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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0505 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of full-length chicken STING in the cGAMP-bound tetrameric state | |||||||||||||||||||||
マップデータ | primary map | |||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ER / membrane / adaptor / IMMUNE SYSTEM | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 STING mediated induction of host immune responses / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / autophagosome ...STING mediated induction of host immune responses / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Neutrophil degranulation / protein complex oligomerization / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Shang G / Zhang C | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structures of STING reveal its mechanism of activation by cyclic GMP-AMP. 著者: Guijun Shang / Conggang Zhang / Zhijian J Chen / Xiao-Chen Bai / Xuewu Zhang / 要旨: Infections by pathogens that contain DNA trigger the production of type-I interferons and inflammatory cytokines through cyclic GMP-AMP synthase, which produces 2'3'-cyclic GMP-AMP (cGAMP) that binds ...Infections by pathogens that contain DNA trigger the production of type-I interferons and inflammatory cytokines through cyclic GMP-AMP synthase, which produces 2'3'-cyclic GMP-AMP (cGAMP) that binds to and activates stimulator of interferon genes (STING; also known as TMEM173, MITA, ERIS and MPYS). STING is an endoplasmic-reticulum membrane protein that contains four transmembrane helices followed by a cytoplasmic ligand-binding and signalling domain. The cytoplasmic domain of STING forms a dimer, which undergoes a conformational change upon binding to cGAMP. However, it remains unclear how this conformational change leads to STING activation. Here we present cryo-electron microscopy structures of full-length STING from human and chicken in the inactive dimeric state (about 80 kDa in size), as well as cGAMP-bound chicken STING in both the dimeric and tetrameric states. The structures show that the transmembrane and cytoplasmic regions interact to form an integrated, domain-swapped dimeric assembly. Closure of the ligand-binding domain, induced by cGAMP, leads to a 180° rotation of the ligand-binding domain relative to the transmembrane domain. This rotation is coupled to a conformational change in a loop on the side of the ligand-binding-domain dimer, which leads to the formation of the STING tetramer and higher-order oligomers through side-by-side packing. This model of STING oligomerization and activation is supported by our structure-based mutational analyses. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0505.map.gz | 35.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0505-v30.xml emd-0505.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0505_fsc.xml | 7.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0505.png | 129.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0505.cif.gz | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0505 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0505 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0505_validation.pdf.gz | 473.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0505_full_validation.pdf.gz | 473.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0505_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0505_validation.cif.gz | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0505 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0505 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0505.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : full-length chicken STING
全体 | 名称: full-length chicken STING |
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要素 |
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-超分子 #1: full-length chicken STING
超分子 | 名称: full-length chicken STING / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
-分子 #1: Stimulator of interferon genes protein
分子 | 名称: Stimulator of interferon genes protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 44.20707 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPQDPSTRSS PARLLIPEPR AGRARHAACV LLAVCFVVLF LSGEPLAPII RSVCTQLAAL QLGVLLKGCC CLAEEIFHLH SRHHGSLWQ VLCSCFPPRW YLALLLVGGS AYLDPPEDNG HSPRLALTLS CLCQLLVLAL GLQKLSAVEV SELTESSKKN V AHGLAWSY ...文字列: MPQDPSTRSS PARLLIPEPR AGRARHAACV LLAVCFVVLF LSGEPLAPII RSVCTQLAAL QLGVLLKGCC CLAEEIFHLH SRHHGSLWQ VLCSCFPPRW YLALLLVGGS AYLDPPEDNG HSPRLALTLS CLCQLLVLAL GLQKLSAVEV SELTESSKKN V AHGLAWSY YIGYLKVVLP RLKECMEELS RTNPMLRAHR DTWKLHILVP LGCDIWDDLE KADSNIQYLA DLPETILTRA GI KRRVYKH SLYVIRDKDN KLRPCVLEFA SPLQTLCAMS QDDCAAFSRE QRLEQARLFY RSLRDILGSS KECAGLYRLI AYE EPAEPE SHFLSGLILW HLQQQQREEY MVQEELPLGT SSVELSLQVS SSDLPQPLRS DCPGIHRPDY KDDDDK UniProtKB: Stimulator of interferon genes protein |
-分子 #2: cGAMP
分子 | 名称: cGAMP / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: 1SY |
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分子量 | 理論値: 674.411 Da |
Chemical component information | ChemComp-1SY: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6nt8: |