[日本語] English
万見
- PDB-3j7p: Structure of the 80S mammalian ribosome bound to eEF2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j7p
タイトルStructure of the 80S mammalian ribosome bound to eEF2
要素
  • (Ribosomal protein ...) x 77
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA28SリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • Eukaryotic elongation factor 2EEF2
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / mammalian (哺乳類) / Sec61 (Sec61) / translocation / translation (翻訳 (生物学)) / eEF2
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFR1-mediated ceramide production / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Assembly of the pre-replicative complex / VLDLR internalisation and degradation / Interferon alpha/beta signaling / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RAS processing ...TNFR1-mediated ceramide production / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Assembly of the pre-replicative complex / VLDLR internalisation and degradation / Interferon alpha/beta signaling / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RAS processing / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Regulation of BACH1 activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Downregulation of ERBB4 signaling / Spry regulation of FGF signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / EGFR downregulation / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / TCF dependent signaling in response to WNT / Downstream TCR signaling / p75NTR recruits signalling complexes / NF-kB is activated and signals survival / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Stimuli-sensing channels / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / ABC-family proteins mediated transport / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of AXIN / Degradation of DVL / Regulation of FZD by ubiquitination / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of TNFR1 signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Hedgehog ligand biogenesis / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Hedgehog 'on' state / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / Regulation of RAS by GAPs / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Negative regulation of MAPK pathway / Regulation of necroptotic cell death / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / MAPK6/MAPK4 signaling / UCH proteinases / Josephin domain DUBs / Ub-specific processing proteases / Ovarian tumor domain proteases / Metalloprotease DUBs / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Fanconi Anemia Pathway / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Regulation of TP53 Degradation / Regulation of TP53 Activity through Methylation / Negative regulation of MET activity / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Cyclin D associated events in G1 / G2/M Checkpoints / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Downregulation of ERBB2 signaling / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes
類似検索 - 分子機能
: / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L2, archaeal-type / : / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily ...: / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L2, archaeal-type / : / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S2, eukaryotic / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L34e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein S19e / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L22e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_S17 N-terminal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal family S4e
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein uL15 / 40S ribosomal protein S19 ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein uL15 / 40S ribosomal protein S19 / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S4 / Large ribosomal subunit protein eL21 / S10_plectin domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL20 / 40S ribosomal protein S11 / Ribosomal protein L23/L25 N-terminal domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein S8 / : / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S27a / 40S ribosomal protein S7 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL6 / 60S ribosomal protein L13 / : / Large ribosomal subunit protein eL39 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein eS17 / 60S ribosomal protein L12 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL18
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Voorhees, R.M. / Fernandez, I.S. / Scheres, S.H.W. / Hegde, R.S.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Structure of the mammalian ribosome-Sec61 complex to 3.4 Å resolution.
著者: Rebecca M Voorhees / Israel S Fernández / Sjors H W Scheres / Ramanujan S Hegde /
要旨: Cotranslational protein translocation is a universally conserved process for secretory and membrane protein biosynthesis. Nascent polypeptides emerging from a translating ribosome are either ...Cotranslational protein translocation is a universally conserved process for secretory and membrane protein biosynthesis. Nascent polypeptides emerging from a translating ribosome are either transported across or inserted into the membrane via the ribosome-bound Sec61 channel. Here, we report structures of a mammalian ribosome-Sec61 complex in both idle and translating states, determined to 3.4 and 3.9 Å resolution. The data sets permit building of a near-complete atomic model of the mammalian ribosome, visualization of A/P and P/E hybrid-state tRNAs, and analysis of a nascent polypeptide in the exit tunnel. Unprecedented chemical detail is observed for both the ribosome-Sec61 interaction and the conformational state of Sec61 upon ribosome binding. Comparison of the maps from idle and translating complexes suggests how conformational changes to the Sec61 channel could facilitate translocation of a secreted polypeptide. The high-resolution structure of the mammalian ribosome-Sec61 complex provides a valuable reference for future functional and structural studies.
履歴
登録2014年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年9月3日ID: 3J74, 4W21, 4W22, 4W23
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4W21, 4W22, 4W23
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22014年12月17日Group: Other
改定 1.32015年4月15日Group: Non-polymer description
改定 1.42018年7月18日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_software / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2646
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
5: 28S ribosomal RNA
7: 5S ribosomal RNA
8: 5.8S ribosomal RNA
A: Ribosomal protein uL2
B: Ribosomal protein uL3
C: Ribosomal protein uL4
D: Ribosomal protein uL18
E: Ribosomal protein eL6
F: Ribosomal protein uL30
G: Ribosomal protein eL8
H: Ribosomal protein uL6
I: Ribosomal protein uL16
J: Ribosomal protein uL5
K: Ribosomal protein uL11
L: Ribosomal protein eL13
M: Ribosomal protein eL14
N: Ribosomal protein eL15
O: Ribosomal protein uL13
P: Ribosomal protein uL22
Q: Ribosomal protein eL18
R: Ribosomal protein eL19
S: Ribosomal protein eL20
T: Ribosomal protein eL21
U: Ribosomal protein eL22
V: Ribosomal protein uL14
W: Ribosomal protein eL24
X: Ribosomal protein uL23
Y: Ribosomal protein uL24
Z: Ribosomal protein eL27
a: Ribosomal protein uL15
b: Ribosomal protein eL29
c: Ribosomal protein eL30
d: Ribosomal protein eL31
e: Ribosomal protein eL32
f: Ribosomal protein eL33
g: Ribosomal protein eL34
h: Ribosomal protein uL29
i: Ribosomal protein eL36
j: Ribosomal protein eL37
k: Ribosomal protein eL38
l: Ribosomal protein eL39
m: Ribosomal protein eL40
n: Ribosomal protein eL41
o: Ribosomal protein eL42
p: Ribosomal protein eL43
q: Ribosomal protein uL10
r: Ribosomal protein eL28
4: Eukaryotic elongation factor 2
S2: 18S ribosomal RNA
SA: Ribosomal protein uS2
SB: Ribosomal protein eS1
SC: Ribosomal protein uS5
SD: Ribosomal protein uS3
SE: Ribosomal protein eS4
SF: Ribosomal protein uS7
SG: Ribosomal protein eS6
SH: Ribosomal protein eS7
SI: Ribosomal protein eS8
SJ: Ribosomal protein uS4
SK: Ribosomal protein eS10
SL: Ribosomal protein uS17
SM: Ribosomal protein eS12
SN: Ribosomal protein uS15
SO: Ribosomal protein uS11
SP: Ribosomal protein uS19
SQ: Ribosomal protein uS9
SR: Ribosomal protein eS17
SS: Ribosomal protein uS13
ST: Ribosomal protein eS19
SU: Ribosomal protein uS10
SV: Ribosomal protein eS21
SW: Ribosomal protein uS8
SX: Ribosomal protein uS12
SY: Ribosomal protein eS24
SZ: Ribosomal protein es25
Sa: Ribosomal protein eS26
Sb: Ribosomal protein eS27
Sc: Ribosomal protein eS28
Sd: Ribosomal protein uS14
Se: Ribosomal protein eS30
Sf: Ribosomal protein eS31
Sg: Ribosomal protein RACK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,407,321252
ポリマ－3,403,02582
非ポリマー4,296170
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 578S2

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA / 28SリボソームRNA


分子量: 1187230.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#49: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 561958.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓

+
Ribosomal protein ... , 77種, 77分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcd...

#4: タンパク質 Ribosomal protein uL2 /


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z567
#5: タンパク質 Ribosomal protein uL3 /


分子量: 44759.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#6: タンパク質 Ribosomal protein uL4 /


分子量: 41635.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#7: タンパク質 Ribosomal protein uL18 /


分子量: 34417.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F1S530
#8: タンパク質 Ribosomal protein eL6 /


分子量: 27052.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#9: タンパク質 Ribosomal protein uL30 /


分子量: 26590.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#10: タンパク質 Ribosomal protein eL8 /


分子量: 30166.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: I3LVI8
#11: タンパク質 Ribosomal protein uL6 /


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: I3LP78
#12: タンパク質 Ribosomal protein uL16 /


分子量: 24465.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#13: タンパク質 Ribosomal protein uL5 /


分子量: 20248.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q29205
#14: タンパク質 Ribosomal protein uL11 /


分子量: 17689.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q6QAS5
#15: タンパク質 Ribosomal protein eL13 /


分子量: 24365.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: I3LSD3
#16: タンパク質 Ribosomal protein eL14 /


分子量: 23383.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A1XQU3
#17: タンパク質 Ribosomal protein eL15 /


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: I3LK33
#18: タンパク質 Ribosomal protein uL13 /


分子量: 23765.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F1RI01
#19: タンパク質 Ribosomal protein uL22 /


分子量: 17757.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#20: タンパク質 Ribosomal protein eL18 /


分子量: 21588.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: I3L6F1, UniProt: Q95342*PLUS
#21: タンパク質 Ribosomal protein eL19 /


分子量: 23567.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z546
#22: タンパク質 Ribosomal protein eL20 /


分子量: 26103.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F1S935
#23: タンパク質 Ribosomal protein eL21 /


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F1RTJ9, UniProt: P49666*PLUS
#24: タンパク質 Ribosomal protein eL22 /


分子量: 14784.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P67985
#25: タンパク質 Ribosomal protein uL14 /


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P62831
#26: タンパク質 Ribosomal protein eL24 /


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#27: タンパク質 Ribosomal protein uL23 /


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z522
#28: タンパク質 Ribosomal protein uL24 /


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: I3L7Y1
#29: タンパク質 Ribosomal protein eL27 /


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A1XQU5
#30: タンパク質 Ribosomal protein uL15 /


