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- EMDB-6934: Ribosome Structure bound to ABC-F protein. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6934
タイトルRibosome Structure bound to ABC-F protein.
マップデータNone
試料
  • 複合体: Bacterial ribosome in complex with MsrE
    • RNA: x 5種
    • タンパク質・ペプチド: x 50種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome ...large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ABC-transporter extension domain / ABC transporter / Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain ...ABC-transporter extension domain / ABC transporter / Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / Ribosomal protein S13, bacterial-type / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrolide efflux protein / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 ...Macrolide efflux protein / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) / Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) / Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Su WX / Kumar V / Ero R / Andrew SWW / Jian S / Yong-Gui G
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (Singapore)MOE2014-T2-1-083 シンガポール
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Ribosome protection by antibiotic resistance ATP-binding cassette protein.
著者: Weixin Su / Veerendra Kumar / Yichen Ding / Rya Ero / Aida Serra / Benjamin Sian Teck Lee / Andrew See Weng Wong / Jian Shi / Siu Kwan Sze / Liang Yang / Yong-Gui Gao /
要旨: The ribosome is one of the richest targets for antibiotics. Unfortunately, antibiotic resistance is an urgent issue in clinical practice. Several ATP-binding cassette family proteins confer ...The ribosome is one of the richest targets for antibiotics. Unfortunately, antibiotic resistance is an urgent issue in clinical practice. Several ATP-binding cassette family proteins confer resistance to ribosome-targeting antibiotics through a yet unknown mechanism. Among them, MsrE has been implicated in macrolide resistance. Here, we report the cryo-EM structure of ATP form MsrE bound to the ribosome. Unlike previously characterized ribosomal protection proteins, MsrE is shown to bind to ribosomal exit site. Our structure reveals that the domain linker forms a unique needle-like arrangement with two crossed helices connected by an extended loop projecting into the peptidyl-transferase center and the nascent peptide exit tunnel, where numerous antibiotics bind. In combination with biochemical assays, our structure provides insight into how MsrE binding leads to conformational changes, which results in the release of the drug. This mechanism appears to be universal for the ABC-F type ribosome protection proteins.
履歴
登録2018年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月1日-
マップ公開2018年8月1日-
更新2019年12月4日-
現状2019年12月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6934.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6934.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.052 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.339491 - 0.56833124
平均 (標準偏差)0.00219343 (±0.020815672)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 396.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z396.000396.000396.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.3390.5680.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacterial ribosome in complex with MsrE

全体名称: Bacterial ribosome in complex with MsrE
要素
  • 複合体: Bacterial ribosome in complex with MsrE
    • RNA: RNA (25-mer)
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein Thxリボソーム
    • RNA: 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Zリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • RNA: 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L1
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: P-site tRNA
  • タンパク質・ペプチド: Macrolide efflux protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

+
超分子 #1: Bacterial ribosome in complex with MsrE

超分子名称: Bacterial ribosome in complex with MsrE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#55
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
分子量理論値: 2.8 MDa

+
分子 #1: RNA (25-mer)

分子名称: RNA (25-mer) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 8.15698 KDa
配列文字列:
GGCAAGGAGG UAAAAAUGUU CAAAA

+
分子 #8: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 491.471938 KDa
配列文字列: UGGAGAGUUU GAUCCUGGCU CAGGGUGAAC GCUGGCGGCG UGCCUAAGAC AUGCAAGUCG UGCGGGCCGC GGGGUUUUAC UCCGUGGUC AGCGGCGGAC GGGUGAGUAA CGCGUGGGUG ACCUACCCGG AAGAGGGGGA CAACCCGGGG AAACUCGGGC U AAUCCCCC ...文字列:
UGGAGAGUUU GAUCCUGGCU CAGGGUGAAC GCUGGCGGCG UGCCUAAGAC AUGCAAGUCG UGCGGGCCGC GGGGUUUUAC UCCGUGGUC AGCGGCGGAC GGGUGAGUAA CGCGUGGGUG ACCUACCCGG AAGAGGGGGA CAACCCGGGG AAACUCGGGC U AAUCCCCC AUGUGGACCC GCCCCUUGGG GUGUGUCCAA AGGGCUUUGC CCGCUUCCGG AUGGGCCCGC GUCCCAUCAG CU AGUUGGU GGGGUAAUGG CCCACCAAGG CGACGACGGG UAGCCGGUCU GAGAGGAUGG CCGGCCACAG GGGCACUGAG ACA CGGGCC CCACUCCUAC GGGAGGCAGC AGUUAGGAAU CUUCCGCAAU GGGCGCAAGC CUGACGGAGC GACGCCGCUU GGAG GAAGA AGCCCUUCGG GGUGUAAACU CCUGAACCCG GGACGAAACC CCCGACGAGG GGACUGACGG UACCGGGGUA AUAGC GCCG GCCAACUCCG UGCCAGCAGC CGCGGUAAUA CGGAGGGCGC GAGCGUUACC CGGAUUCACU GGGCGUAAAG GGCGUG UAG GCGGCCUGGG GCGUCCCAUG UGAAAGACCA CGGCUCAACC GUGGGGGAGC GUGGGAUACG CUCAGGCUAG ACGGUGG GA GAGGGUGGUG GAAUUCCCGG AGUAGCGGUG AAAUGCGCAG AUACCGGGAG GAACGCCGAU GGCGAAGGCA GCCACCUG G UCCACCCGUG ACGCUGAGGC GCGAAAGCGU GGGGAGCAAA CCGGAUUAGA UACCCGGGUA GUCCACGCCC UAAACGAUG CGCGCUAGGU CUCUGGGUCU CCUGGGGGCC GAAGCUAACG CGUUAAGCGC GCCGCCUGGG GAGUACGGCC GCAAGGCUGA AACUCAAAG GAAUUGACGG GGGCCCGCAC AAGCGGUGGA GCAUGUGGUU UAAUUCGAAG CAACGCGAAG AACCUUACCA G GCCUUGAC AUGCUAGGGA ACCCGGGUGA AAGCCUGGGG UGCCCGCGAG GGGAGCCCUA GCACAGGUGC UGCAUGGCCG UC GUCAGCU CGUGCCGUGA GGUGUUGGGU UAAGUCCCGC AACGAGCGCA ACCCCCGCCG UUAGUUGCCA GCGGUUCGGC CGG GCACUC UAACGGGACU GCCCGCGAAA GCGGGAGGAA GGAGGGGACG ACGUCUGGUC AGCAUGGCCC UUACGGCCUG GGCG ACACA CGUGCUACAA UGCCCACUAC AAAGCGAUGC CACCCGGCAA CGGGGAGCUA AUCGCAAAAA GGUGGGCCCA GUUCG GAUU GGGGUCUGCA ACCCGACCCC AUGAAGCCGG AAUCGCUAGU AAUCGCGGAU CAGCCAUGCC GCGGUGAAUA CGUUCC CGG GCCUUGUACA CACCGCCCGU CACGCCAUGG GAGCGGGCUC UACCCGAAGU CGCCGGGAGC CUACGGGCAG GCGCCGA GG GUAGGGCCCG UGACUGGGGC GAAGUCGUAA CAAGGUAGCU GUACCGGAAG GUGCGGCUGG AUCACCUCCU UU

