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- EMDB-10335: CIV1 of the III2-IV5B2 respiratory supercomplex from S. cerevisia... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10335
タイトルCIV1 of the III2-IV5B2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement
マップデータCIV(5B)-a of III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement
試料
  • 複合体: CIV of the III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement (CIV(5B)-a)
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Marechal A / Hartley A / Pinotsis N
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M00936X/1 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Rcf2 revealed in cryo-EM structures of hypoxic isoforms of mature mitochondrial III-IV supercomplexes.
著者: Andrew M Hartley / Brigitte Meunier / Nikos Pinotsis / Amandine Maréchal /
要旨: The organization of the mitochondrial electron transport chain proteins into supercomplexes (SCs) is now undisputed; however, their assembly process, or the role of differential expression isoforms, ...The organization of the mitochondrial electron transport chain proteins into supercomplexes (SCs) is now undisputed; however, their assembly process, or the role of differential expression isoforms, remain to be determined. In , cytochrome oxidase (CIV) forms SCs of varying stoichiometry with cytochrome (CIII). Recent studies have revealed, in normoxic growth conditions, an interface made exclusively by Cox5A, the only yeast respiratory protein that exists as one of two isoforms depending on oxygen levels. Here we present the cryo-EM structures of the III-IV and III-IV SCs containing the hypoxic isoform Cox5B solved at 3.4 and 2.8 Å, respectively. We show that the change of isoform does not affect SC formation or activity, and that SC stoichiometry is dictated by the level of CIII/CIV biosynthesis. Comparison of the CIV- and CIV-containing SC structures highlighted few differences, found mainly in the region of Cox5. Additional density was revealed in all SCs, independent of the CIV isoform, in a pocket formed by Cox1, Cox3, Cox12, and Cox13, away from the CIII-CIV interface. In the CIV-containing hypoxic SCs, this could be confidently assigned to the hypoxia-induced gene 1 (Hig1) type 2 protein Rcf2. With conserved residues in mammalian Hig1 proteins and Cox3/Cox12/Cox13 orthologs, we propose that Hig1 type 2 proteins are stoichiometric subunits of CIV, at least when within a III-IV SC.
履歴
登録2019年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月9日-
マップ公開2020年4月22日-
更新2020年5月13日-
現状2020年5月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10335.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10335.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CIV(5B)-a of III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.085 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.32 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.9322762 - 3.338631
平均 (標準偏差)-0.001714312 (±0.069522366)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 486.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0851.0851.085
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z486.080486.080486.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-1.9323.339-0.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CIV of the III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisi...

全体名称: CIV of the III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement (CIV(5B)-a)
要素
  • 複合体: CIV of the III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement (CIV(5B)-a)
    • タンパク質・ペプチド: Cox1 Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cox2 Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cox3 Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cox4 Cytochrome c oxidase subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Cox5B Cytochrome c oxidase subunit 5B
    • タンパク質・ペプチド: Cox6 Cytochrome c oxidase subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Cox7 Cytochrome c oxidase subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cox8 Cytochrome c oxidase polypeptide VIII
    • タンパク質・ペプチド: Cox9 Cytochrome c oxidase subunit 7A
    • タンパク質・ペプチド: Cox12 Cytochrome c oxidase subunit 6B
    • タンパク質・ペプチド: Cox13 Cytochrome c oxidase subunit 6A
    • タンパク質・ペプチド: Cox26, Uncharacterized protein YDR119W-A
    • タンパク質・ペプチド: RCF2, Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial

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超分子 #1: CIV of the III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisi...

