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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0097 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the CBF3-msk complex of the budding yeast kinetochore | |||||||||
マップデータ | CBF3-msk | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / mitotic spindle elongation / centromeric DNA binding ...RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / mitotic spindle elongation / centromeric DNA binding / regulation of exit from mitosis / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / positive regulation of glucose transmembrane transport / regulation of metabolic process / protein neddylation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / vacuolar acidification / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA binding, bending / spindle pole body / mitochondrial fusion / exit from mitosis / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Orc1 removal from chromatin / regulation of mitotic cell cycle / cullin family protein binding / DNA replication origin binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of protein-containing complex assembly / spindle midzone / endomembrane system / negative regulation of cytoplasmic translation / chromosome segregation / G1/S transition of mitotic cell cycle / kinetochore / G2/M transition of mitotic cell cycle / spindle / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Yan K / Zhang Z / Yang J / McLaughlin SH / Barford D | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Architecture of the CBF3-centromere complex of the budding yeast kinetochore. 著者: Kaige Yan / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / David Barford / 要旨: Kinetochores are multicomponent complexes responsible for coordinating the attachment of centromeric DNA to mitotic-spindle microtubules. The point centromeres of budding yeast are organized into ...Kinetochores are multicomponent complexes responsible for coordinating the attachment of centromeric DNA to mitotic-spindle microtubules. The point centromeres of budding yeast are organized into three centromeric determining elements (CDEs), and are associated with the centromere-specific nucleosome Cse4. Deposition of Cse4 at CEN loci is dependent on the CBF3 complex that engages CDEIII to direct Cse4 nucleosomes to CDEII. To understand how CBF3 recognizes CDEIII and positions Cse4, we determined a cryo-EM structure of a CBF3-CEN complex. CBF3 interacts with CEN DNA as a head-to-head dimer that includes the whole of CDEIII and immediate 3' regions. Specific CEN-binding of CBF3 is mediated by a Cep3 subunit of one of the CBF3 protomers that forms major groove interactions with the conserved and essential CCG and TGT motifs of CDEIII. We propose a model for a CBF3-Cse4-CEN complex with implications for understanding CBF3-directed deposition of the Cse4 nucleosome at CEN loci. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0097.map.gz | 3.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0097-v30.xml emd-0097.xml | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0097.png | 30.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0097 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0097 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0097_validation.pdf.gz | 218.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0097_full_validation.pdf.gz | 217.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0097_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0097 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0097 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0097.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CBF3-msk | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CBF3-msk complex
全体 | 名称: CBF3-msk complex |
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要素 |
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-超分子 #1: CBF3-msk complex
超分子 | 名称: CBF3-msk complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) |
-分子 #1: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
分子 | 名称: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 71.439891 KDa |
組換発現 | 生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) |
配列 | 文字列: MFNRTTQLKS KHPCSVCTRR KVKCDRMIPC GNCRKRGQDS ECMKSTKLIT ASSSKEYLPD LLLFWQNYEY WITNIGLYKT KQRDLTRTP ANLDTDTEEC MFWMNYLQKD QSFQLMNFAM ENLGALYFGS IGDISELYLR VEQYWDRRAD KNHSVDGKYW D ALIWSVFT ...文字列: MFNRTTQLKS KHPCSVCTRR KVKCDRMIPC GNCRKRGQDS ECMKSTKLIT ASSSKEYLPD LLLFWQNYEY WITNIGLYKT KQRDLTRTP ANLDTDTEEC MFWMNYLQKD QSFQLMNFAM ENLGALYFGS IGDISELYLR VEQYWDRRAD KNHSVDGKYW D ALIWSVFT MCIYYMPVEK LAEIFSVYPL HEYLGSNKRL NWEDGMQLVM CQNFARCSLF QLKQCDFMAH PDIRLVQAYL IL ATTTFPY DEPLLANSLL TQCIHTFKNF HVDDFRPLLN DDPVESIAKV TLGRIFYRLC GCDYLQSGPR KPIALHTEVS SLL QHAAYL QDLPNVDVYR EENSTEVLYW KIISLDRDLD QYLNKSSKPP LKTLDAIRRE LDIFQYKVDS LEEDFRSNNS RFQK FIALF QISTVSWKLF KMYLIYYDTA DSLLKVIHYS KVIISLIVNN FHAKSEFFNR HPMVMQTITR VVSFISFYQI FVESA AVKQ LLVDLTELTA NLPTIFGSKL DKLVYLTERL SKLKLLWDKV QLLDSGDSFY HPVFKILQND IKIIELKNDE MFSLIK GLG SLVPLNKLRQ ESLLEEEDEN NTEPSDFRTI VEEFQSEYNI SDILS |
-分子 #2: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C
分子 | 名称: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 56.416863 KDa |
組換発現 | 生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) |
配列 | 文字列: MPSFNPVRFL ELPIDIRKEV YFHLDGNFCG AHPYPIDILY KSNDVELPGK PSYKRSKRSK KLLRYMYPVF ATYLNIFEYS PQLIEKWLE YAFWLRYDCL VLDCFKVNHL YDGTLIDALE WTYLDNELRL AYFNKASMLE VWYTFKEYKK WVIDSVAFDE L DLLNVSNI ...文字列: MPSFNPVRFL ELPIDIRKEV YFHLDGNFCG AHPYPIDILY KSNDVELPGK PSYKRSKRSK KLLRYMYPVF ATYLNIFEYS PQLIEKWLE YAFWLRYDCL VLDCFKVNHL YDGTLIDALE WTYLDNELRL AYFNKASMLE VWYTFKEYKK WVIDSVAFDE L DLLNVSNI QFNIDNLTPQ LVDKCLSILE QKDLFATIGE VQFGQDEEVG EEKDVDVSGA NSDENSSPSS TIKNKKRSAS KR SHSDNGN VGATHNQLTS ISVIRTIRSM ESMKSLRKIT VRGEKLYELL INFHGFRDNP GKTISYIVKR RINEIRLSRM NQI SRTGLA DFTRWDNLQK LVLSRVAYID LNSIVFPKNF KSLTMKRVSK IKWWNIEENI LKELKVDKRT FKSLYIKEDD SKFT KFFNL RHTRIKELDK SEINQITYLR CQAIVWLSFR TLNHIKLQNV SEVFNNIIVP RALFDSKRVE IYRCEKISQV LVI |
-分子 #3: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
分子 | 名称: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 66.401859 KDa |
組換発現 | 生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) |
