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- EMDB-0467: Shewanella oneidensis MR-1 bacterial flagellar motor -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 0467
タイトルShewanella oneidensis MR-1 bacterial flagellar motor
マップデータem-volume_P1
試料Shewanella oneidensis MR-1:
由来Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
実験手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 69Å分解能
データ登録者Kaplan M / Ghosal D / Subramanian P / Oikonomou CO / Kjaer A / Pirbadian S / Ortega DR / Briegel A / El-Naggar MY / Jensen GJ
引用
ジャーナル: Elife / : 2019
タイトル: The presence and absence of periplasmic rings in bacterial flagellar motors correlates with stator type.
著者: Mohammed Kaplan / Debnath Ghosal / Poorna Subramanian / Catherine M Oikonomou / Andreas Kjaer / Sahand Pirbadian / Davi R Ortega / Ariane Briegel / Mohamed Y El-Naggar / Grant J Jensen
要旨: The bacterial flagellar motor, a cell-envelope-embedded macromolecular machine that functions as a cellular propeller, exhibits significant structural variability between species. Different ...The bacterial flagellar motor, a cell-envelope-embedded macromolecular machine that functions as a cellular propeller, exhibits significant structural variability between species. Different torque-generating stator modules allow motors to operate in different pH, salt or viscosity levels. How such diversity evolved is unknown. Here, we use electron cryo-tomography to determine the in situ macromolecular structures of three Gammaproteobacteria motors: , , and , providing the first views of intact motors with dual stator systems. Complementing our imaging with bioinformatics analysis, we find a correlation between the motor's stator system and its structural elaboration. Motors with a single H-driven stator have only the core periplasmic P- and L-rings; those with dual H-driven stators have an elaborated P-ring; and motors with Na or Na/H-driven stators have both their P- and L-rings embellished. Our results suggest an evolution of structural elaboration that may have enabled pathogenic bacteria to colonize higher-viscosity environments in animal hosts.
#1: ジャーナル: bioRxiv
タイトル: The structural complexity of the Gammaproteobacteria flagellar motor is related to the type of its torque-generating stators
著者: Kaplan M / Ghosal D / Subramanian P / Oikonomou CO / Kjaer A / Pirbadian S / Ortega DR / El-Naggar MY / jensen GJ
日付登録: 2019年1月15日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2019年1月30日 / マップ公開: 2019年1月30日 / 最新の更新: 2019年2月20日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 170
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 170
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_0467.map.gz (map file in CCP4 format, 3466 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
150 pix
19.2 Å/pix.
= 2880. Å
76 pix
19.2 Å/pix.
= 1459.2 Å
76 pix
19.2 Å/pix.
= 1459.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 19.2 Å
密度
表面のレベル:170.0 (by author), 170 (ムービー #1)
最小 - 最大0.000015258789 - 255.0
平均 (標準偏差)110.4786 (46.863872999999998)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions7676150
Origin0.00.00.0
Limit75.075.0149.0
Spacing7676150
セルA: 1459.2001 Å / B: 1459.2001 Å / C: 2880.0 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z19.219.219.2
M x/y/z7676150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1459.2001459.2002880.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS7676150
D min/max/mean0.000255.000110.479

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Shewanella oneidensis MR-1

全体名称: Shewanella oneidensis MR-1 / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: 細胞要素, Shewanella oneidensis MR-1

細胞要素名称: Shewanella oneidensis MR-1 / 組換発現: No
由来生物種: Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 細胞 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7
急速凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 1.2 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: サブトモグラム平均法 / 想定した対称性: C2 (2回回転対称) / サブトモグラムの数: 100
3次元再構成分解能: 69 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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