+
分子 #23: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 23 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 935.028375 KDa
配列文字列: AAGAUGGUAA GGGCCCACGG UGGAUGCCUC GGCACCCGAG CCGAUGAAGG ACGUGGCUAC CUGCGAUAAG CCAGGGGGAG CCGGUAGCG GGCGUGGAUC CCUGGAUGUC CGAAUGGGGG AACCCGGCCG GCGGGAAGCC GGUCACCGCG CUUUUGCGCG G GGGGAACC ...文字列:
AAGAUGGUAA GGGCCCACGG UGGAUGCCUC GGCACCCGAG CCGAUGAAGG ACGUGGCUAC CUGCGAUAAG CCAGGGGGAG CCGGUAGCG GGCGUGGAUC CCUGGAUGUC CGAAUGGGGG AACCCGGCCG GCGGGAAGCC GGUCACCGCG CUUUUGCGCG G GGGGAACC UGGGGAACUG AAACAUCUCA GUACCCAGAG GAGAGGAAAG AGAAAUCGAC UCCCUGAGUA GCGGCGAGCG AA AGGGGAC CAGCCUAAAC CGUCCGGCUU GUCCGGGCGG GGUCGUGGGG CCCUCGGACA CCGAAUCCCC AGCCUAGCCG AAG CUGUUG GGAAGCAGCG CCAGAGAGGG UGAAAGCCCC GUAGGCGAAA GGUGGGGGGA UAGGUAGGGU GCCCGAGUAC CCCG UGGUU CGUGGAGCCA UGGGGGAAUC UGGGCGGACC ACCGCCUAAG GCUAAGUACU CCGGGUGACC GAUAGCGCAC CAGUA CCGU GAGGGAAAGG UGAAAAGAAC CCCGGGAGGG GAGUGAAAUA GAGCCUGAAA CCGUGGGCUU ACAAGCAGUC ACGGCC CCG CAAGGGGUUG UGGCGUGCCU AUUGAAGCAU GAGCCGGCGA CUCACGGUCG UGGGCGAGCU UAACCGUUGA GCGGAGG CG UAGGGAAACC GAGUCCGAAC AGGGCGCAAA GUCCGCGGCC GUGGACCCGA AACCGGGCGA GCUAGCCCUG GCCAGGGU G AAGCUGGGGU GAGACCCAGU GGAGGCCCGA ACCGGUGGGG GAUGCAAACC CCUCGGAUGA GCUGGGGCUA GGAGUGAAA AGCUAACCGA GCCCGGAGAU AGCUGGUUCU CCCCGAAAUG ACUUUAGGGU CAGCCUCAGG CGCUGACUGG GGCCUGUAGA GCACUGAUA GGGCUAGGGG GCCCACCAGC CUACCAAACC CUGUCAAACU CCGAAGGGUC CCAGGUGGAG CCUGGGAGUG A GGGCGCGA GCGAUAACGU CCGCGUCCGA GCGCGGGAAC AACCGAGACC GCCAGCUAAG GCCCCCAAGU CUGGGCUAAG UG GUAAAGG AUGUGGCGCC GCGAAGACAG CCAGGAGGUU GGCUUAGAAG CAGCCAUCCU UUAAAGAGUG CGUAAUAGCU CAC UGGUCG AGUGGCGCCG CGCCGAAAAU GAUGCGGGGC UUAAGCCCAG CGCCGAAGCU GCGGGUCUGG GGGAUGACCC CAGG CGGUA GGGGAGCGUU CCCGAUGCCG AUGAAGGCCG ACCCGCGAGG CGGCUGGAGG UAAGGGAAGU GCGAAUGCCG GCAUG AGUA ACGAUAAAGA GGGUGAGAAU CCCUCUCGCC GUAAGCCCAA GGGUUCCUAC GCAAUGGUCG UCAGCGUAGG GUUAGG CGG GACCUAAGGU GAAGCCGAAA GGCGUAGCCG AAGGGCAGCC GGUUAAUAUU CCGGCCCUUC CCGCAGGUGC GAUGGGG GG ACGCUCUAGG CUAGGGGGAC CGGAGCCAAU GGACGAGCCC GGCCAGAAGC GCAGGGUGGG AGGUAGGCAA AUCCGCCU C CCAACAAGCU CUGCGUGGUG GGGAAGCCCG UACGGGUGAC AACCCCCCGA AGCCAGGGAG CCAAGAAAAG CCUCUAAGC ACAACCUGCG GGAACCCGUA CCGCAAACCG ACACAGGUGG GCGGGUGCAA GAGCACUCAG GCGCGCGGGA GAACCCUCGC CAAGGAACU CUGCAAGUUG GCCCCGUAAC UUCGGGAGAA GGGGUGCUCC CUGGGGUGAU GAGCCCCGGG AGCCGCAGUG A ACAGGCUC UGGCGACUGU UUACCAAAAA CACAGCUCUC UGCGAACUCG UAAGAGGAGG UAUAGGGAGC GACGCUUGCC CG GUGCCGG AAGGUCAAGG GGAGGGGUGC AAGCCCCGAA CCGAAGCCCC GGUGAACGGC GGCCGUAACU AUAACGGUCC UAA GGUAGC GAAAUUCCUU GUCGGGUAAG UUCCGACCUG CACGAAAAGC GUAACGACCG GAGCGCUGUC UCGGCGAGGG ACCC GGUGA AAUUGAACUG GCCGUGAAGA UGCGGCCUAC CCGUGGCAGG ACGAAAAGAC CCCGUGGAGC UUUACUGCAG CCUGG UGUU GGCUCUUGGU CGCGCCUGCG UAGGAUAGGU GGGAGCCUGU GAACCCCCGC CUCCGGGUGG GGGGGAGGCG CCGGUG AAA UACCACCCUG GCGCGGCUGG GGGCCUAACC CUCGGAUGGG GGGACAGCGC UUGGCGGGCA GUUUGACUGG GGCGGUC GC CUCCUAAAAG GUAACGGAGG CGCCCAAAGG UCCCCUCAGG CGGGACGGAA AUCCGCCGGA GAGCGCAAGG GUAGAAGG G GGCCUGACUG CGAGGCCUGC AAGCCGAGCA GGGGCGAAAG CCGGGCCUAG UGAACCGGUG GUCCCGUGUG GAAGGGCCA UCGAUCAACG GAUAAAAGUU ACCCCGGGGA UAACAGGCUG AUCUCCCCCG AGCGUCCACA GCGGCGGGGA GGUUUGGCAC CUCGAUGUC GGCUCGUCGC AUCCUGGGGC UGAAGAAGGU CCCAAGGGUU GGGCUGUUCG CCCAUUAAAG CGGCACGCGA G CUGGGUUC AGAACGUCGU GAGACAGUUC GGUCUCUAUC CGCCACGGGC GCAGGAGGCU UGAGGGGGGC UCUUCCUAGU AC GAGAGGA CCGGAAGGGA CGCACCUCUG GUUUCCCAGC UGUCCCUCCA GGGGCAUAAG CUGGGUAGCC AUGUGCGGAA GGG AUAACC GCUGAAAGCA UCUAAGCGGG AAGCCCGCCC CAAGAUGAGG CCUCCACGGC GUCAAGCCGG AAGGACCCGG GAAG ACCAC CCGGUGGAUG GGCCGGGGGU GUAAGCGCCG CGAGGCGUUG AGCCGACCGG UCCCAAUCGU CCGAGGUCUU

