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- EMDB-10053: Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaet... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10053
タイトルCryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state B2
マップデータ
試料90S pre-ribosome, state B2
  • Periodic tryptophan protein 2-like protein
  • Utp2
  • Utp3
  • Utp4
  • Utp6
  • Utp7
  • UTP10
  • (U3 small nucleolar RNA-associated protein ...) x 2
  • Utp12
  • Utp13
  • Utp14
  • Utp15
  • Utp17
  • Utp18
  • Utp21
  • Utp24
  • Utp30
  • Nop1
  • Nop56
  • Nop58
  • Snu13
  • Rrp9
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • Bms1
  • Imp3
  • Imp4
  • Mpp10
  • Sof1
  • Emg1
  • KRR1 small subunit processome component
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • Kre33
  • Fcf2
  • (40S ribosomal protein ...) x 15
  • Faf1
  • (nucleic-acid核酸) x 2
  • Rrp7
  • Ribosome biogenesis protein ENP2リボソーム生合成
  • Utp20
  • Utp8
  • Utp5
  • Noc4
  • Rps1840S ribosomal protein S18
  • Enp1
  • U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein lcp5-like protein
  • Bfr2
  • Utp16
  • (ligandリガンド) x 3
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear microtubule / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / snRNA binding / box C/D snoRNP complex ...rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear microtubule / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / snRNA binding / box C/D snoRNP complex / rRNA base methylation / U3 snoRNA binding / protein localization to nucleolus / rRNA export from nucleus / small nucleolar ribonucleoprotein complex / preribosome, small subunit precursor / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / snoRNA binding / Transferases, Acyltransferases, Transferring groups other than aminoacyl groups / 転写後修飾 / small-subunit processome / ribosomal small subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear periphery / small ribosomal subunit rRNA binding / methyltransferase activity / small ribosomal subunit / rRNA processing / リボソーム生合成 / 助触媒 / cytosolic small ribosomal subunit / ribonucleoprotein complex / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / GTPase activity / GTP binding / 核小体 / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
Ribosomal protein S8 superfamily / RNA-binding S4 domain superfamily / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein, domain 2 / Nrap protein, domain 3 / Nrap protein, domain 4 / Nrap protein, domain 5 / Nrap protein, domain 6 / Nop domain superfamily ...Ribosomal protein S8 superfamily / RNA-binding S4 domain superfamily / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein, domain 2 / Nrap protein, domain 3 / Nrap protein, domain 4 / Nrap protein, domain 5 / Nrap protein, domain 6 / Nop domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Protein AATF/Bfr2 / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / Fcf2/DNTTIP2 / Pre-rRNA-processing protein PNO1-like / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / WD repeat-containing protein WDR46/Utp7 / Nucleolar protein 10/Enp2 / Ribosomal RNA-processing protein 7 / Rrp7, RRM-like N-terminal domain / Krr1, KH1 domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / TmcA/NAT10/Kre33 / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / AATF leucine zipper-containing domain / G-protein beta WD-40 repeat / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S7, conserved site / Fibrillarin, conserved site / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S15P / Ribosomal protein L1-like / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal RNA assembly KRR1 / Ribosomal RNA-processing protein 7, C-terminal domain / Periodic tryptophan protein 2 / Bms1/Tsr1-type G domain / Nucleolar complex protein 4 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Protein of unknown function DUF4602 / Possible tRNA binding domain / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein S28e conserved site / Helix hairpin bin domain superfamily / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / 50S ribosomal protein L30e-like / Nop, C-terminal domain / Ribosomal protein S12/S23 / Krr1 KH1 domain / Fcf2 pre-rRNA processing / Bystin / Down-regulated in metastasis / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / RS4NT (NUC023) domain / AARP2CN (NUC121) domain / BP28CT (NUC211) domain / BING4CT (NUC141) domain / NOP5NT (NUC127) domain / NUC153 domain / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / U3 snoRNA associated / Domain of unknown function (DUF1726) / Utp13 specific WD40 associated domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / Sas10 C-terminal domain / ヘリカーゼ / UTP15 C terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Ribosomal RNA-processing protein 7 (RRP7) C-terminal domain / Apoptosis antagonizing transcription factor / GNAT acetyltransferase 2 / Possible tRNA binding domain / Domain of unknown function (DUF4602) / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal_S17 N-terminal / Nrap protein PAP/OAS-like domain / Nrap protein domain 3 / Nrap protein nucleotidyltransferase domain 4 / Nrap protein PAP/OAS1-like domain 5 / Nrap protein domain 6 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain
S4 RNA-binding domain-containing protein / 40S ribosomal protein S7 / Uncharacterized protein / Ribosome biogenesis protein ENP2 / Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein / 40S ribosomal protein S28-like protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / 40S ribosomal protein S16-like protein ...S4 RNA-binding domain-containing protein / 40S ribosomal protein S7 / Uncharacterized protein / Ribosome biogenesis protein ENP2 / Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein / 40S ribosomal protein S28-like protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / 40S ribosomal protein S16-like protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S22-like protein / Uncharacterized protein / Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / 40S ribosomal protein S11-like protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / Periodic tryptophan protein 2-like protein / 40S ribosomal protein S14-like protein / Uncharacterized protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Ribonucloprotein / Uncharacterized protein / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein lcp5-like protein / DRIM domain-containing protein / Uncharacterized protein CTHT_0071780 / Putative U3 snoRNP protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Nop domain-containing protein / Utp12 domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / CBF domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / 40S ribosomal protein S13-like protein / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / 40S ribosomal protein s9-like protein / 40S ribosomal protein s5-like protein / 40S ribosomal protein S1 / RNA cytidine acetyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / Putative nucleolar protein / Pre-rRNA-processing protein PNO1 / KRR1 small subunit processome component / Bms1-type G domain-containing protein / Fcf2 domain-containing protein / Sas10 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / BP28CT domain-containing protein / Uncharacterized protein / Putative ribosomal protein / 40S ribosomal protein S24
生物種Chaetomium thermophilum (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Cheng J / Kellner N / Griesel S / Berninghausen O / Beckmann R / Hurt E
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2019
タイトル: Thermophile 90S Pre-ribosome Structures Reveal the Reverse Order of Co-transcriptional 18S rRNA Subdomain Integration.
著者: Jingdong Cheng / Jochen Baßler / Paulina Fischer / Benjamin Lau / Nikola Kellner / Ruth Kunze / Sabine Griesel / Martina Kallas / Otto Berninghausen / Daniela Strauss / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis involves RNA folding and processing that depend on assembly factors and small nucleolar RNAs (snoRNAs). The 90S (SSU-processome) is the earliest pre-ribosome ...Eukaryotic ribosome biogenesis involves RNA folding and processing that depend on assembly factors and small nucleolar RNAs (snoRNAs). The 90S (SSU-processome) is the earliest pre-ribosome structurally analyzed, which was suggested to assemble stepwise along the growing pre-rRNA from 5' > 3', but this directionality may not be accurate. Here, by analyzing the structure of a series of 90S assembly intermediates from Chaetomium thermophilum, we discover a reverse order of 18S rRNA subdomain incorporation. Large parts of the 18S rRNA 3' and central domains assemble first into the 90S before the 5' domain is integrated. This final incorporation depends on a contact between a heterotrimer Enp2-Bfr2-Lcp5 recruited to the flexible 5' domain and Kre33, which reconstitutes the Kre33-Enp-Brf2-Lcp5 module on the compacted 90S. Keeping the 5' domain temporarily segregated from the 90S scaffold could provide extra time to complete the multifaceted 5' domain folding, which depends on a distinct set of snoRNAs and processing factors.
構造検証レポートPDB-ID: 6rxv

簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月14日-
マップ公開2019年8月14日-
更新2019年8月14日-
現状2019年8月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-6rxv
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10053.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10053.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 480 pix.
= 520.32 Å		1.08 Å/pix.
x 480 pix.
= 520.32 Å		1.08 Å/pix.
x 480 pix.
= 520.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.084 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.3150755 - 0.41797182
平均 (標準偏差)0.0013170554 (±0.014309861)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 520.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0841.0841.084
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z520.320520.320520.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.3150.4180.001

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 90S pre-ribosome, state B2

全体名称: 90S pre-ribosome, state B2 / 構成要素数: 67

+
構成要素 #1: タンパク質, 90S pre-ribosome, state B2

タンパク質名称: 90S pre-ribosome, state B2 / 組換発現: No
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719

+
構成要素 #2: タンパク質, Periodic tryptophan protein 2-like protein

タンパク質名称: Periodic tryptophan protein 2-like protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 100.817508 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #3: タンパク質, Utp2

タンパク質名称: Utp2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 103.960703 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #4: タンパク質, Utp3

タンパク質名称: Utp3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 73.214633 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #5: タンパク質, Utp4

タンパク質名称: Utp4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 97.696523 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #6: タンパク質, Utp6

タンパク質名称: Utp6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 46.924773 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #7: タンパク質, Utp7

タンパク質名称: Utp7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 63.629379 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #8: タンパク質, UTP10

タンパク質名称: UTP10 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 198.508438 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #9: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 11

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 31.37965 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #10: タンパク質, Utp12

タンパク質名称: Utp12 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 107.573039 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #11: タンパク質, Utp13

タンパク質名称: Utp13 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 100.430352 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #12: タンパク質, Utp14

タンパク質名称: Utp14 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 104.741391 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #13: タンパク質, Utp15

タンパク質名称: Utp15 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 60.524145 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #14: タンパク質, Utp17

タンパク質名称: Utp17 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 105.039695 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #15: タンパク質, Utp18

タンパク質名称: Utp18 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 69.055141 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #16: タンパク質, Utp21

タンパク質名称: Utp21 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 115.122008 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #17: タンパク質, Utp24

タンパク質名称: Utp24 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.135992 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #18: タンパク質, Utp30

タンパク質名称: Utp30 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 43.700527 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #19: タンパク質, Nop1

タンパク質名称: Nop1 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 32.960844 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #20: タンパク質, Nop56

タンパク質名称: Nop56 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 57.830699 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #21: タンパク質, Nop58

タンパク質名称: Nop58 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 64.292113 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #22: タンパク質, Snu13

タンパク質名称: Snu13 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.831854 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #23: タンパク質, Rrp9

タンパク質名称: Rrp9 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 69.610438 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #24: タンパク質, RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein

タンパク質名称: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 43.399766 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #25: タンパク質, Bms1

タンパク質名称: Bms1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 134.17225 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #26: タンパク質, Imp3

タンパク質名称: Imp3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.802396 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #27: タンパク質, Imp4

タンパク質名称: Imp4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 34.216266 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #28: タンパク質, Mpp10

タンパク質名称: Mpp10 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 86.082141 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #29: タンパク質, Sof1

タンパク質名称: Sof1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 50.869828 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #30: タンパク質, Emg1

タンパク質名称: Emg1 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.936164 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #31: タンパク質, KRR1 small subunit processome component

タンパク質名称: KRR1 small subunit processome component / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 37.500777 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #32: タンパク質, Pre-rRNA-processing protein PNO1

タンパク質名称: Pre-rRNA-processing protein PNO1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 28.715047 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #33: タンパク質, Kre33

タンパク質名称: Kre33 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 119.795125 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #34: タンパク質, Fcf2

タンパク質名称: Fcf2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.569129 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #35: タンパク質, 40S ribosomal protein S1

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.245158 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #36: タンパク質, 40S ribosomal protein S4

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.800764 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #37: タンパク質, 40S ribosomal protein s5-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein s5-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.679225 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #38: タンパク質, 40S ribosomal protein S6

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.490139 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #39: タンパク質, 40S ribosomal protein S7

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.08465 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #40: タンパク質, 40S ribosomal protein S8

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.102416 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #41: タンパク質, 40S ribosomal protein s9-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein s9-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.029836 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #42: タンパク質, 40S ribosomal protein S13-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S13-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.912891 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #43: タンパク質, 40S ribosomal protein S14-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S14-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.071464 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #44: タンパク質, 40S ribosomal protein S16-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S16-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.962771 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #45: タンパク質, 40S ribosomal protein S11-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S11-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 18.698182 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #46: タンパク質, 40S ribosomal protein S22-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S22-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.905471 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #47: タンパク質, 40S ribosomal protein s23-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein s23-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.934653 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #48: タンパク質, 40S ribosomal protein S24

