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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20215 | |||||||||
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タイトル | CRYO-EM STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED AP-2 CORE BOUND TO NECAP | |||||||||
マップデータ | cryo-EM structure of phosphorylated AP2 bound to NECAP; sharpened map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / clathrin vesicle coat / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling ...Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / clathrin vesicle coat / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / clathrin coat / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / VLDLR internalisation and degradation / cardiac septum development / MHC class II antigen presentation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / clathrin coat assembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / membrane coat / vesicle budding from membrane / clathrin-dependent endocytosis / MHC class II antigen presentation / coronary vasculature development / positive regulation of protein localization to membrane / neurotransmitter receptor internalization / signal sequence binding / aorta development / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / ventricular septum development / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / positive regulation of endocytosis / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of receptor internalization / synaptic vesicle endocytosis / protein serine/threonine kinase binding / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / phosphatidylinositol binding / secretory granule / kidney development / kinase binding / intracellular protein transport / cytoplasmic side of plasma membrane / endocytosis / disordered domain specific binding / protein transport / synaptic vesicle / heart development / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / transmembrane transporter binding / postsynapse / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / mitochondrion / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Partlow EA / Baker RW / Beacham GM / Chappie JS / Leschziner AE / Hollopeter G | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: A structural mechanism for phosphorylation-dependent inactivation of the AP2 complex. 著者: Edward A Partlow / Richard W Baker / Gwendolyn M Beacham / Joshua S Chappie / Andres E Leschziner / Gunther Hollopeter / 要旨: Endocytosis of transmembrane proteins is orchestrated by the AP2 clathrin adaptor complex. AP2 dwells in a closed, inactive state in the cytosol, but adopts an open, active conformation on the plasma ...Endocytosis of transmembrane proteins is orchestrated by the AP2 clathrin adaptor complex. AP2 dwells in a closed, inactive state in the cytosol, but adopts an open, active conformation on the plasma membrane. Membrane-activated complexes are also phosphorylated, but the significance of this mark is debated. We recently proposed that NECAP negatively regulates AP2 by binding open and phosphorylated complexes (Beacham et al., 2018). Here, we report high-resolution cryo-EM structures of NECAP bound to phosphorylated AP2. The site of AP2 phosphorylation is directly coordinated by residues of the NECAP PHear domain that are predicted from genetic screens in . Using membrane mimetics to generate conformationally open AP2, we find that a second domain of NECAP binds these complexes and cryo-EM reveals both domains of NECAP engaging closed, inactive AP2. Assays in vitro and in vivo confirm these domains cooperate to inactivate AP2. We propose that phosphorylation marks adaptors for inactivation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20215.map.gz | 96.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20215-v30.xml emd-20215.xml | 25.8 KB 25.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20215_fsc.xml | 12.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20215.png | 55 KB | ||
その他 | emd_20215_additional.map.gz emd_20215_half_map_1.map.gz emd_20215_half_map_2.map.gz | 80.9 MB 80.9 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20215 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20215 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20215_validation.pdf.gz | 847.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20215_full_validation.pdf.gz | 846.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20215_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20215_validation.cif.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20215 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20215 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20215.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM structure of phosphorylated AP2 bound to NECAP; sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: cryo-EM structure of phosphorylated AP2 bound to NECAP;...
ファイル | emd_20215_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM structure of phosphorylated AP2 bound to NECAP; unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cryo-EM structure of phosphorylated AP2 bound to NECAP;...
