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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0442 | |||||||||
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タイトル | Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epidermidis RP62a | |||||||||
マップデータ | Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epidermidis RP62a, primary map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Dorsey BW / Mondragon A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2019 タイトル: Structural organization of a Type III-A CRISPR effector subcomplex determined by X-ray crystallography and cryo-EM. 著者: Bryan W Dorsey / Lei Huang / Alfonso Mondragón / 要旨: Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their associated Cas proteins provide an immune-like response in many prokaryotes against extraneous nucleic acids. CRISPR-Cas ...Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their associated Cas proteins provide an immune-like response in many prokaryotes against extraneous nucleic acids. CRISPR-Cas systems are classified into different classes and types. Class 1 CRISPR-Cas systems form multi-protein effector complexes that includes a guide RNA (crRNA) used to identify the target for destruction. Here we present crystal structures of Staphylococcus epidermidis Type III-A CRISPR subunits Csm2 and Csm3 and a 5.2 Å resolution single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction of an in vivo assembled effector subcomplex including the crRNA. The structures help to clarify the quaternary architecture of Type III-A effector complexes, and provide details on crRNA binding, target RNA binding and cleavage, and intermolecular interactions essential for effector complex assembly. The structures allow a better understanding of the organization of Type III-A CRISPR effector complexes as well as highlighting the overall similarities and differences with other Class 1 effector complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0442.map.gz | 51.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0442-v30.xml emd-0442.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0442_fsc.xml | 8.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0442.png | 64.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0442 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0442 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0442_validation.pdf.gz | 78.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0442_full_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0442_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0442 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0442 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0442.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 55.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epidermidis RP62a, primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epiderm...
全体 | 名称: Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epidermidis RP62a |
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要素 |
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-超分子 #1: Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epiderm...
超分子 | 名称: Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epidermidis RP62a タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌) |
分子量 | 実験値: 255 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.20 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Glow discharged with 15mA. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 4 seconds with +5 force before plunging.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FS |
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温度 | 最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 7 / 実像数: 1037 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 37.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 40323 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 30000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |