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- EMDB-23591: Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23591
タイトルCryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with BRCA1-BARD1-UbcH5c
マップデータ
試料
  • 複合体: Human nucleosome core particle in complex with BRCA1-BARD1-UbcH5cヌクレオソーム
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • DNA: DNA (147-MER)
    • DNA: DNA (146-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 7 of Breast cancer type 1 susceptibility protein
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
    • タンパク質・ペプチド: BRCA1-associated RING domain protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mRNA 3'-end processing / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / : / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / random inactivation of X chromosome / negative regulation of centriole replication ...negative regulation of mRNA 3'-end processing / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / : / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / random inactivation of X chromosome / negative regulation of centriole replication / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / gamma-tubulin ring complex / nuclear ubiquitin ligase complex / chordate embryonic development / DNA strand resection involved in replication fork processing / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / cellular response to indole-3-methanol / 相同組換え / lateral element / tissue homeostasis / XY body / protein K6-linked ubiquitination / Signaling by BMP / regulation of DNA damage checkpoint / regulation of phosphorylation / dosage compensation by inactivation of X chromosome / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / protein K11-linked ubiquitination / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / mitotic G2/M transition checkpoint / : / negative regulation of protein export from nucleus / postreplication repair / DNA repair complex / RNA polymerase binding / centrosome cycle / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / ユビキチン結合酵素 / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / response to ionizing radiation / DNA-binding transcription activator activity / intracellular non-membrane-bounded organelle / Transcriptional Regulation by E2F6 / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / protein autoubiquitination / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / localization / regulation of DNA repair / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / ubiquitin ligase complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / epigenetic regulation of gene expression / Packaging Of Telomere Ends / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / positive regulation of DNA repair / Meiotic synapsis / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / tubulin binding / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / DNAメチル化 / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / male germ cell nucleus / Defective pyroptosis
類似検索 - 分子機能
BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. ...BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / breast cancer carboxy-terminal domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / 薬指 / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Histone H3 signature 1. / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Ankyrin repeat / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Breast cancer type 1 susceptibility protein / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / ヒストンH4 / ヒストンH3 / BRCA1-associated RING domain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Hu Q / Botuyan MV / Zhao D / Cui D / Mer E / Mer G
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA132878 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM136262 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM116829 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Mechanisms of BRCA1-BARD1 nucleosome recognition and ubiquitylation.
著者: Qi Hu / Maria Victoria Botuyan / Debiao Zhao / Gaofeng Cui / Elie Mer / Georges Mer /
要旨: The BRCA1-BARD1 tumour suppressor is an E3 ubiquitin ligase necessary for the repair of DNA double-strand breaks by homologous recombination. The BRCA1-BARD1 complex localizes to damaged chromatin ...The BRCA1-BARD1 tumour suppressor is an E3 ubiquitin ligase necessary for the repair of DNA double-strand breaks by homologous recombination. The BRCA1-BARD1 complex localizes to damaged chromatin after DNA replication and catalyses the ubiquitylation of histone H2A and other cellular targets. The molecular bases for the recruitment to double-strand breaks and target recognition of BRCA1-BARD1 remain unknown. Here we use cryo-electron microscopy to show that the ankyrin repeat and tandem BRCT domains in BARD1 adopt a compact fold and bind to nucleosomal histones, DNA and monoubiquitin attached to H2A amino-terminal K13 or K15, two signals known to be specific for double-strand breaks. We further show that RING domains in BRCA1-BARD1 orient an E2 ubiquitin-conjugating enzyme atop the nucleosome in a dynamic conformation, primed for ubiquitin transfer to the flexible carboxy-terminal tails of H2A and variant H2AX. Our work reveals a regulatory crosstalk in which recognition of monoubiquitin by BRCA1-BARD1 at the N terminus of H2A blocks the formation of polyubiquitin chains and cooperatively promotes ubiquitylation at the C terminus of H2A. These findings elucidate the mechanisms of BRCA1-BARD1 chromatin recruitment and ubiquitylation specificity, highlight key functions of BARD1 in both processes and explain how BRCA1-BARD1 promotes homologous recombination by opposing the DNA repair protein 53BP1 in post-replicative chromatin. These data provide a structural framework to evaluate BARD1 variants and help to identify mutations that drive the development of cancer.
履歴
登録2021年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2021年9月1日-
現状2021年9月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lyb
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23591.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23591.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.031 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.27242526 - 0.6002898
平均 (標準偏差)6.332425e-05 (±0.022572892)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 263.936 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0311.0311.031
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z263.936263.936263.936
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.2720.6000.000