超分子名称: CIV of the III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement (CIV(5B)-a)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

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分子 #1: Cox1 Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cox1 Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MVQRWLYSTN AKDIAVLYFM LAIFSGMAGT AMSLIIRLEL AAPGSQYLHG NSQLFNVLVV GHAVLMIFF LVMPALIGGF GNYLLPLMIG ATDTAFPRIN NIAFWVLPMG LVCLVTSTLV E SGAGTGWT VYPPLSSIQA HSGPSVDLAI FALHLTSISS LLGAINFIVT ...文字列:
MVQRWLYSTN AKDIAVLYFM LAIFSGMAGT AMSLIIRLEL AAPGSQYLHG NSQLFNVLVV GHAVLMIFF LVMPALIGGF GNYLLPLMIG ATDTAFPRIN NIAFWVLPMG LVCLVTSTLV E SGAGTGWT VYPPLSSIQA HSGPSVDLAI FALHLTSISS LLGAINFIVT TLNMRTNGMT MH KLPLFVW SIFITAFLLL LSLPVLSAGI TMLLLDRNFN TSFFEVSGGG DPILYEHLFW FFG HPEVYI LIIPGFGIIS HVVSTYSKKP VFGEISMVYA MASIGLLGFL VWSHHMYIVG LDAD TRAYF TSATMIIAIP TGIKIFSWLA TIHGGSIRLA TPMLYAIAFL FLFTMGGLTG VALAN ASLD VAFHDTYYVV GHFHYVLSMG AIFSLFAGYY YWSPQILGLN YNEKLAQIQF WLIFIG ANV IFFPMHFLGI NGMPRRIPDY PDAFAGWNYV ASIGSFIATL SLFLFIYILY DQLVNGL NN KVNNKSVIYN KAPDFVESNT IFNLNTVKSS SIEFLLTSPP AVHSFNTPAV QS

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分子 #2: Cox2 Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cox2 Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MLDLLRLQLT TFIMNDVPTP YACYFQDSAT PNQEGILELH DNIMFYLLVI LGLVSWMLYT IVMTYSKNP IAYKYIKHGQ TIEVIWTIFP AVILLIIAFP SFILLYLCDE VISPAMTIKA I GYQWYWKY EYSDFINDSG ETVEFESYVI PDELLEEGQL RLLDTDTSMV ...文字列:
MLDLLRLQLT TFIMNDVPTP YACYFQDSAT PNQEGILELH DNIMFYLLVI LGLVSWMLYT IVMTYSKNP IAYKYIKHGQ TIEVIWTIFP AVILLIIAFP SFILLYLCDE VISPAMTIKA I GYQWYWKY EYSDFINDSG ETVEFESYVI PDELLEEGQL RLLDTDTSMV VPVDTHIRFV VT AADVIHD FAIPSLGIKV DATPGRLNQV SALIQREGVF YGACSELCGT GHANMPIKIE AVS LPKFLE WLNEQ

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分子 #3: Cox3 Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cox3 Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MTHLERSRHQ QHPFHMVMPS PWPIVVSFAL LSLALSTALT MHGYIGNMNM VYLALFVLLT SSILWFRDI VAEATYLGDH TMAVRKGINL GFLMFVLSEV LIFAGLFWAY FHSAMSPDVT L GACWPPVG IEAVQPTELP LLNTIILLSS GATVTYSHHA LIAGNRNKAL ...文字列:
MTHLERSRHQ QHPFHMVMPS PWPIVVSFAL LSLALSTALT MHGYIGNMNM VYLALFVLLT SSILWFRDI VAEATYLGDH TMAVRKGINL GFLMFVLSEV LIFAGLFWAY FHSAMSPDVT L GACWPPVG IEAVQPTELP LLNTIILLSS GATVTYSHHA LIAGNRNKAL SGLLITFWLI VI FVTCQYI EYTNAAFTIS DGVYGSVFYA GTGLHFLHMV MLAAMLGVNY WRMRNYHLTA GHH VGYETT IIYTHVLDVI WLFLYVVFYW WGV

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分子 #4: Cox4 Cytochrome c oxidase subunit 4

分子名称: Cox4 Cytochrome c oxidase subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MLSLRQSIRF FKPATRTLCS SRYLLQQKPV VKTAQNLAEV NGPETLIGPG AKEGTVPTDL DQETGLARL ELLGKLEGID VFDTKPLDSS RKGTMKDPII IESYDDYRYV GCTGSPAGSH T IMWLKPTV NEVARCWECG SVYKLNPVGV PNDDHHH

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分子 #5: Cox5B Cytochrome c oxidase subunit 5B