+
分子 #24: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 24 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 39.846781 KDa
配列文字列:
AAUCCCCCGU GCCCAUAGCG GCGUGGAACC ACCCGUUCCC AUUCCGAACA CGGAAGUGAA ACGCGCCAGC GCCGAUGGUA CUGGGCGGG CGACCGCCUG GGAGAGUAGG UCGGUGCGGG GGAU

+
分子 #55: P-site tRNA

分子名称: P-site tRNA / タイプ: rna / ID: 55 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 24.885 KDa
配列文字列:
CGCGGGG(4SU)GG AGCAGCCCGG UAGCUCGUCG GG(OMC)ACAUAAC CCGAAG(7MG)UCG UCGG(5MU)(PSU)CAAA UCCGGCCCC CGCAACCA

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 12.193475 KDa
配列文字列:
PKKVLTGVVV SDKMQKTVTV LVERQFPHPL YGKVIKRSKK YLAHDPEEKY KLGDVVEIIE SRPISKRKRF RVLRLVESGR MDLVEKYLI RRQNYQSLSK RGGKA

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 8.483172 KDa
配列文字列:
PSRKAKVKAT LGEFDLRDYR NVEVLKRFLS ETGKILPRRR TGLSGKEQRI LAKTIKRARI LGLLPFTEKL VRK

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.736143 KDa
配列文字列:
MAQKKPKRNL SALKRHRQSL KRRLRNKAKK SAIKTLSKKA IQLAQEGKAE EALKIMRKAE SLIDKAAKGS TLHKNAAARR KSRLMRKVR QLLEAAGAPL IGGGLSA

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 10.605464 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGVF VDDHLLEKVL ELNAKGEKRL IKTWSRRSTI VPEMVGHTIA VYNGKQHVPV YITENMVGHK LGEFAPTRTY RGHGKEAKA TKKK

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.954968 KDa
配列文字列:
MPKIRIKLRG FDHKTLDASA QKIVEAARRS GAQVSGPIPL PTRVRRFTVI RGPFKHKDSR EHFELRTHNR LVDIINPNRK TIEQLMTLD LPTGVEIEIK TVGGGR

+
分子 #7: 30S ribosomal protein Thx

分子名称: 30S ribosomal protein Thx / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 3.35003 KDa
配列文字列:
MGKGDRRTRR GKIWRGTYGK YRPRKKK

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 29.317703 KDa
配列文字列: MPVEITVKEL LEAGVHFGHE RKRWNPKFAR YIYAERNGIH IIDLQKTMEE LERTFRFIED LAMRGGTILF VGTKKQAQDI VRMEAERAG MPYVNQRWLG GMLTNFKTIS QRVHRLEELE ALFASPEIEE RPKKEQVRLK HELERLQKYL SGFRLLKRLP D AIFVVDPT ...文字列:
MPVEITVKEL LEAGVHFGHE RKRWNPKFAR YIYAERNGIH IIDLQKTMEE LERTFRFIED LAMRGGTILF VGTKKQAQDI VRMEAERAG MPYVNQRWLG GMLTNFKTIS QRVHRLEELE ALFASPEIEE RPKKEQVRLK HELERLQKYL SGFRLLKRLP D AIFVVDPT KEAIAVREAR KLFIPVIALA DTDSDPDLVD YIIPGNDDAI RSIQLILSRA VDLIIQARGG VVEPSPSYAL VQ EAEATET PEGESEVEA

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 26.751076 KDa
配列文字列: MGNKIHPIGF RLGITRDWES RWYAGKKQYR HLLLEDQRIR GLLEKELYSA GLARVDIERA ADNVAVTVHV AKPGVVIGRG GERIRVLRE ELAKLTGKNV ALNVQEVQNP NLSAPLVAQR VAEQIERRFA VRRAIKQAVQ RVMESGAKGA KVIVSGRIGG A EQARTEWA ...文字列:
MGNKIHPIGF RLGITRDWES RWYAGKKQYR HLLLEDQRIR GLLEKELYSA GLARVDIERA ADNVAVTVHV AKPGVVIGRG GERIRVLRE ELAKLTGKNV ALNVQEVQNP NLSAPLVAQR VAEQIERRFA VRRAIKQAVQ RVMESGAKGA KVIVSGRIGG A EQARTEWA AQGRVPLHTL RANIDYGFAL ARTTYGVLGV KAYIFLGEVI GGQKPKARPE LPKAEERPRR RRPAVRVKKE E

