ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.6.1_357) / 分類: 精密化 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 2G5K 解像度: 1.415→19.51 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.4 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2644 | 1190 | 5.11 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2258 | - | - | - |
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obs | 0.2277 | 23271 | 94.51 % | - |
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all | - | 22089 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.6 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.415→19.51 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 938 | 148 | 209 | 1295 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 1208 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.976 | 1872 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d15.785 | 638 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.051 | 288 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.009 | 44 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.4151-1.4795 | 0.2827 | 165 | 0.2456 | 2826 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 1.4795-1.5574 | 0.2323 | 167 | 0.2222 | 2929 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.5574-1.6549 | 0.2402 | 144 | 0.2165 | 2921 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.6549-1.7826 | 0.2234 | 157 | 0.2077 | 2908 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.7826-1.9619 | 0.2291 | 137 | 0.2114 | 2941 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.9619-2.2454 | 0.2239 | 167 | 0.2052 | 2904 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.2454-2.8276 | 0.2846 | 159 | 0.2219 | 2912 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.8276-19.5116 | 0.3155 | 94 | 0.2566 | 1740 | X-RAY DIFFRACTION | 60 |
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