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S24 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.535286 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #49: タンパク質, 40S ribosomal protein S28-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S28-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.74198 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #50: タンパク質, Faf1

タンパク質名称: Faf1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 34.576586 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #51: nucleic-acid, 35S ribosomal RNA

核酸名称: 35S ribosomal RNAリボソームRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
GGGGGGAUGU CCGGGUCGCC CUGGGCACCU CUCCGCGGCA GCCUUCGCGG GCAAGCCGUA GUCCCGGUUC AUACGUCGCC GCAAUCGCGA GGGGACCAAC GGGUAACCGU UCCUCCAAGC GGUCGCCGGC GAGCACCACC CCAGCCCCGC CGCCGCCCCC AGCGCACCGC GCGCAGGGGG GCCGGCGCGG CAUCUGGGAA GACUCCUAAG GCGCAAGGGA AUACCCCGUG UGCGCCGGGG GUUGGGCUCU GUGGGUGCUU GGCCGCUGGC CAGACCUACU UCAAAGCCAC CGGGGGUACC UACCGGUUGG GGAAGCCCUA GCGGCUGAAC CUCUCGGUCG GGCCUCCUCU UGGGGCGCCU AGGCGGUGUC UUCGGGUCGC GUGCAGCCUC CCGUCCUCGC CUGCCGACAG CGCUCUGGGG AAUUCAGGAG GGGAAAGCAG AUGUGCCCCG CGGCGAGACU GGCGCACCGC CGGACGAGCU GCUGGGGCAC GCGGGUACGC UAGCCGCUAG CGCCCGCCAG CCUGUAACUA GAGUGAACUC GGCCGCCCUG AAACACGGGC GGUUGGCCUG CUUAGGCGCA CGAUAGUUAC CUGGUUGAUU CUGCCAGUAG UCAUAUGCUU GUCUCAAAGA UUAAGCCAUG CAUGUCUAAG UAUAAGCAAU UAUACAGCGA AACUGCGAAU GGCUCAUUAA AUCAGUUAUC GUUUAUUUGA UAGUACCUUA CUACAUGGAU AACCGUGGUA AUUCUAGAGC UAAUACAUGC UGAAAAUCCC GACUUCGGAA GGGAUGUAUU UAUUAGAUUA AAAACCAAUG CCCUUCGGGG CUUUCUGGUG AUUCAUAAUA ACUUCUCGAA UCGCACGGCC UUGCGCCGGC GAUGGUUCAU UCAAAUUUCU GCCCUAUCAA CUUUCGACGG CUGGGUAUUG GCCAGCCGUG GUGACAACGG GUAACGGAGG GUUAGGGCUC GACCCCGGAG AAGGAGCCUG AGAAACGGCU ACUACAUCCA AGGAAGGCAG CAGGCGCGCA AAUUACCCAA UCCCGACACG GGGAGGUAGU GACAAUAAAU ACUGAUACAG GGCUCUUUCG GGUCUUGUAA UUGGAAUGAG UACAAUUUAA AUCCCUUAAC GAGGAACAAU UGGAGGGCAA GUCUGGUGCC AGCAGCCGCG GUAAUUCCAG CUCCAAUAGC GUAUAUUAAA GUUGUUGAGG UUAAAAAGCU CGUAGUUGAA CCUUGGGCCU AGCCCGCCGG UCCGCCUCAC CGCGUGCACU GGCUGGGCUG GGCCUUUCCU UCUGGAGAAC CGCAUGCCCU UCACUGGGUG UGUCGGGGAA CCAGGACUUU UACUCUGAAC AAAUUAGAUC GCUUAAAGAA GGCCUAUGCU UGAAUACAUU AGCAUGGAAU AAUAGAAUAG GACGUGUGGU UCUAUUUUGU UGGUUUCUAG GACCGCCGUA AUGAUUAAUA GGGACAGUCG GGGGCGUCAG UAUUCAAUUG UCAGAGGUGA AAUUCUUGGA UUUAUUGAAG ACUAACAACU GCGAAAGCAU UCGCCAAGGA UGUUUUCAUU AAUCAGGAAC GAAAGUUAGG GGAUCGAAGA CGAUCAGAUA CCGUCGUAGU CUUAACCAUA AACUAUGCCG AUUAGGGAUC GGACGGCGUU UAUUUUUGAC CCGUUCGGCA CCUUACGAUA AAUCAAAAUG UUUGGGCUCC UGGGGGAGUA UGGUCGCAAG GCUGAAACUU AAAGAAAUUG ACGGAAGGGC ACCACCAGGG GUGGAGCCUG CGGCUUAAUU UGACUCAACA CGGGGAAACU CACCAGGUCC AGACACGAUG AGGAUUGACA GAUUGAGAGC UCUUUCUUGA UUUCGUGGGU GGUGGUGCAU GGCCGUUCUU AGUUGGUGGA GUGAUUUGUC UGCUUAAUUG CGAUAACGAA CGAGACCUUA ACCUGCUAAA UAGCCCGUAU UGCCUUGGCA GUACGCCGGC UUCUUAGAGG GACUAUCGGC UCAAGCCGAU GGAAGUUUGA GGCAAUAACA GGUCUGUGAU GCCCUUAGAU GUUCUGGGCC GCACGCGCGC UACACUGACA GAGCCAGCGA GUACUCCCUU GGCCGAGAGG CCCGGGUAAU CUUGUUAAAC UCUGUCGUGC UGGGGAUAGA GCAUUGCAAU UAUUGCUCUU CAACGAGGAA UCCCUAGUAA GCGCAAGUCA UCAGCUUGCG UUGAUUACGU CCCUGCCCUU UGUACACACC GCCCGUCGCU ACUACCGAUC CAGAGAGGUC GGCAACGACC ACUCAGGGCC GGAAAGUUAU CCAAACUCGG UCGUUUAGAG GAAGUAAAAG UCGUAACAAG GUCUCCGUAG GUGAACCUGC GGAGGGAUCA UU
分子量理論値: 758.475312 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #52: nucleic-acid, U3 snoRNA