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 24.373447 KDa
配列文字列: MGRYIGPVCR LCRREGVKLY LKGERCYSPK CAMERRPYPP GQHGQKRARR PSDYAVRLRE KQKLRRIYGI SERQFRNLFE EASKKKGVT GSVFLGLLES RLDNVVYRLG FAVSRRQARQ LVRHGHITVN GRRVDLPSYR VRPGDEIAVA EKSRNLELIR Q NLEAMKGR ...文字列:
MGRYIGPVCR LCRREGVKLY LKGERCYSPK CAMERRPYPP GQHGQKRARR PSDYAVRLRE KQKLRRIYGI SERQFRNLFE EASKKKGVT GSVFLGLLES RLDNVVYRLG FAVSRRQARQ LVRHGHITVN GRRVDLPSYR VRPGDEIAVA EKSRNLELIR Q NLEAMKGR KVGPWLSLDV EGMKGKFLRL PDREDLALPV NEQLVIEFYS R

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 17.583416 KDa
配列文字列:
MPETDFEEKM ILIRRTARMQ AGGRRFRFGA LVVVGDRQGR VGLGFGKAPE VPLAVQKAGY YARRNMVEVP LQNGTIPHEI EVEFGASKI VLKPAAPGTG VIAGAVPRAI LELAGVTDIL TKELGSRNPI NIAYATMEAL RQLRTKADVE RLRKGEAHAQ A QG

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.988753 KDa
配列文字列:
MRRYEVNIVL NPNLDQSQLA LEKEIIQRAL ENYGARVEKV EELGLRRLAY PIAKDPQGYF LWYQVEMPED RVNDLARELR IRDNVRRVM VVKSQEPFLA NA

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 18.050973 KDa
配列文字列:
MARRRRAEVR QLQPDLVYGD VLVTAFINKI MRDGKKNLAA RIFYDACKII QEKTGQEPLK VFKQAVENVK PRMEVRSRRV GGANYQVPM EVSPRRQQSL ALRWLVQAAN QRPERRAAVR IAHELMDAAE GKGGAVKKKE DVERMAEANR AYAHYRW

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 15.86857 KDa
配列文字列:
MLTDPIADML TRIRNATRVY KESTDVPASR FKEEILRILA REGFIKGYER VDVDGKPYLR VYLKYGPRRQ GPDPRPEQVI HHIRRISKP GRRVYVGVKE IPRVRRGLGI AILSTSKGVL TDREARKLGV GGELICEVW

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 14.410614 KDa
配列文字列:
MEQYYGTGRR KEAVARVFLR PGNGKVTVNG QDFNEYFQGL VRAVAALEPL RAVDALGHFD AYITVRGGGK SGQIDAIKLG IARALVQYN PDYRAKLKPL GFLTRDARVV ERKKYGKHKA RRAPQYSKR

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.737868 KDa
配列文字列:
MAKKPSKKKV KRQVASGRAY IHASYNNTIV TITDPDGNPI TWSSGGVIGY KGSRKGTPYA AQLAALDAAK KAMAYGMQSV DVIVRGTGA GREQAIRALQ ASGLQVKSIV DDTPVPHNGC RPKKKFRKAS

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 14.637384 KDa
配列文字列:
MPTINQLVRK GREKVRKKSK VPALKGAPFR RGVCTVVRTV TPKKPNSALR KVAKVRLTSG YEVTAYIPGE GHNLQEHSVV LIRGGRVKD LPGVRYHIVR GVYDAAGVKD RKKSRSKYGT KKPKEAAKTA AKK

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 14.338861 KDa
配列文字列:
MARIAGVEIP RNKRVDVALT YIYGIGKARA KEALEKTGIN PATRVKDLTE AEVVRLREYV ENTWKLEGEL RAEVAANIKR LMDIGCYRG LRHRRGLPVR GQRTRTNART RKGPRKTVAG KKKAPRK

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 7.158725 KDa
配列文字列:
MARKALIEKA KRTPKFKVRA YTRCVRCGRA RSVYRFFGLC RICLRELAHK GQLPGVRKAS W

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 10.578407 KDa
配列文字列:
MPITKEEKQK VIQEFARFPG DTGSTEVQVA LLTLRINRLS EHLKVHKKDH HSHRGLLMMV GQRRRLLRYL QREDPERYRA LIEKLGIRG

+
分子 #22: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 10.409983 KDa
配列文字列:
MVKIRLARFG SKHNPHYRIV VTDARRKRDG KYIEKIGYYD PRKTTPDWLK VDVERARYWL SVGAQPTDTA RRLLRQAGVF RQEAREGA