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_23591_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_23591_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_23591_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_23591_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human nucleosome core particle in complex with BRCA1-BARD1-UbcH5c

全体名称: Human nucleosome core particle in complex with BRCA1-BARD1-UbcH5cヌクレオソーム
要素
  • 複合体: Human nucleosome core particle in complex with BRCA1-BARD1-UbcH5cヌクレオソーム
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • DNA: DNA (147-MER)
    • DNA: DNA (146-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 7 of Breast cancer type 1 susceptibility protein
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
    • タンパク質・ペプチド: BRCA1-associated RING domain protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Human nucleosome core particle in complex with BRCA1-BARD1-UbcH5c

超分子名称: Human nucleosome core particle in complex with BRCA1-BARD1-UbcH5c
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.786534 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPGHMARTKQ TARKSTGGKA PRKQLATKAA RKSAPATGGV KKPHRYRPGT VALREIRRYQ KSTELLIRKL PFQRLVREIA QDFKTDLRF QSSAVMALQE ACEAYLVGLF EDTNLCAIHA KRVTIMPKDI QLARRIRGER A

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.743792 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPGHMSGRGK GGKGLGKGGA KRHRKVLRDN IQGITKPAIR RLARRGGVKR ISGLIYEETR GVLKVFLENV IRDAVTYTEH AKRKTVTAM DVVYALKRQG RTLYGFGG

+
分子 #3: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.930181 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GHMPEPAKSA PAPKKGSKKA VTKAQKKDGK KRKRSRKESY SIYVYKVLKQ VHPDTGISSK AMGIMNSFVN DIFERIAGEA SRLAHYNKR STITSREIQT AVRLLLPGEL AKHAVSEGTK AVTKYTS

+
分子 #6: Isoform 7 of Breast cancer type 1 susceptibility protein

分子名称: Isoform 7 of Breast cancer type 1 susceptibility protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.053065 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GGSGGSGGSG GSGGSGGSGG SGGSMDLSAL RVEEVQNVIN AMQKILECPI CLELIKEPVS TKCDHIFCKF CMLKLLNQKK GPSQCPLCK NDITKRSLQE STRFSQLVEE LLKIICAFQL DTGLE

+
分子 #7: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

分子名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ユビキチン結合酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.869113 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GGSGGSGGSG GSGGSGGSSA LKRINKELSD LARDPPAQCS AGPVGDDMFH WQATIMGPND SPYQGGVFFL TIHFPTDYPF KPPKVAFTT RIYHPNINSN GSICLDILRS QWSPALTISK VLLSICSLLC DPNPDDPLVP EIARIYKTDR DKYNRISREW T QKYAM

+
分子 #8: BRCA1-associated RING domain protein 1

分子名称: BRCA1-associated RING domain protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.906617 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MEPDGRGAWA HSRAALDRLE KLLRCSRCTN ILREPVCLGG CEHIFCSNCV SDCIGTGCPV CYTPAWIQDL KINRQLDSMI QLCSKLRNL LHDNELSD

+
分子 #9: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.034193 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYS ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRND EELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TESHHKAKGK

+
分子 #4: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.13877 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #5: DNA (146-MER)

分子名称: DNA (146-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.610043 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, pH 7.5

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5490 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6380972
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) / 使用した粒子像数: 74575

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1jm7

,

5egg

)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7lyb:
Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with BRCA1-BARD1-UbcH5c

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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