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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0263 | |||||||||
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タイトル | Horse spleen apo-ferritin with beam tilt correction in RELION-3.0 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction calculated from images that were collected over 9 Quantifoil holes using beam shift instead of moving the stage, and then correct for beam tilt in RELION-3.0 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Equus caballus (ウマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.18 Å | |||||||||
データ登録者 | Zivanov J / Nakane T / Hagen WJH / Scheres SHW | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: New tools for automated high-resolution cryo-EM structure determination in RELION-3. 著者: Jasenko Zivanov / Takanori Nakane / Björn O Forsberg / Dari Kimanius / Wim Jh Hagen / Erik Lindahl / Sjors Hw Scheres / 要旨: Here, we describe the third major release of RELION. CPU-based vector acceleration has been added in addition to GPU support, which provides flexibility in use of resources and avoids memory ...Here, we describe the third major release of RELION. CPU-based vector acceleration has been added in addition to GPU support, which provides flexibility in use of resources and avoids memory limitations. Reference-free autopicking with Laplacian-of-Gaussian filtering and execution of jobs from python allows non-interactive processing during acquisition, including 2D-classification, model generation and 3D-classification. Per-particle refinement of CTF parameters and correction of estimated beam tilt provides higher resolution reconstructions when particles are at different heights in the ice, and/or coma-free alignment has not been optimal. Ewald sphere curvature correction improves resolution for large particles. We illustrate these developments with publicly available data sets: together with a Bayesian approach to beam-induced motion correction it leads to resolution improvements of 0.2-0.7 Å compared to previous RELION versions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0263.map.gz | 55.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0263-v30.xml emd-0263.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0263_fsc.xml | 9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0263.png | 162.8 KB | ||
マスクデータ | emd_0263_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_0263_half_map_1.map.gz emd_0263_half_map_2.map.gz | 47 MB 46.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0263 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0263 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0263.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction calculated from images that were collected over 9 Quantifoil holes using beam shift instead of moving the stage, and then correct for beam tilt in RELION-3.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0263_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Independently refined halfmap 2
ファイル | emd_0263_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Independently refined halfmap 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Independently refined halfmap 1
ファイル | emd_0263_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Independently refined halfmap 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Horse spleen apo-ferritin
全体 | 名称: Horse spleen apo-ferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: Horse spleen apo-ferritin
超分子 | 名称: Horse spleen apo-ferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Equus caballus (ウマ) |
-分子 #1: horse spleen apo-ferritin
分子 | 名称: horse spleen apo-ferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Bought from Sigma / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Equus caballus (ウマ) |
配列 | 文字列: MSSQIRQNYS TEVEAAVNRL VNLYLRASYT YLSLGFYFDR DDVALEGVCH FFRELAEEKR EGAERLLKMQ NQRGGRALFQ DLQKPSQDEW GTTLDAMKAA IVLEKSLNQA LLDLHALGSA QADPHLCDFL ESHFLDEEVK LIKKMGDHLT NIQRLVGSQA GLGEYLFERL TLKHD |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.6 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
アライメント法 | Basic - Residual tilt: 1.2 mrad |
詳細 | Used beam shift to collect data, corrected for beam tilt in RELION-3.0 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 450 / 平均露光時間: 14.0 sec. / 平均電子線量: 41.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |