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- EMDB-2597: Cryo-EM of a pretermination complex with eRF1 and eRF3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2597
タイトルCryo-EM of a pretermination complex with eRF1 and eRF3
マップデータComplex locked with nonhydrolyzable GTP analog GDPNP
試料
  • 試料: "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and eRF3-GDPNP
  • 複合体: 80S ribosomeEukaryotic ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Sup45
  • タンパク質・ペプチド: Sup35
キーワードtranslation (翻訳 (生物学)) / termination / cryo-EM (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性
機能・相同性情報


Eukaryotic Translation Termination / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / translation release factor activity / translation release factor activity, codon specific / sequence-specific mRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) ...Eukaryotic Translation Termination / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / translation release factor activity / translation release factor activity, codon specific / sequence-specific mRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic stress granule / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit / Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 3 ...Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit / Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosomal protein L30e-like / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit / Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.15 Å
データ登録者Preis A / Heuer A / Barrio-Garcia C / Hauser A / Eyler D / Berninghausen O / Green R / Becker T / Beckmann R
引用ジャーナル: Cell Rep / : 2014
タイトル: Cryoelectron microscopic structures of eukaryotic translation termination complexes containing eRF1-eRF3 or eRF1-ABCE1.
著者: Anne Preis / Andre Heuer / Clara Barrio-Garcia / Andreas Hauser / Daniel E Eyler / Otto Berninghausen / Rachel Green / Thomas Becker / Roland Beckmann /
要旨: Termination and ribosome recycling are essential processes in translation. In eukaryotes, a stop codon in the ribosomal A site is decoded by a ternary complex consisting of release factors eRF1 and ...Termination and ribosome recycling are essential processes in translation. In eukaryotes, a stop codon in the ribosomal A site is decoded by a ternary complex consisting of release factors eRF1 and guanosine triphosphate (GTP)-bound eRF3. After GTP hydrolysis, eRF3 dissociates, and ABCE1 can bind to eRF1-loaded ribosomes to stimulate peptide release and ribosomal subunit dissociation. Here, we present cryoelectron microscopic (cryo-EM) structures of a pretermination complex containing eRF1-eRF3 and a termination/prerecycling complex containing eRF1-ABCE1. eRF1 undergoes drastic conformational changes: its central domain harboring the catalytically important GGQ loop is either packed against eRF3 or swung toward the peptidyl transferase center when bound to ABCE1. Additionally, in complex with eRF3, the N-terminal domain of eRF1 positions the conserved NIKS motif proximal to the stop codon, supporting its suggested role in decoding, yet it appears to be delocalized in the presence of ABCE1. These results suggest that stop codon decoding and peptide release can be uncoupled during termination.
履歴
登録2014年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月26日-
マップ公開2014年7月16日-
更新2014年7月23日-
現状2014年7月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.183
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  • 原子モデル: PDB-4crn
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  • 原子モデル: PDB-4crn
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4crn
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2597.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Complex locked with nonhydrolyzable GTP analog GDPNP
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2375 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.183 / ムービー #1: 0.183
最小 - 最大-0.455769 - 0.92238963
平均 (標準偏差)0.00892477 (±0.07670007)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-184-184-183
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 455.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.23751.23751.2375
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z455.400455.400455.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-184-184-183
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-0.4560.9220.009

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and eRF3-GDPNP

全体名称: "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and eRF3-GDPNP
要素
  • 試料: "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and eRF3-GDPNP
  • 複合体: 80S ribosomeEukaryotic ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Sup45
  • タンパク質・ペプチド: Sup35

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超分子 #1000: "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and eRF3-GDPNP

超分子名称: "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and eRF3-GDPNP
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One ribosome binds to one eRF1 and one eRF3 / Number unique components: 3

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超分子 #1: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 別称: Bread wheat / 組織: seed

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分子 #1: Sup45

分子名称: Sup45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: eRF1 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 49 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pTYB2

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分子 #2: Sup35

分子名称: Sup35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: eRF3
詳細: Sup35 was N-terminally deleted for the first 97 amino acids
コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 76 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pTYB2

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 200 mM KCl, 1.5 MgCl2, 2 mM DTT, 0.01 mg/ml cycloheximide, 0.05 % Nikkol, 0.03 % DBC, 0.5 mM GDPNP).
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-EM
グリッド詳細: Sec61 was added at a five-fold molar excess to saturate the hydrophobic signal-anchor sequence and avoid orientational bias on the cryo-grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率(補正後): 147136 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
日付2013年2月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: on volumes (SPIDER)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.15 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Star, Fish, SPIDER / 詳細: Data-subset resulted from computational sorting / 使用した粒子像数: 39309
詳細The particles were picked with starfish_boxing version 0.2.0, which is part of the new StarFish single particle analysis program suite.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:
ソフトウェア名称: Chimera, Coot
詳細A homology model for eRF1 was built using HHPred; The domains were separately fitted by manual docking using programs Coot and Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4crn:
Cryo-EM of a pretermination complex with eRF1 and eRF3

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:
ソフトウェア名称: Chimera, Coot
詳細A homology model for eRF3 was built using HHPred; The domains were separately fitted by manual docking using programs Coot and Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4crn:
Cryo-EM of a pretermination complex with eRF1 and eRF3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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