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L1

分子名称: 50S ribosomal protein L1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 24.867699 KDa
配列文字列: MPKHGKRYRA LLEKVDPNKI YTIDEAAHLV KELATAKFDE TVEVHAKLGI DPRRSDQNVR GTVSLPHGLG KQVRVLAIAK GEKIKEAEE AGADYVGGEE IIQKILDGWM DFDAVVATPD VMGAVGSKLG RILGPRGLLP NPKAGTVGFN IGEIIREIKA G RIEFRNDK ...文字列:
MPKHGKRYRA LLEKVDPNKI YTIDEAAHLV KELATAKFDE TVEVHAKLGI DPRRSDQNVR GTVSLPHGLG KQVRVLAIAK GEKIKEAEE AGADYVGGEE IIQKILDGWM DFDAVVATPD VMGAVGSKLG RILGPRGLLP NPKAGTVGFN IGEIIREIKA G RIEFRNDK TGAIHAPVGK ASFPPEKLAD NIRAFIRALE AHKPEGAKGT FLRSVYVTTT MGPSVRINPH S

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 30.532551 KDa
配列文字列: MAVKKFKPYT PSRRFMTVAD FSEITKTEPE KSLVKPLKKT GGRNNQGRIT VRFRGGGHKR LYRIIDFKRW DKVGIPAKVA AIEYDPNRS ARIALLHYVD GEKRYIIAPD GLQVGQQVVA GPDAPIQVGN ALPLRFIPVG TVVHAVELEP KKGAKLARAA G TSAQIQGR ...文字列:
MAVKKFKPYT PSRRFMTVAD FSEITKTEPE KSLVKPLKKT GGRNNQGRIT VRFRGGGHKR LYRIIDFKRW DKVGIPAKVA AIEYDPNRS ARIALLHYVD GEKRYIIAPD GLQVGQQVVA GPDAPIQVGN ALPLRFIPVG TVVHAVELEP KKGAKLARAA G TSAQIQGR EGDYVILRLP SGELRKVHGE CYATVGAVGN ADHKNIVLGK AGRSRWLGRR PHVRGAAMNP VDHPHGGGEG RA PRGRPPA SPWGWQTKGL KTRKRRKPSS RFIIARRKK

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 22.450213 KDa
配列文字列: MKGILGVKVG MTRIFRDDRA VPVTVILAGP CPVVQRRTPE KDGYTAVQLG FLPQNPKRVN RPLKGHFAKA GVEPVRILRE IRDFNPEGD TVTVEIFKPG ERVDVTGTSK GRGFAGVMKR WNFAGGPDSH GAHKIHRHPG SIGNRKTPGR VYKGKKMAGH Y GAERVTVM ...文字列:
MKGILGVKVG MTRIFRDDRA VPVTVILAGP CPVVQRRTPE KDGYTAVQLG FLPQNPKRVN RPLKGHFAKA GVEPVRILRE IRDFNPEGD TVTVEIFKPG ERVDVTGTSK GRGFAGVMKR WNFAGGPDSH GAHKIHRHPG SIGNRKTPGR VYKGKKMAGH Y GAERVTVM NLEVVDVIPE ENLLLVKGAV PGPNGGLVIV RETKKAAK

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 23.271914 KDa
配列文字列: MKEVAVYQIP VLSPSGRREL AADLPAEINP HLLWEVVRWQ LAKRRRGTAS TKTRGEVAYS GRKIWPQKHT GRARHGDIGA PIFVGGGVV FGPKPRDYSY TLPKKVRKKG LAMAVADRAR EGKLLLVEAF AGVNGKTKEF LAWAKEAGLD GSESVLLVTG N ELVRRAAR ...文字列:
MKEVAVYQIP VLSPSGRREL AADLPAEINP HLLWEVVRWQ LAKRRRGTAS TKTRGEVAYS GRKIWPQKHT GRARHGDIGA PIFVGGGVV FGPKPRDYSY TLPKKVRKKG LAMAVADRAR EGKLLLVEAF AGVNGKTKEF LAWAKEAGLD GSESVLLVTG N ELVRRAAR NLPWVVTLAP EGLNVYDIVR TERLVMDLDA WEVFQNRIGG EA

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 21.061596 KDa
配列文字列:
MPLDVALKRK YYEEVRPELI RRFGYQNVWE VPRLEKVVIN QGLGEAKEDA RILEKAAQEL ALITGQKPAV TRAKKSISNF KLRKGMPIG LRVTLRRDRM WIFLEKLLNV ALPRIRDFRG LNPNSFDGRG NYNLGLREQL IFPEITYDMV DALRGMDIAV V TTAETDEE ARALLELLGF PFRK

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 19.568926 KDa
配列文字列:
MSRIGRLPIP VPKGVSVEVA PGRVKVKGPK GELEVPVSPE MRVVVEEGVV RVERPSDERR HKSLHGLTRT LIANAVKGVS EGYSKELLI KGIGYRARLV GRALELTVGF SHPVVVEPPE GITFEVPEPT RVRVSGIDKQ KVGQVAANIR AIRKPSAYHE K GIYYAGEP VRLKPGKAGA KK