配列 | 文字列: MFNRITASSS KEYLPDLLLF WQNYEYWITN IGLYKTKQRD LTRTPANLDT DTEECMFWMN YLQKDQSFQL MNFAMENLGA LYFGSIGDI SELYLRVEQY WDRRADKNHS VDGKYWDALI WSVFTMCIYY MPVEKLAEIF SVYPLHEYLG SNKRLNWEDG M QLVMCQNF ...文字列: MFNRITASSS KEYLPDLLLF WQNYEYWITN IGLYKTKQRD LTRTPANLDT DTEECMFWMN YLQKDQSFQL MNFAMENLGA LYFGSIGDI SELYLRVEQY WDRRADKNHS VDGKYWDALI WSVFTMCIYY MPVEKLAEIF SVYPLHEYLG SNKRLNWEDG M QLVMCQNF ARCSLFQLKQ CDFMAHPDIR LVQAYLILAT TTFPYDEPLL ANSLLTQCIH TFKNFHVDDF RPLLNDDPVE SI AKVTLGR IFYRLCGCDY LQSGPRKPIA LHTEVSSLLQ HAAYLQDLPN VDVYREENST EVLYWKIISL DRDLDQYLNK SSK PPLKTL DAIRRELDIF QYKVDSLEED FRSNNSRFQK FIALFQISTV SWKLFKMYLI YYDTADSLLK VIHYSKVIIS LIVN NFHAK SEFFNRHPMV MQTITRVVSF ISFYQIFVES AAVKQLLVDL TELTANLPTI FGSKLDKLVY LTERLSKLKL LWDKV QLLD SGDSFYHPVF KILQNDIKII ELKNDEMFSL IKGLGSLVPL NKLRQESLLE EEDENNTEPS DFRTIVEEFQ SEYNIS DIL S |
-分子 #4: Suppressor of kinetochore protein 1
分子 | 名称: Suppressor of kinetochore protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 22.35727 KDa |
組換発現 | 生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) |
配列 | 文字列: MVTSNVVLVS GEGERFTVDK KIAERSLLLK NYLNDMHDSN LQNNSDSESD SDSETNHKSK DNNNGDDDDE DDDEIVMPVP NVRSSVLQK VIEWAEHHRD SNFPDEDDDD SRKSAPVDSW DREFLKVDQE MLYEIILAAN YLNIKPLLDA GCKVVAEMIR G RSPEEIRR ...文字列: MVTSNVVLVS GEGERFTVDK KIAERSLLLK NYLNDMHDSN LQNNSDSESD SDSETNHKSK DNNNGDDDDE DDDEIVMPVP NVRSSVLQK VIEWAEHHRD SNFPDEDDDD SRKSAPVDSW DREFLKVDQE MLYEIILAAN YLNIKPLLDA GCKVVAEMIR G RSPEEIRR TFNIVNDFTP EEEAAIRREN EWAEDR |
-分子 #5: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A
分子 | 名称: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 112.066031 KDa |
組換発現 | 生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) |
配列 | 文字列: MRSSILFLLK LMKIMDVQQQ QEAMSSEDRF QELVDSLKPR TAHQYKTYYT KYIQWCQLNQ IIPTPEDNSV NSVPYKDLPI SAELIHWFL LDTLITDDKP GEKREETEDL DEEEENSFKI ATLKKIIGSL NFLSKLCKVH ENPNANIDTK YLESVTKLHT H WIDSQKAI ...文字列: MRSSILFLLK LMKIMDVQQQ QEAMSSEDRF QELVDSLKPR TAHQYKTYYT KYIQWCQLNQ IIPTPEDNSV NSVPYKDLPI SAELIHWFL LDTLITDDKP GEKREETEDL DEEEENSFKI ATLKKIIGSL NFLSKLCKVH ENPNANIDTK YLESVTKLHT H WIDSQKAI TTNETNNTNT QVLCPPLLKV SLNLWNPETN HLSEKFFKTC SEKLRFLVDF QLRSYLNLSF EERSKIRFGS LK LGKRDRD AIIYHKVTHS AEKKDTPGHH QLLALLPQDC PFICPQTTLA AYLYLRFYGI PSVSKGDGFP NLNADENGSL LQD IPILRG KSLTTYPREE TFSNYYTTVF RYCHLPYKRR EYFNKCNLVY PTWDEDTFRT FFNEENHGNW LEQPEAFAFP DKIP FDFKK IMNFKSPYTS YSTNAKKDPF PPPKDLLVQI FPEIDEYKRH DYEGLSQNSR DFLDLMEVLR ERFLSNLPWI YKFFP NHDI FQDPIFGNSD FQSYFNDKTI HSKGSPILSF DILPGFNKIY KNKTNFYSLL IERPSQLTFA SSHNPDTHPT QKQESE GPL QMSQLDTTQL NELLKQQSFE YVQFQTLSNF QILLSVFNKI FEKLEMKKSS RGYILHQLNL FKITLDERIK KSKIDDA DK FIRDNQPIKK EENIVNEDGP NTSRRTKRPK QIRLLSIADS SDESSTEDSN VFKKDGESIE DGAYGENEDE NDSEMQEQ L KSMINELINS KISTFLRDQM DQFELKINAL LDKILEEKVT RIIEQKLGSH TGKFSTLKRP QLYMTEEHNV GFDMEVPKK LRTSGKYAET VKDNDDHQAM STTASPSPEQ DQEAKSYTDE QEFMLDKSID SIEGIILEWF TPNAKYANQC VHSMNKSGNK SWRANCEAL YKERKSIVEF YIYLVNHESL DRYKAVDICE KLRDQNEGSF SRLAKFLRKW RHDHQNSFDG LLVYLSN |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 27.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model was from SIMPLE_PRIME reconstruction. |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 198010 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |