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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7327 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of mouse PCDH15-4EC-LHFPL5 complex | |||||||||
マップデータ | primary map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / 平衡感覚 / sensory perception of light stimulus / inner ear receptor cell stereocilium organization / righting reflex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium / non-motile cilium assembly / photoreceptor cell maintenance ...detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / 平衡感覚 / sensory perception of light stimulus / inner ear receptor cell stereocilium organization / righting reflex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium / non-motile cilium assembly / photoreceptor cell maintenance / adult walking behavior / auditory receptor cell stereocilium organization / startle response / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / photoreceptor outer segment / 視覚 / locomotory behavior / actin filament organization / morphogenesis of an epithelium / sensory perception of sound / multicellular organism growth / response to calcium ion / 細胞接着 / シナプス / calcium ion binding / extracellular space / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Gouaux E / Ge J / Elferich J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: Structure of mouse protocadherin 15 of the stereocilia tip link in complex with LHFPL5. 著者: Jingpeng Ge / Johannes Elferich / April Goehring / Huaying Zhao / Peter Schuck / Eric Gouaux / 要旨: Hearing and balance involve the transduction of mechanical stimuli into electrical signals by deflection of bundles of stereocilia linked together by protocadherin 15 (PCDH15) and cadherin 23 'tip ...Hearing and balance involve the transduction of mechanical stimuli into electrical signals by deflection of bundles of stereocilia linked together by protocadherin 15 (PCDH15) and cadherin 23 'tip links'. PCDH15 transduces tip link tension into opening of a mechano-electrical transduction (MET) ion channel. PCDH15 also interacts with LHFPL5, a candidate subunit of the MET channel. Here we illuminate the PCDH15-LHFPL5 structure, showing how the complex is composed of PCDH15 and LHFPL5 subunit pairs related by a 2-fold axis. The extracellular cadherin domains define a mobile tether coupled to a rigid, 2-fold symmetric 'collar' proximal to the membrane bilayer. LHFPL5 forms extensive interactions with the PCDH15 transmembrane helices and stabilizes the overall PCDH15-LHFPL5 assembly. Our studies illuminate the architecture of the PCDH15-LHFPL5 complex, localize mutations associated with deafness, and shed new light on how forces in the PCDH15 tether may be transduced into the stereocilia membrane. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7327.map.gz | 78.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7327-v30.xml emd-7327.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7327_fsc.xml | 10.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7327.png | 53.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7327 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7327 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7327.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.72 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of membrane proteins
全体 | 名称: Complex of membrane proteins |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of membrane proteins
超分子 | 名称: Complex of membrane proteins / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Protocadherin-15
分子 | 名称: Protocadherin-15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 72.989023 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QYDDSPVFTN STYTVVVEEN LPAGTSFLQI EAKDVDLGAN VSYRIRSPEV KHLFALHPFT GELSLLRSLD YEAFPDQEAS ITFLAEAFD IYGTMPPGIA TVTVIVKDMN DYPPVFSKRI YKGMVAPDAV KGTPITTVYA EDADPPGMPA SRVRYRVDDV Q FPYPASIF ...文字列: QYDDSPVFTN STYTVVVEEN LPAGTSFLQI EAKDVDLGAN VSYRIRSPEV KHLFALHPFT GELSLLRSLD YEAFPDQEAS ITFLAEAFD IYGTMPPGIA TVTVIVKDMN DYPPVFSKRI YKGMVAPDAV KGTPITTVYA EDADPPGMPA SRVRYRVDDV Q FPYPASIF DVEEDSGRVV TRVNLNEEPT TIFKLVVVAF DDGEPVMSSS ATVRILVLHP GEIPRFTQEE YRPPPVSELA AR GTVVGVI SAAAINQSIV YSIVAGNEED KFGINNVTGV IYVNSPLDYE TRTSYVLRVQ ADSLEVVLAN LRVPSKSNTA KVY IEIQDE NDHPPVFQKK FYIGGVSEDA RMFASVLRVK ATDRDTGNYS AMAYRLIIPP IKEGKEGFVV ETYTGLIKTA MLFH NMRRS YFKFQVIATD DYGKGLSGKA DVLVSVVNQL DMQVIVSNVP PTLVEKKIED LTEILDRYVQ EQIPGAKVVV ESIGA RRHG DAYSLEDYSK CDLTVYAIDP QTNRAIDRNE LFKFLDGKLL DINKDFQPYY GEGGRILEIR TPEAVTSIKK RGESLG YTE GALLALAFII ILCCIPAILV VLVSYRQFKV RQAECTKTAR IQSAMPAAKP AAPVPAAPAP PPPPPPPPPG AHLYEEL GE SAMHKYETAL FESRLVPR |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 27.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-6c13: |