核酸名称: U3 snoRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
AGCGACAAUA CUUCAGAGAA UCAUUUCUAU AGUAGUUGUC CUCUCUUGUG UUUCCUAAAG GAGCCACAGA UCCCACCCGG GUUGAUGAAC GAGAUCCUCG GCGCCAGUGA GGUCCAUUUA CUCUCGCUCU ACCUGCAAAG GUGGCGGUCG CGUGCCUCGU CUCGCGGCUG UAUAGAGAGU GGCGAUGAUC UGUACCCCGC GGGGUGGGUG UCGAUGGAAG UCUGACCGGC
分子量理論値: 73.966539 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #53: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 22

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 131.105422 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #54: タンパク質, Rrp7

タンパク質名称: Rrp7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 36.36657 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #55: タンパク質, Ribosome biogenesis protein ENP2

タンパク質名称: Ribosome biogenesis protein ENP2リボソーム生合成
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 75.833805 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #56: タンパク質, Utp20

タンパク質名称: Utp20 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 295.278938 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #57: タンパク質, Utp8

タンパク質名称: Utp8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 102.421133 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #58: タンパク質, Utp5

タンパク質名称: Utp5 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 44.663355 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #59: タンパク質, Noc4

タンパク質名称: Noc4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 63.331664 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #60: タンパク質, Rps18

タンパク質名称: Rps1840S ribosomal protein S18 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.826707 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #61: タンパク質, Enp1

タンパク質名称: Enp1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 54.319605 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #62: タンパク質, U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein lcp5-like protein

タンパク質名称: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein lcp5-like protein
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 42.625387 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #63: タンパク質, Bfr2

タンパク質名称: Bfr2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 69.040602 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #64: タンパク質, Utp16

タンパク質名称: Utp16 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 40.726016 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

+
構成要素 #65: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

+
構成要素 #66: リガンド, GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

リガンド名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.52318 kDa

+
構成要素 #67: リガンド, MAGNESIUM ION

リガンド名称: MAGNESIUM ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.430505 MDa

-
実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 28 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 48335
３次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築

得られたモデル

6rxv

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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