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- EMDB-10388: In situ structure of the Caulobacter crescentus S-layer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10388
タイトルIn situ structure of the Caulobacter crescentus S-layer
マップデータIn situ structure of the Caulobacter crescentus S-layer
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Caulobacter crescentus S-layer
機能・相同性RsaA N-terminal domain / S層 / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / calcium ion binding / extracellular region / S-layer protein
機能・相同性情報
生物種Caulobacter crescentus NA1000 (カウロバクター・クレセンタス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Bharat T / von Kuegelgen A
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202231/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: In Situ Structure of an Intact Lipopolysaccharide-Bound Bacterial Surface Layer.
著者: Andriko von Kügelgen / Haiping Tang / Gail G Hardy / Danguole Kureisaite-Ciziene / Yves V Brun / Phillip J Stansfeld / Carol V Robinson / Tanmay A M Bharat /
要旨: Most bacterial and all archaeal cells are encapsulated by a paracrystalline, protective, and cell-shape-determining proteinaceous surface layer (S-layer). On Gram-negative bacteria, S-layers are ...Most bacterial and all archaeal cells are encapsulated by a paracrystalline, protective, and cell-shape-determining proteinaceous surface layer (S-layer). On Gram-negative bacteria, S-layers are anchored to cells via lipopolysaccharide. Here, we report an electron cryomicroscopy structure of the Caulobacter crescentus S-layer bound to the O-antigen of lipopolysaccharide. Using native mass spectrometry and molecular dynamics simulations, we deduce the length of the O-antigen on cells and show how lipopolysaccharide binding and S-layer assembly is regulated by calcium. Finally, we present a near-atomic resolution in situ structure of the complete S-layer using cellular electron cryotomography, showing S-layer arrangement at the tip of the O-antigen. A complete atomic structure of the S-layer shows the power of cellular tomography for in situ structural biology and sheds light on a very abundant class of self-assembling molecules with important roles in prokaryotic physiology with marked potential for synthetic biology and surface-display applications.
履歴
登録2019年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月15日-
マップ公開2020年1月15日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6z7p
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6z7p
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10388.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10388.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈In situ structure of the Caulobacter crescentus S-layer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.15512758 - 0.3130494
平均 (標準偏差)0.00001737453 (±0.03268774)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 270.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z270.000270.000270.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1550.3130.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Caulobacter crescentus S-layer

全体名称: Caulobacter crescentus S-layer
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Caulobacter crescentus S-layer

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超分子 #1: Caulobacter crescentus S-layer

超分子名称: Caulobacter crescentus S-layer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Caulobacter crescentus S-layer
由来(天然)生物種: Caulobacter crescentus NA1000 (カウロバクター・クレセンタス)
株: YB2811 / 細胞中の位置: extra-cellular

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: PYE medium
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 1.5 s blot.
詳細Caulobacter crescentus stalk

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: -5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: -2.0 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 3.4 e/Å2 / 詳細: Dose symmetric tilt scheme (Hagen et al, JSB)
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 110 / 使用した粒子像数: 51866 / 参照モデル: Ab initio / 手法: RELION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 詳細: RELION subtomogram averaging
CTF補正詳細: Following Turonova and Briggs NovaCTF
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 1 / 詳細: No classification done
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Using the AV3 package (Foerster et al, PNAS 2006)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: Tomogram generation in IMOD using the NovaCTF implementation of Turonova and Briggs. Sub-tomogram averaging performed using the AV3 package (Friedrich Foerster) applied to tubular specimens ...詳細: Tomogram generation in IMOD using the NovaCTF implementation of Turonova and Briggs. Sub-tomogram averaging performed using the AV3 package (Friedrich Foerster) applied to tubular specimens (Bharat et al, PLoS Biology, 2011)
使用したサブトモグラム数: 51866

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6z7p:
Composite model of the Caulobacter crescentus S-layer bound to the O-antigen of lipopolysaccharide

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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