+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12867 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with GTPBP6. | ||||||||||||||||||
マップデータ | Global refinement map. | ||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Complex I biogenesis / negative regulation of ribosome biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / rRNA import into mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation ...negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Complex I biogenesis / negative regulation of ribosome biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / rRNA import into mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / [2Fe-2S] cluster assembly / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / mitochondrial fission / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / acyl binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / iron-sulfur cluster assembly / acyl carrier activity / mitochondrial translation / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / mitochondrial respiratory chain complex I / ribosomal large subunit binding / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / anatomical structure morphogenesis / 転写後修飾 / rescue of stalled ribosome / 細胞呼吸 / ribosomal large subunit biogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / fatty acid binding / ミトコンドリア / small ribosomal subunit rRNA binding / 核小体 / fatty acid biosynthetic process / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / double-stranded RNA binding / 細胞結合 / 5S rRNA binding / endonuclease activity / ミトコンドリア内膜 / negative regulation of translation / rRNA binding / nuclear body / リボソーム / ミトコンドリアマトリックス / structural constituent of ribosome / 細胞周期 / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / protein domain specific binding / nucleotide binding / mRNA binding / シナプス / apoptotic process / calcium ion binding / GTP binding / 核小体 / ミトコンドリア / extracellular space / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Hillen HS / Lavdovskaia E / Nadler F / Hanitsch E / Linden A / Bohnsack KE / Urlaub H / Richter-Dennerlein R | ||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis of GTPase-mediated mitochondrial ribosome biogenesis and recycling. 著者: Hauke S Hillen / Elena Lavdovskaia / Franziska Nadler / Elisa Hanitsch / Andreas Linden / Katherine E Bohnsack / Henning Urlaub / Ricarda Richter-Dennerlein / 要旨: Ribosome biogenesis requires auxiliary factors to promote folding and assembly of ribosomal proteins and RNA. Particularly, maturation of the peptidyl transferase center (PTC) is mediated by ...Ribosome biogenesis requires auxiliary factors to promote folding and assembly of ribosomal proteins and RNA. Particularly, maturation of the peptidyl transferase center (PTC) is mediated by conserved GTPases, but the molecular basis is poorly understood. Here, we define the mechanism of GTPase-driven maturation of the human mitochondrial large ribosomal subunit (mtLSU) using endogenous complex purification, in vitro reconstitution and cryo-EM. Structures of transient native mtLSU assembly intermediates that accumulate in GTPBP6-deficient cells reveal how the biogenesis factors GTPBP5, MTERF4 and NSUN4 facilitate PTC folding. Addition of recombinant GTPBP6 reconstitutes late mtLSU biogenesis in vitro and shows that GTPBP6 triggers a molecular switch and progression to a near-mature PTC state. Additionally, cryo-EM analysis of GTPBP6-treated mature mitochondrial ribosomes reveals the structural basis for the dual-role of GTPBP6 in ribosome biogenesis and recycling. Together, these results provide a framework for understanding step-wise PTC folding as a critical conserved quality control checkpoint. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: Structural basis of GTPase-mediated mitochondrial ribosome biogenesis and recycling 著者: Hillen HS / Lavdovskaia E / Nadler F / Hanitsch E / Linden A / Bohnsack KE / Urlaub H / Richter-Dennerlein R | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12867.map.gz | 112.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-12867-v30.xml emd-12867.xml | 76.7 KB 76.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12867_fsc.xml | 12.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12867.png | 96.2 KB | ||
マスクデータ | emd_12867_msk_1.map | 163.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_12867_additional_1.map.gz emd_12867_half_map_1.map.gz emd_12867_half_map_2.map.gz | 14.4 MB 113.3 MB 113.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12867 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12867 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12867.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Global refinement map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12867_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Post-processed map.
ファイル | emd_12867_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Post-processed map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Refinement half-map 1.
ファイル | emd_12867_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Refinement half-map 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Refinement half-map 2.
ファイル | emd_12867_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Refinement half-map 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate ...
+超分子 #1: Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate ...
+分子 #1: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial
+分子 #2: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
+分子 #3: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
+分子 #4: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
+分子 #5: 39S ribosomal protein L36, mitochondrial
+分子 #6: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
+分子 #7: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial
+分子 #8: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial
+分子 #9: 39S ribosomal protein L40, mitochondrial
+分子 #10: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial
+分子 #13: Putative GTP-binding protein 6
+分子 #14: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
+分子 #15: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial
+分子 #16: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
+分子 #17: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
+分子 #18: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial
+分子 #19: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial
+分子 #20: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
+分子 #21: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial
+分子 #22: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
+分子 #23: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
+分子 #24: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
+分子 #25: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial
+分子 #26: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
+分子 #27: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
+分子 #28: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
+分子 #29: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
+分子 #30: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
+分子 #31: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
+分子 #32: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
+分子 #33: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
+分子 #34: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial
+分子 #35: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
+分子 #36: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial
+分子 #37: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial
+分子 #38: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
+分子 #39: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial
+分子 #40: 39S ribosomal protein L46, mitochondrial
+分子 #41: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
+分子 #42: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
+分子 #43: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial
+分子 #44: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
+分子 #45: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
+分子 #46: 39S ribosomal protein L53, mitochondrial
+分子 #47: 39S ribosomal protein L54, mitochondrial
+分子 #48: 39S ribosomal protein L55, mitochondrial
+分子 #49: Ribosomal protein 63, mitochondrial
+分子 #50: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
+分子 #51: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
+分子 #52: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial
+分子 #53: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
+分子 #54: Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
+分子 #55: MIEF1 upstream open reading frame protein
+分子 #56: Acyl carrier protein, mitochondrial
+分子 #11: 16S ribosomal RNA
+分子 #12: mitochondrial tRNAVal
+分子 #57: ZINC ION
+分子 #58: MAGNESIUM ION
+分子 #59: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.25 nm |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.3 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 81000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 37.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |