[日本語] English
万見
- EMDB-10375: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10375
タイトルComplex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5A)-a)
マップデータThe reprocessed CIVa map after focused refinement with a mask including rcf2
試料
  • 複合体: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5A)-a)
    • 複合体: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5A)-a)
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • 複合体: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5A)-a)
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Marechal A / Hartley A / Pinotsis N
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M00936X/1 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Rcf2 revealed in cryo-EM structures of hypoxic isoforms of mature mitochondrial III-IV supercomplexes.
著者: Andrew M Hartley / Brigitte Meunier / Nikos Pinotsis / Amandine Maréchal /
要旨: The organization of the mitochondrial electron transport chain proteins into supercomplexes (SCs) is now undisputed; however, their assembly process, or the role of differential expression isoforms, ...The organization of the mitochondrial electron transport chain proteins into supercomplexes (SCs) is now undisputed; however, their assembly process, or the role of differential expression isoforms, remain to be determined. In , cytochrome oxidase (CIV) forms SCs of varying stoichiometry with cytochrome (CIII). Recent studies have revealed, in normoxic growth conditions, an interface made exclusively by Cox5A, the only yeast respiratory protein that exists as one of two isoforms depending on oxygen levels. Here we present the cryo-EM structures of the III-IV and III-IV SCs containing the hypoxic isoform Cox5B solved at 3.4 and 2.8 Å, respectively. We show that the change of isoform does not affect SC formation or activity, and that SC stoichiometry is dictated by the level of CIII/CIV biosynthesis. Comparison of the CIV- and CIV-containing SC structures highlighted few differences, found mainly in the region of Cox5. Additional density was revealed in all SCs, independent of the CIV isoform, in a pocket formed by Cox1, Cox3, Cox12, and Cox13, away from the CIII-CIV interface. In the CIV-containing hypoxic SCs, this could be confidently assigned to the hypoxia-induced gene 1 (Hig1) type 2 protein Rcf2. With conserved residues in mammalian Hig1 proteins and Cox3/Cox12/Cox13 orthologs, we propose that Hig1 type 2 proteins are stoichiometric subunits of CIV, at least when within a III-IV SC.
履歴
登録2019年10月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月22日-
マップ公開2020年4月22日-
更新2020年5月13日-
現状2020年5月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10375.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10375.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The reprocessed CIVa map after focused refinement with a mask including rcf2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 512 pix.
= 536.576 Å		1.05 Å/pix.
x 512 pix.
= 536.576 Å		1.05 Å/pix.
x 512 pix.
= 536.576 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.46 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-2.1611605 - 4.423754
平均 (標準偏差)0.0023443839 (±0.11214336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 536.576 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0481.0481.048
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z536.576536.576536.576
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-2.1614.4240.002

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex...

全体名称: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5A)-a)
要素
  • 複合体: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5A)-a)
    • 複合体: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5A)-a)
      • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 1; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I, COX1
      • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE II, COX2
      • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 3; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE III, COX3
      • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 4, MITOCHONDRIAL; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE IV, COX4
      • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 5A, MITOCHONDRIAL; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VA, COX5A
      • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VI, COX6
      • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VII, COX7
      • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIII, MITOCHONDRIAL; SYNONYM: COX8
      • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7A; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIIA, COX9
      • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 6B; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIB, COX12
      • タンパク質・ペプチド: COX26; SYNONYM: Uncharacterized protein YDR119W-A
      • タンパク質・ペプチド: RCF2; SYNONYM: Respiratory supercomplex factor 2
    • 複合体: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5A)-a)
      • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 6A, MITOCHONDRIAL; CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIA, COX13

+
超分子 #1: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex...

超分子名称: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5A)-a)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: 13-subunit cytochrome c oxidase with isoform Cox5A

+
超分子 #2: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex...

超分子名称: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5A)-a)
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#10, #12-#13 / 詳細: 13-subunit cytochrome c oxidase with isoform Cox5A
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

+
超分子 #3: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex...

超分子名称: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5A)-a)
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11 / 詳細: 13-subunit cytochrome c oxidase with isoform Cox5A
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

+
分子 #1: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 1; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POL...

分子名称: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 1; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I, COX1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MVQRWLYSTN AKDIAVLYFM LAIFSGMAGT AMSLIIRLEL AAPGSQYLHG NSQLFNVLVV GHAVLMIFF LVMPALIGGF GNYLLPLMIG ATDTAFPRIN NIAFWVLPMG LVCLVTSTLV E SGAGTGWT VYPPLSSIQA HSGPSVDLAI FALHLTSISS LLGAINFIVT ...文字列:
MVQRWLYSTN AKDIAVLYFM LAIFSGMAGT AMSLIIRLEL AAPGSQYLHG NSQLFNVLVV GHAVLMIFF LVMPALIGGF GNYLLPLMIG ATDTAFPRIN NIAFWVLPMG LVCLVTSTLV E SGAGTGWT VYPPLSSIQA HSGPSVDLAI FALHLTSISS LLGAINFIVT TLNMRTNGMT MH KLPLFVW SIFITAFLLL LSLPVLSAGI TMLLLDRNFN TSFFEVSGGG DPILYEHLFW FFG HPEVYI LIIPGFGIIS HVVSTYSKKP VFGEISMVYA MASIGLLGFL VWSHHMYIVG LDAD TRAYF TSATMIIAIP TGIKIFSWLA TIHGGSIRLA TPMLYAIAFL FLFTMGGLTG VALAN ASLD VAFHDTYYVV GHFHYVLSMG AIFSLFAGYY YWSPQILGLN YNEKLAQIQF WLIFIG ANV IFFPMHFLGI NGMPRRIPDY PDAFAGWNYV ASIGSFIATL SLFLFIYILY DQLVNGL NN KVNNKSVIYN KAPDFVESNT IFNLNTVKSS SIEFLLTSPP AVHSFNTPAV QS

+
分子 #2: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POL...

分子名称: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE II, COX2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: DVPTPYACYF QDSATPNQEG ILELHDNIMF YLLVILGLVS WMLYT IVMT YSKNPIAYKY IKHGQTIEVI WTIFPAVILL IIAFPSFILL YLCDEVISPA MTIKAI GYQ WYWKYEYSDF INDSGETVEF ESYVIPDELL EEGQLRLLDT DTSMVVPVDT HIRFVVT AA ...文字列:
DVPTPYACYF QDSATPNQEG ILELHDNIMF YLLVILGLVS WMLYT IVMT YSKNPIAYKY IKHGQTIEVI WTIFPAVILL IIAFPSFILL YLCDEVISPA MTIKAI GYQ WYWKYEYSDF INDSGETVEF ESYVIPDELL EEGQLRLLDT DTSMVVPVDT HIRFVVT AA DVIHDFAIPS LGIKVDATPG RLNQVSALIQ REGVFYGACS ELCGTGHANM PIKIEAVS L PKFLEWLNEQ

+
分子 #3: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 3; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POL...

分子名称: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 3; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE III, COX3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MTHLERSRHQ QHPFHMVMPS PWPIVVSFAL LSLALSTALT MHGYIGNMNM VYLALFVLLT SSILWFRDI VAEATYLGDH TMAVRKGINL GFLMFVLSEV LIFAGLFWAY FHSAMSPDVT L GACWPPVG IEAVQPTELP LLNTIILLSS GATVTYSHHA LIAGNRNKAL ...文字列:
MTHLERSRHQ QHPFHMVMPS PWPIVVSFAL LSLALSTALT MHGYIGNMNM VYLALFVLLT SSILWFRDI VAEATYLGDH TMAVRKGINL GFLMFVLSEV LIFAGLFWAY FHSAMSPDVT L GACWPPVG IEAVQPTELP LLNTIILLSS GATVTYSHHA LIAGNRNKAL SGLLITFWLI VI FVTCQYI EYTNAAFTIS DGVYGSVFYA GTGLHFLHMV MLAAMLGVNY WRMRNYHLTA GHH VGYETT IIYTHVLDVI WLFLYVVFYW WGV

+
分子 #4: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 4, MITOCHONDRIAL; SYNONYM: CYTOCHROM...

分子名称: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 4, MITOCHONDRIAL; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE IV, COX4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
QQKPVVKTAQ NLAEVNGPET LIGPGAKEGT VPTDL DQET GLARLELLGK LEGIDVFDTK PLDSSRKGTM KDPIIIESYD DYRYVGCTGS PAGSHT IMW LKPTVNEVAR CWECGSVYKL NPVGVPNDDH HH

+
分子 #5: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 5A, MITOCHONDRIAL; SYNONYM: CYTO...