分子名称: Cox5B Cytochrome c oxidase subunit 5B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MLRTSLTKGA RLTGTRFVQT KALSKATLTD LPERWENMPN LEQKEIADNL TERQKLPWKT LNNEEIKAA WYISYGEWGP RRPVHGKGDV AFITKGVFLG LGISFGLFGL VRLLANPETP K TMNREWQL KSDEYLKSKN ANPWGGYSQV QSK

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分子 #6: Cox6 Cytochrome c oxidase subunit 6

分子名称: Cox6 Cytochrome c oxidase subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MLSRAIFRNP VINRTLLRAR PGAYHATRLT KNTFIQSRKY SDAHDEETFE EFTARYEKEF DEAYDLFEV QRVLNNCFSY DLVPAPAVIE KALRAARRVN DLPTAIRVFE ALKYKVENED Q YKAYLDEL KDVRQELGVP LKEELFPSSS

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分子 #7: Cox7 Cytochrome c oxidase subunit 7

分子名称: Cox7 Cytochrome c oxidase subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MANKVIQLQK IFQSSTKPLW WRHPRSALYL YPFYAIFAVA VVTPLLYIPN AIRGIKAKKA

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分子 #8: Cox8 Cytochrome c oxidase polypeptide VIII

分子名称: Cox8 Cytochrome c oxidase polypeptide VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MLCQQMIRTT AKRSSNIMTR PIIMKRSVHF KDGVYENIPF KVKGRKTPYA LSHFGFFAIG FAVPFVACY VQLKKSGAF

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分子 #9: Cox9 Cytochrome c oxidase subunit 7A

分子名称: Cox9 Cytochrome c oxidase subunit 7A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MTIAPITGTI KRRVIMDIVL GFSLGGVMAS YWWWGFHMDK INKREKFYAE LAERKKQEN

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分子 #10: Cox12 Cytochrome c oxidase subunit 6B

分子名称: Cox12 Cytochrome c oxidase subunit 6B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MADQENSPLH TVGFDARFPQ QNQTKHCWQS YVDYHKCVNM KGEDFAPCKV FWKTYNALCP LDWIEKWDD QREKGIFAGD INSD

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分子 #11: Cox13 Cytochrome c oxidase subunit 6A

分子名称: Cox13 Cytochrome c oxidase subunit 6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MFRQCAKRYA SSLPPNALKP AFGPPDKVAA QKFKESLMAT EKHAKDTSNM WVKISVWVAL PAIALTAVN TYFVEKEHAE HREHLKHVPD SEWPRDYEFM NIRSKPFFWG DGDKTLFWNP V VNRHIEHD DG ARGSHHH HHH

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分子 #12: Cox26, Uncharacterized protein YDR119W-A

分子名称: Cox26, Uncharacterized protein YDR119W-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MFFSQVLRSS ARAAPIKRYT GGRIGESWVI TEGRRLIPEI FQWSAVLSVC LGWPGAVYFF SKARKA

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分子 #13: RCF2, Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial

分子名称: RCF2, Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MKILTQDEIE AHRSHTLKGG IEGALAGFAI SAIIFKVLPR RYPKFKPSTL TWSIKTALWI TPPTVLTAI CAEEASNNFD ATMYGSGSSS EDALDEHRRW KSLSTKDKFV EGLSNNKYKI I TGAWAASL YGSWVIVNKD PIMTKAQKIV QARMYAQFIT VGLLLASVGL ...文字列:
MKILTQDEIE AHRSHTLKGG IEGALAGFAI SAIIFKVLPR RYPKFKPSTL TWSIKTALWI TPPTVLTAI CAEEASNNFD ATMYGSGSSS EDALDEHRRW KSLSTKDKFV EGLSNNKYKI I TGAWAASL YGSWVIVNKD PIMTKAQKIV QARMYAQFIT VGLLLASVGL SMYENKLHPN KQ KVNEMRR WENALRVAEE EERLEKEGRR TGYVSNEERI NSKIFKS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 microliter of sample applied to negatively glow discharged grid, blot force -10; blotting time 8.5 sec..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 56.4 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 65999
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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