分子量: 16631.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F1RGC0
#31: タンパク質 Ribosomal protein eL29 /


分子量: 17545.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q95281
#32: タンパク質 Ribosomal protein eL30 /


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z554
#33: タンパク質 Ribosomal protein eL31 /


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P62901
#34: タンパク質 Ribosomal protein eL32 /


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q6QAT0
#35: タンパク質 Ribosomal protein eL33 /


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z5Q8
#36: タンパク質 Ribosomal protein eL34 /


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z5B9, UniProt: Q29223*PLUS
#37: タンパク質 Ribosomal protein uL29 /


分子量: 14591.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q29361
#38: タンパク質 Ribosomal protein eL36 /


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z5K6
#39: タンパク質 Ribosomal protein eL37 /


分子量: 10102.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#40: タンパク質 Ribosomal protein eL38 /


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z568
#41: タンパク質 Ribosomal protein eL39 /


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: K7GP63
#42: タンパク質 Ribosomal protein eL40 /


分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P63053
#43: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL41 /


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#44: タンパク質 Ribosomal protein eL42 /


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P83884
#45: タンパク質 Ribosomal protein eL43 /


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#46: タンパク質 Ribosomal protein uL10 /


分子量: 22217.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#47: タンパク質 Ribosomal protein eL28 /


分子量: 14301.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#50: タンパク質 Ribosomal protein uS2 /


分子量: 32958.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q4GWZ2
#51: タンパク質 Ribosomal protein eS1 /


分子量: 29931.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: B6V8C8
#52: タンパク質 Ribosomal protein uS5 /


分子量: 24091.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#53: タンパク質 Ribosomal protein uS3 /


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q0Z8U2
#54: タンパク質 Ribosomal protein eS4 /


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F1RQ91
#55: タンパク質 Ribosomal protein uS7 /


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z5E6
#56: タンパク質 Ribosomal protein eS6 /


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#57: タンパク質 Ribosomal protein eS7 /


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: I3L5B2
#58: タンパク質 Ribosomal protein eS8 /


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z5F5
#59: タンパク質 Ribosomal protein uS4 /


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#60: タンパク質 Ribosomal protein eS10 /


分子量: 18967.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F1RZ28
#61: タンパク質 Ribosomal protein uS17 /


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z4Y8
#62: タンパク質 Ribosomal protein eS12 /


分子量: 13776.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#63: タンパク質 Ribosomal protein uS15 /


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#64: タンパク質 Ribosomal protein uS11 /


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#65: タンパク質 Ribosomal protein uS19 /


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P62844
#66: タンパク質 Ribosomal protein uS9 /


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q29201
#67: タンパク質 Ribosomal protein eS17 /


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q6QAP7
#68: タンパク質 Ribosomal protein uS13 /


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P62272
#69: タンパク質 Ribosomal protein eS19 /


分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F1RGG1
#70: タンパク質 Ribosomal protein uS10 /


分子量: 13357.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A1XQU9
#71: タンパク質 Ribosomal protein eS21 /


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P63221
#72: タンパク質 Ribosomal protein uS8 /


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#73: タンパク質 Ribosomal protein uS12 /


分子量: 15854.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q6SA96
#74: タンパク質 Ribosomal protein eS24 /


分子量: 15366.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#75: タンパク質 Ribosomal protein es25 /


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#76: タンパク質 Ribosomal protein eS26 /


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P49171
#77: タンパク質 Ribosomal protein eS27 /


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#78: タンパク質 Ribosomal protein eS28 /


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q6QAT1
#79: タンパク質 Ribosomal protein uS14 /


分子量: 6612.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q6QAP6
#80: タンパク質 Ribosomal protein eS30 /


分子量: 14411.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#81: タンパク質 Ribosomal protein eS31 /


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z5U0
#82: タンパク質 Ribosomal protein RACK1 /


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P63246

-
タンパク質 , 1種, 1分子 4

#48: タンパク質 Eukaryotic elongation factor 2 / EEF2


分子量: 95232.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓

-
非ポリマー , 2種, 170分子

#83: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#84: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: The 80S-eEF2 complex purified from porcine pancreas / タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin
pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil R2/2 400 mesh copper grids
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 120 K
詳細: 3 uL sample was incubated on the grid for 30 seconds and blotted for 9 seconds before being plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年4月7日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 104478 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ資料ホルダタイプ: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / 温度: 70 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 27 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
詳細: Back-thinned
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1REFMACモデルフィッティング
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Single particle単粒子解析法 / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36667 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.34 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 37 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: R-factor and FSC / 詳細: METHOD--Maximum likelihood
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
13J3A

3j3a
PDB 未公開エントリ

1
23J3B

3j3b
PDB 未公開エントリ

1
33J3D

3j3d
PDB 未公開エントリ

1
43J3F

3j3f
PDB 未公開エントリ

1
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数100258 121258 170 0 221686

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る