分子名称: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 5A, MITOCHONDRIAL; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VA, COX5A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MLRNTFTRAG GLSRITSVRF AQTHALSNAA VMDLQSRWEN MPSTEQQDIV SKLSERQKLP WAQLTEPEK QAVWYISYGE WGPRRPVLNK GDSSFIAKGV AAGLLFSVGL FAVVRMAGGQ D AKTMNKEW QLKSDEYLKS KNANPWGGYS QVQSK

+
分子 #6: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL; SYNONYM: CYTOCHROM...

分子名称: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VI, COX6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
SDAHDEETFE EFTARYEKEF DEAYDLFEV QRVLNNCFSY DLVPAPAVIE KALRAARRVN DLPTAIRVFE ALKYKVENED Q YKAYLDEL KDVRQELGVP LKEELFPSSS

+
分子 #7: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POL...

分子名称: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VII, COX7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
ANKVIQLQKI FQSSTKPLWW RHPRSALYLY PFYAIFAVAV VTPLLYIPNA IRGIKAKKA

+
分子 #8: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIII, MITOCHONDRIAL; SYNONYM: COX8

分子名称: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIII, MITOCHONDRIAL; SYNONYM: COX8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MLCQQMIRTT AKRSSNIMTR PIIMKRSVHF KDGVYENIPF KVKGRKTPYA LSHFGFFAIG FAVPFVACYV QLKKSGAF

+
分子 #9: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7A; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE PO...

分子名称: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7A; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIIA, COX9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
TIAPITGTIK RRVIMDIVLG FSLGGVMASY WWWGFHMDKI NKREKFYAEL AERKK

+
分子 #10: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 6B; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE PO...

分子名称: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 6B; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIB, COX12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
DQENSPLHTV GFDARFPQQN QTKHCWQSYV DYHKCVNMKG EDFAPCKVFW KTYNALCP L DWIEKWDDQR EKGIFAGDIN SD

+
分子 #11: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 6A, MITOCHONDRIAL; CYTOCHROME C OXID...

分子名称: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 6A, MITOCHONDRIAL; CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIA, COX13
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
ASSLPPNALK PAFGPPDKVA AQKFKESLMA TEKHAKDTSN MWVKISVWVA L PAIALTAV NTYFVEKEHA EHREHLKHVP DSEWPRDYEF MNIRSKPFFW GDGDKTLFWN PV VNRHIEH DDG ARGSHH HHHH

+
分子 #12: COX26; SYNONYM: Uncharacterized protein YDR119W-A

分子名称: COX26; SYNONYM: Uncharacterized protein YDR119W-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列:
MFFSQVLRSS ARAAPIKRYT GGRIGESWVI TEGRRLIPEI FQWSAVLSVC LGWPGAVYFF SKARKA

+
分子 #13: RCF2; SYNONYM: Respiratory supercomplex factor 2

分子名称: RCF2; SYNONYM: Respiratory supercomplex factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MKILTQDEIE AHRSHTLKGG IEGALAGFAI SAIIFKVLPR RYPKFKPSTL TWSIKTALWI TPPTVLTAI CAEEASNNFD ATMYGSGSSS EDALDEHRRW KSLSTKDKFV EGLSNNKYKI I TGAWAASL YGSWVIVNKD PIMTKAQKIV QARMYAQFIT VGLLLASVGL ...文字列:
MKILTQDEIE AHRSHTLKGG IEGALAGFAI SAIIFKVLPR RYPKFKPSTL TWSIKTALWI TPPTVLTAI CAEEASNNFD ATMYGSGSSS EDALDEHRRW KSLSTKDKFV EGLSNNKYKI I TGAWAASL YGSWVIVNKD PIMTKAQKIV QARMYAQFIT VGLLLASVGL SMYENKLHPN KQ KVNEMRR WENALRVAEE EERLEKEGRR TGYVSNEERI NSKIFKS

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL of sample applied to negatively glow discharged grid, blot force -10; blotting time 8.5 sec..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 2740 / 平均電子線量: 52.64 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: within cryosparc 2
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6t15

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 44194
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る