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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7080 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal by a Hybrid Cryo-EM, NMR, and Molecular Dynamics Approach | |||||||||||||||
![]() | DIS dimer data set 2 (3200FSC with K2 detector) | |||||||||||||||
![]() | 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal != Human immunodeficiency virus 1 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal
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生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Zhang K / Keane S / Su Z / Case D / Ludtke S / Summers M / Chiu W | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal by a Hybrid Cryo-EM, NMR, and Molecular Dynamics Approach. 著者: Kaiming Zhang / Sarah C Keane / Zhaoming Su / Rossitza N Irobalieva / Muyuan Chen / Verna Van / Carly A Sciandra / Jan Marchant / Xiao Heng / Michael F Schmid / David A Case / Steven J Ludtke ...著者: Kaiming Zhang / Sarah C Keane / Zhaoming Su / Rossitza N Irobalieva / Muyuan Chen / Verna Van / Carly A Sciandra / Jan Marchant / Xiao Heng / Michael F Schmid / David A Case / Steven J Ludtke / Michael F Summers / Wah Chiu / ![]() 要旨: Cryoelectron microscopy (cryo-EM) and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy are routinely used to determine structures of macromolecules with molecular weights over 65 and under 25 kDa, ...Cryoelectron microscopy (cryo-EM) and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy are routinely used to determine structures of macromolecules with molecular weights over 65 and under 25 kDa, respectively. We combined these techniques to study a 30 kDa HIV-1 dimer initiation site RNA ([DIS]; 47 nt/strand). A 9 Å cryo-EM map clearly shows major groove features of the double helix and a right-handed superhelical twist. Simulated cryo-EM maps generated from time-averaged molecular dynamics trajectories (10 ns) exhibited levels of detail similar to those in the experimental maps, suggesting internal structural flexibility limits the cryo-EM resolution. Simultaneous inclusion of the cryo-EM map and H-edited NMR-derived distance restraints during structure refinement generates a structure consistent with both datasets and supporting a flipped-out base within a conserved purine-rich bulge. Our findings demonstrate the power of combining global and local structural information from these techniques for structure determination of modest-sized RNAs. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 37.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | DIS dimer data set 2 (3200FSC with K2 detector) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal
全体 | 名称: 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal |
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要素 |
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-超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1
超分子 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: synthesized / NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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Host system | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 30 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | HIV-1 RNA Dimerization Signal |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 660 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
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画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1) |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Starting model made from 2D class averages by EMAN2 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称![]() |