ファイル | emd_20215_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM structure of phosphorylated AP2 bound to NECAP; unfiltered half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cryo-EM structure of phosphorylated AP2 bound to NECAP;...
ファイル | emd_20215_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM structure of phosphorylated AP2 bound to NECAP; unfiltered half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : PHOSPHORYLATED AP2-NECAP CO-COMPLEX
全体 | 名称: PHOSPHORYLATED AP2-NECAP CO-COMPLEX |
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要素 |
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-超分子 #1: PHOSPHORYLATED AP2-NECAP CO-COMPLEX
超分子 | 名称: PHOSPHORYLATED AP2-NECAP CO-COMPLEX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: AP-2 complex subunit alpha-2
分子 | 名称: AP-2 complex subunit alpha-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 69.656297 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPAVSKGEGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYT EKQIGYLFIS VLVNSNSELI RLINNAIKND LASRNPTFMG LALHCIANVG SREMAEAFAG EIPKILVAGD T MDSVKQSA ...文字列: MPAVSKGEGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYT EKQIGYLFIS VLVNSNSELI RLINNAIKND LASRNPTFMG LALHCIANVG SREMAEAFAG EIPKILVAGD T MDSVKQSA ALCLLRLYRT SPDLVPMGDW TSRVVHLLND QHLGVVTAAT SLITTLAQKN PEEFKTSVSL AVSRLSRIVT SA STDLQDY TYYFVPAPWL SVKLLRLLQC YPPPEDPAVR GRLTECLETI LNKAQEPPKS KKVQHSNAKN AVLFEAISLI IHH DSEPNL LVRACNQLGQ FLQHRETNLR YLALESMCTL ASSEFSHEAV KTHIETVINA LKTERDVSVR QRAVDLLYAM CDRS NAQQI VAEMLSYLET ADYSIREEIV LKVAILAEKY AVDYTWYVDT ILNLIRIAGD YVSEEVWYRV IQIVINRDDV QGYAA KTVF EALQAPACHE NLVKVGGYIL GEFGNLIAGD PRSSPLIQFN LLHSKFHLCS VPTRALLLST YIKFVNLFPE VKATIQ DVL RSDSQLKNAD VELQQRAVEY LRLSTVASTD ILATVLEEMP PFPERESSIL AKLKKKKG |
-分子 #2: AP-2 complex subunit beta
分子 | 名称: AP-2 complex subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 66.953195 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTDSKYFTTN KKGEIFELKA ELNNEKKEKR KEAVKKVIAA MTVGKDVSSL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN SFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQMVEDQ G FLDSLRDL ...文字列: MTDSKYFTTN KKGEIFELKA ELNNEKKEKR KEAVKKVIAA MTVGKDVSSL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN SFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQMVEDQ G FLDSLRDL IADSNPMVVA NAVAALSEIS ESHPNSNLLD LNPQNINKLL TALNECTEWG QIFILDCLSN YNPKDDREAQ SI CERVTPR LSHANSAVVL SAVKVLMKFL ELLPKDSDYY NMLLKKLAPP LVTLLSGEPE VQYVALRNIN LIVQKRPEIL KQE IKVFFV KYNDPIYVKL EKLDIMIRLA SQANIAQVLA ELKEYATEVD VDFVRKAVRA IGRCAIKVEQ SAERCVSTLL DLIQ TKVNY VVQEAIVVIR DIFRKYPNKY ESIIATLCEN LDSLDEPDAR AAMIWIVGEY AERIDNADEL LESFLEGFHD ESTQV QLTL LTAIVKLFLK KPSETQELVQ QVLSLATQDS DNPDLRDRGY IYWRLLSTDP VTAKEVVLSE KPLISEETDL IEPTLL DEL ICHIGSLASV YHKPPNAFVE GSHGIHRK |
-分子 #3: AP-2 complex subunit mu
分子 | 名称: AP-2 complex subunit mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 49.806621 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQV(TPO) GQ ...文字列: MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQV(TPO) GQ IGWRREGIKY RRNELFLDVL ESVNLLMSPQ GQVLSAHVSG RVVMKSYLSG MPECKFGMND KIVIEKQGKG TADETSKS G KQSIAIDDCT FHQCVRLSKF DSERSISFIP PDGEFELMRY RTTKDIILPF RVIPLVREVG RTKLEVKVVI KSNFKPSLL AQKIEVRIPT PLNTSGVQVI CMKGKAKYKA SENAIVWKIK RMAGMKESQI SAEIELLPTN DKKKWARPPI SMNFEVPFAP SGLKVRYLK VFEPKLNYSD HDVIKWVRYI GRSGIYETRC |
-分子 #4: AP-2 complex subunit sigma
分子 | 名称: AP-2 complex subunit sigma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 17.038688 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIRFILIQNR AGKTRLAKWY MQFDDDEKQK LIEEVHAVVT VRDAKHTNFV EFRNFKIIYR RYAGLYFCIC VDVNDNNLAY LEAIHNFVE VLNEYFHNVC ELDLVFNFYK VYTVVDEMFL AGEIRETSQT KVLKQLLMLQ SLE |
-分子 #5: Adaptin ear-binding coat-associated protein 2
分子 | 名称: Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 28.629941 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEESEYESVL CVKPEVHVYR IPPRATNRGY RASEWQLDQP SWSGRLRITA KGKVAYIKLE DRTSGELFAQ APVDQFPGTA VESVTDSSR YFVIRIEDGN GRRAFIGLGF GDRGDAFDFN VALQDHFKWV KQQCEFAKQA QNPDEGPKLD LGFKDGQTIK I NIANMRKK ...文字列: MEESEYESVL CVKPEVHVYR IPPRATNRGY RASEWQLDQP SWSGRLRITA KGKVAYIKLE DRTSGELFAQ APVDQFPGTA VESVTDSSR YFVIRIEDGN GRRAFIGLGF GDRGDAFDFN VALQDHFKWV KQQCEFAKQA QNPDEGPKLD LGFKDGQTIK I NIANMRKK EGAAGTPRAR PTSAGGLSLL PPPPGGKSST VIPPSGEQLS VGGSLVQPAV VSGSGGATEL WPQSKPAAAA TA DIWGDFT KSTGSPSSQS QPGTGWVQF |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 4 UL OF SAMPLE/GRID WAS BLOTTED FOR 4 SECONDS AND PLUNGE FROZEN IN LIQUID-NITROGEN COOLED ETHANE. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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ソフトウェア | 名称: Leginon |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 944 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析 #1
+画像解析 #2
-原子モデル構築 1
初期モデル | (PDB ID: , ) |
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詳細 | STARTING MODEL WAS GENERATED BY DOCKING PDB ENTRIES 2VGL AND 1TQZ INTO CRYO-EM DENSITY AND MANUALLY EDITING SEQUENCE AND STRUCTURAl CHANGES. MODEL REFINEMENT WAS PERFORMED USING ROSETTA AND PHENIX.REAL_SPACE_REFINE |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 63 / 当てはまり具合の基準: MAXIMUM LIKELIHOOD |
得られたモデル | PDB-6owo: |