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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1869 | |||||||||
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タイトル | Procapsid of Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 | |||||||||
マップデータ | Twofold (222) view of isosurface representation of Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 (SaPI1) procapsid icosahedral reconstruction. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Staphylococcus aureus / bacteriophage / capsid / procapsid / size determination / pathogenicity island | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 procapsid | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.99 Å | |||||||||
データ登録者 | Dearborn AD / Spilman MS / Damle PK / Chang JR / Monroe EB / Saad JS / Christie GE / Dokland T | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2011 タイトル: The Staphylococcus aureus pathogenicity island 1 protein gp6 functions as an internal scaffold during capsid size determination. 著者: Altaira D Dearborn / Michael S Spilman / Priyadarshan K Damle / Jenny R Chang / Eric B Monroe / Jamil S Saad / Gail E Christie / Terje Dokland / 要旨: Staphylococcus aureus pathogenicity island 1 (SaPI1) is a mobile genetic element that carries genes for several superantigen toxins. SaPI1 is normally stably integrated into the host genome but can ...Staphylococcus aureus pathogenicity island 1 (SaPI1) is a mobile genetic element that carries genes for several superantigen toxins. SaPI1 is normally stably integrated into the host genome but can become mobilized by "helper" bacteriophage 80α, leading to the packaging of SaPI1 genomes into phage-like transducing particles that are composed of structural proteins supplied by the helper phage but having smaller capsids. We show that the SaPI1-encoded protein gp6 is necessary for efficient formation of small capsids. The NMR structure of gp6 reveals a dimeric protein with a helix-loop-helix motif similar to that of bacteriophage scaffolding proteins. The gp6 dimer matches internal densities that bridge capsid subunits in cryo-electron microscopy reconstructions of SaPI1 procapsids, suggesting that gp6 acts as an internal scaffolding protein in capsid size determination. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1869.map.gz | 67.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1869-v30.xml emd-1869.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_1869.png | 273.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1869 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1869 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1869_validation.pdf.gz | 268.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1869_full_validation.pdf.gz | 267.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1869_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1869 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1869 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1869.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 89 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Twofold (222) view of isosurface representation of Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 (SaPI1) procapsid icosahedral reconstruction. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.048 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Staphylococcus aureus ST63 (Bacteriophage 80alpha delta(terS) SaP...
全体 | 名称: Staphylococcus aureus ST63 (Bacteriophage 80alpha delta(terS) SaPI1 delta(terS)) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Staphylococcus aureus ST63 (Bacteriophage 80alpha delta(terS) SaP...
超分子 | 名称: Staphylococcus aureus ST63 (Bacteriophage 80alpha delta(terS) SaPI1 delta(terS)) タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Purified by CsCl and sucrose gradient centrifugation Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 8.4 MDa |
-超分子 #1: Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 procapsid
超分子 | 名称: Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 procapsid タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: SaPI1 procapsid 生物種: Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 procapsid ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: SaPI1 procapsid |
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宿主 | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
分子量 | 実験値: 8.4 MDa / 理論値: 8.4 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: procapsid / 直径: 370 Å / T番号(三角分割数): 4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 2 mM CaCl2 |
グリッド | 詳細: 400 mesh holey film C-flat R 2/1 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 108 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: manual / 手法: Blotted for 2 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 97 K |
日付 | 2008年11月18日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.3 µm / 実像数: 83 / 平均電子線量: 20 e/Å2 詳細: Scanned images were binned to 12.6 microns per pixel Od range: 2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 62000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN 詳細: Final maps were calculated to 8A and filtered at 5A resolution 使用した粒子像数: 3944 |