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 18.586639 KDa
配列文字列:
MPNKRNVELL ATLKENLERA QGSFFLVNYQ GLPAKETHAL RQALKQNGAR LFVAKNTLIR LALKELGLPE LDGLQGPSAV VFYEDPVAA AKTLVQFAKS NPKGIPQVKS GLLQGQILTA KDVEALAELP TMDELRAELV GVLQAPMAEL VGVLGGVARE L VGILEAYA EKKAA

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 15.526111 KDa
配列文字列:
MKKVVAVVKL QLPAGKATPA PPVGPALGQH GANIMEFVKA FNAATANMGD AIVPVEITIY ADRSFTFVTK TPPASYLIRK AAGLEKGAH KPGREKVGRI TWEQVLEIAK QKMPDLNTTD LEAAARMIAG SARSMGVEVV GAPEVKDA

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 15.927903 KDa
配列文字列:
MKTYVPKQVE PRWVLIDAEG KTLGRLATKI ATLLRGKHRP DWTPNVAMGD FVVVVNADKI RVTGKKLEQK IYTRYSGYPG GLKKIPLEK MLATHPERVL EHAVKGMLPK GPLGRRLFKR LKVYAGPDHP HQAQRPEKLE V

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.309586 KDa
配列文字列:
MIQPQTYLEV ADNTGARKIM CIRVLKGSNA KYATVGDVIV ASVKEAIPRG AVKEGDVVKA VVVRTKKEVK RPDGSAIRFD DNAAVIINN QLEPRGTRVF GPVARELREK GFMKIVSLAP EVL

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 16.319142 KDa
配列文字列:
MKLSDLRPNP GANKRRKRVG RGPGSGHGKT ATRGHKGQKS RSGGLKDPRR FEGGRSTTLM RLPKRGMQGQ VPGEIKRPRY QGVNLKDLA RFEGEVTPEL LVRAGLLKKG YRLKILGEGE AKPLKVVAHA FSKSALEKLK AAGGEPVLLE A

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 15.993909 KDa
配列文字列:
MLMPRRMKYR KQQRGRLKGA TKGGDYVAFG DYGLVALEPA WITAQQIEAA RVAMVRHFRR GGKIFIRIFP DKPYTKKPLE VRMGKGKGN VEGYVAVVKP GRVMFEVAGV TEEQAMEALR IAGHKLPIKT KIVRRDAYDE AQ

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.750148 KDa
配列文字列:
MRHLKSGRKL NRHSSHRLAL YRNQAKSLLT HGRITTTVPK AKELRGFVDH LIHLAKRGDL HARRLVLRDL QDVKLVRKLF DEIAPRYRD RQGGYTRVLK LAERRRGDGA PLALVELVE

+
分子 #38: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 12.639845 KDa
配列文字列:
MARLTAYERR KFRVRNRIKR TGRLRLSVFR SLKHIYAQII DDEKGVTLVS ASSLALKLKG NKTEVARQVG RALAEKALAL GIKQVAFDR GPYKYHGRVK ALAEGAREGG LEF

+
分子 #39: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 17.18883 KDa
配列文字列:
MNRGALIKLV ESRYVRTDLP EFRPGDTVRV SYKVKEGNRT RIQDFEGIVI RIRRNGFNTT FTVRKVSYGV GVERIFPLHS PLIQKIDIV QRGRARRAKL YFIRNLSDRE IRRKLRADRK RIDQDRAAER AAKEEAQKAQ EPKASQE

+
分子 #40: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 13.779275 KDa
配列文字列:
MPRAKTGVVR RRKHKKILKL AKGYWGLRSK SFRKARETLF AAGNYAYAHR KRRKRDFRRL WIVRINAACR QHGLNYSTFI HGLKKAGIE VDRKNLADLA VREPQVFAEL VERAKAAQG

+
分子 #41: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.069153 KDa
配列文字列:
MFAIVKTGGK QYRVEPGLKL RVEKLDAEPG ATVELPVLLL GGEKTVVGTP VVEGASVVAE VLGHGRGKKI LVSKFKAKVQ YRRKKGHRQ PYTELLIKEI RG

+
分子 #42: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 12.808055 KDa
配列文字列:
MEAKAIARYV RISPRKVRLV VDLIRGKSLE EARNILRYTN KRGAYFVAKV LESAAANAVN NHDMLEDRLY VKAAYVDEGP ALKRVLPRA RGRADIIKKR TSHITVILGE KHGK

+
分子 #43: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 10.759808 KDa
配列文字列:
MKTAYDVILA PVLSEKAYAG FAEGKYTFWV HPKATKTEIK NAVETAFKVK VVKVNTLHVR GKKKRLGRYL GKRPDRKKAI VQVAPGQKI EALEGLI

+
分子 #44: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 12.085611 KDa
配列文字列:
MRVKMHVKKG DTVLVASGKY KGRVGKVKEV LPKKYAVIVE GVNIVKKAVR VSPKYPQGGF IEKEAPLHAS KVRPICPACG KPTRVRKKF LENGKKIRVC AKCGGALDTE E

+
分子 #45: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 23.238572 KDa
配列文字列: MEYRLKAYYR EGEKPSALRR AGKLPGVMYN RHLNRKVYVD LVEFDKVFRQ ASIHHVIVLE LPDGQSLPTL VRQVNLDKRR RRPEHVDFF VLSDEPVEMY VPLRFVGTPA GVRAGGVLQE IHRDILVKVS PRNIPEFIEV DVSGLEIGDS LHASDLKLPP G VELAVSPE ...文字列:
MEYRLKAYYR EGEKPSALRR AGKLPGVMYN RHLNRKVYVD LVEFDKVFRQ ASIHHVIVLE LPDGQSLPTL VRQVNLDKRR RRPEHVDFF VLSDEPVEMY VPLRFVGTPA GVRAGGVLQE IHRDILVKVS PRNIPEFIEV DVSGLEIGDS LHASDLKLPP G VELAVSPE ETIAAVVPPE DVEKLAEEAA AEVAEPEVIK KGKEEEEE

+
分子 #46: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 9.529074 KDa
配列文字列:
MAHKKGLGST RNGRDSQAKR LGVKRYEGQV VRAGNILVRQ RGTRFKPGKN VGMGRDFTLF ALVDGVVEFQ DRGRLGRYVH VRPLA

+
分子 #47: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 8.112597 KDa
配列文字列:
MRKQLEEARK LSPVELEKLV REKKRELMEL RFQASIGQLS QNHKIRDLKR QIARLLTVLN EKRRQNA

+
分子 #48: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 6.799126 KDa
配列文字列:
MPRLKVKLVK SPIGYPKDQK AALKALGLRR LQQERVLEDT PAIRGNVEKV AHLVRVEVVE

+
分子 #49: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 8.300543 KDa
配列文字列:
MKEGIHPKLV PARIICGCGN VIETYSTKPE IYVEVCSKCH PFYTGQQRFV DTEGRVERFQ RRYGDSYRKG R

+
分子 #50: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 6.72205 KDa
配列文字列:
MAKHPVPKKK TSKARRDARR SHHALTPPTL VPCPECKAMK PPHTVCPECG YYAGRKVLEV

+
分子 #51: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 6.632896 KDa
配列文字列:
MASEVRLKLL LECTECKRRN YATEKNKRNT PNKLELRKYC PWCRKHTVHR EVKI

+
分子 #52: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 6.132449 KDa
配列文字列:
MKRTWQPNRR KRAKTHGFRA RMRTPGGRKV LKRRRQKGRW RLTPAVRKR

+
分子 #53: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 7.506178 KDa
配列文字列:
MPKMKTHKGA KKRVKITASG KVVAMKTGKR HLNWQKSGKE IRQKGRKFVL AKPEAERIKL LLPYE

+
分子 #54: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 4.435411 KDa
配列文字列:
MKVRASVKRI CDKCKVIRRH GRVYVICENP KHKQRQG

+
分子 #56: Macrolide efflux protein

分子名称: Macrolide efflux protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 56 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 55.706461 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSLIIKARNI RLDYAGRDVL DIDELEIHSY DRIGLVGDNG AGKSSLLKVL NGEIVLAEAT LQRFGDFAHI SQLGGIEIET VEDRAMLSR LGVSNVQNDT MSGGEETRAK IAAAFSQQVH GILADEPTSH LDLNGIDLLI GQLKAFDGAL LVISHDRYFL D MVVDKIWE ...文字列:
MSLIIKARNI RLDYAGRDVL DIDELEIHSY DRIGLVGDNG AGKSSLLKVL NGEIVLAEAT LQRFGDFAHI SQLGGIEIET VEDRAMLSR LGVSNVQNDT MSGGEETRAK IAAAFSQQVH GILADEPTSH LDLNGIDLLI GQLKAFDGAL LVISHDRYFL D MVVDKIWE LKDGKITEYW GGYSDYLRQK EEERQHQAVE YELMMKERER LESAVQEKRQ QANRLDNKKK GEKSKNSTES AG RLGHAKM TGTKQRKLYQ AAKSMEKRLA ALEDIQAPEH LRSIRFRQSS ALELHNKFPI TADGLSLKFG SRTIFDDANF IIP LGAKVA ITGSNGTGKT SLLKMISERA DGLTISPKAE IGYFTQTGYK FNTHKSVLSF MQEECEYTVA EIRAVLASMG IGAN DIQKN LSDLSGGEII KLLLSKMLLG KYNILLMDEP GNYLDLKSIA ALETMMKSYA GTIIFVSHDK QLVDNIADII YEIKD HKII KTFERDCHHH HHH

+
分子 #57: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #58: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 58 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタンTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
350.0 uMBMEBeta Mercaptoethanol
糖包埋材質: Ice
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5aa0

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成使用したクラス数: 15 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 127778
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5zlu:
Ribosome Structure bound to ABC-F protein.

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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