA exit channel in the 43 The location of eIF4F is consistent with a slotting model of mRNA recruitment and suggests that downstream mRNA is unwound at least in part by being "pulled" through the 40 subunit during scanning. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10774.map.gz | 27.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10774-v30.xml emd-10774.xml | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10774_fsc.xml | 17.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10774.png | 168.4 KB | ||
マスクデータ | emd_10774_msk_1.map | 476.8 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10774.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_10774_additional.map.gz emd_10774_half_map_1.map.gz emd_10774_half_map_2.map.gz | 386.7 MB 390.5 MB 390.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10774 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10774 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10774_validation.pdf.gz | 761.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10774_full_validation.pdf.gz | 761.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10774_validation.xml.gz | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10774_validation.cif.gz | 34.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10774 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10774 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10774.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.074 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10774_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_10774_additional.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10774_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10774_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 48S initiation complex
全体 | 名称: 48S initiation complex |
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要素 |
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-超分子 #1: 48S initiation complex
超分子 | 名称: 48S initiation complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2
分子 | 名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 38.454484 KDa |
配列 | 文字列: MSGDEMIFDP TMSKKKKKKK KPFMLDEEGD TQTEETQPSE TKEVEPEPTE DKDLEADEED TRKKDASDDL DDLNFFNQKK KKKKTKKIF DIDEAEEGVK DLKIESDVQE PTEPEDDLDI MLGNKKKKKK NVKFPDEDEI LEKDEALEDE DNKKDDGISF S NQTGPAWA ...文字列: MSGDEMIFDP TMSKKKKKKK KPFMLDEEGD TQTEETQPSE TKEVEPEPTE DKDLEADEED TRKKDASDDL DDLNFFNQKK KKKKTKKIF DIDEAEEGVK DLKIESDVQE PTEPEDDLDI MLGNKKKKKK NVKFPDEDEI LEKDEALEDE DNKKDDGISF S NQTGPAWA GSERDYTYEE LLNRVFNIMR EKNPDMVAGE KRKFVMKPPQ VVRVGTKKTS FVNFTDICKL LHRQPKHLLA FL LAELGTS GSIDGNNQLV IKGRFQQKQI ENVLRRYIKE YVTCHTCRSP DTILQKDTRL YFLQCETCHS RCSVASIKTG FQA VTGKRA QLRAKAN UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2 |
-分子 #2: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
分子 | 名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 36.16118 KDa |
配列 | 文字列: MPGLSCRFYQ HKFPEVEDVV MVNVRSIAEM GAYVSLLEYN NIEGMILLSE LSRRRIRSIN KLIRIGRNEC VVVIRVDKEK GYIDLSKRR VSPEEAIKCE DKFTKSKTVY SILRHVAEVL EYTKDEQLES LFQRTAWVFD DKYKRPGYGA YDAFKHAVSD P SILDSLDL ...文字列: MPGLSCRFYQ HKFPEVEDVV MVNVRSIAEM GAYVSLLEYN NIEGMILLSE LSRRRIRSIN KLIRIGRNEC VVVIRVDKEK GYIDLSKRR VSPEEAIKCE DKFTKSKTVY SILRHVAEVL EYTKDEQLES LFQRTAWVFD DKYKRPGYGA YDAFKHAVSD P SILDSLDL NEDEREVLIN NINRRLTPQA VKIRADIEVA CYGYEGIDAV KEALRAGLNC STENMPIKIN LIAPPRYVMT TT TLERTEG LSVLSQAMAV IKEKIEEKRG VFNVQMEPKV VTDTDETELA RQMERLEREN AEVDGDDDAE EMEAKAED UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 |
-分子 #5: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3
分子 | 名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-synthesizing GTPase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 51.178406 KDa |
配列 | 文字列: MAGGEAGVTL GQPHLSRQDL TTLDVTKLTP LSHEVISRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVKA ISGVHTVRFK NELERNITIK LGYANAKIY KLDDPSCPRP ECYRSCGSST PDEFPTDIPG TKGNFKLVRH VSFVDCPGHD ILMATMLNGA AVMDAALLLI A GNESCPQP ...文字列: MAGGEAGVTL GQPHLSRQDL TTLDVTKLTP LSHEVISRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVKA ISGVHTVRFK NELERNITIK LGYANAKIY KLDDPSCPRP ECYRSCGSST PDEFPTDIPG TKGNFKLVRH VSFVDCPGHD ILMATMLNGA AVMDAALLLI A GNESCPQP QTSEHLAAIE IMKLKHILIL QNKIDLVKES QAKEQYEQIL AFVQGTVAEG APIIPISAQL KYNIEVVCEY IV KKIPVPP RDFTSEPRLI VIRSFDVNKP GCEVDDLKGG VAGGSILKGV LKVGQEIEVR PGIVSKDSEG KLMCKPIFSK IVS LFAEHN DLQYAAPGGL IGVGTKIDPT LCRADRMVGQ VLGAVGALPE IFTELEISYF LLRRLLGVRT EGDKKAAKVQ KLSK NEVLM VNIGSLSTGG RVSAVKADLG KIVLTNPVCT EVGEKIALSR RVEKHWRLIG WGQIRRGVTI KPTVDDD UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 |
-分子 #3: Initiator methionine tRNA
分子 | 名称: Initiator methionine tRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.23151 KDa |
配列 | 文字列: AGCAGAGUGG CGCAGCGGAA GCGUGCUGGG CCCAUAACCC AGAGGUCGAU GGAUCGAAAC CAUCCUCUGC UACCA GENBANK: GENBANK: K00328.1 |
-分子 #4: mRNA
分子 | 名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 942.66 Da |
配列 | 文字列: AAA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 107.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |