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万見
- SASDAC9: Varkud Satellite (VS) ribozyme in Tris (Varkud Satellite (VS) rib... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAC9
試料Varkud Satellite (VS) ribozyme in Tris
  • Varkud Satellite (VS) ribozyme (RNA), G638A, Neurospora
生物種Neurospora (菌類)
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the Varkud satellite ribozyme.
著者: Nikolai B Suslov / Saurja DasGupta / Hao Huang / James R Fuller / David M J Lilley / Phoebe A Rice / Joseph A Piccirilli /
要旨: The Varkud satellite (VS) ribozyme mediates rolling-circle replication of a plasmid found in the Neurospora mitochondrion. We report crystal structures of this ribozyme from Neurospora intermedia at ...The Varkud satellite (VS) ribozyme mediates rolling-circle replication of a plasmid found in the Neurospora mitochondrion. We report crystal structures of this ribozyme from Neurospora intermedia at 3.1 Å resolution, which revealed an intertwined dimer formed by an exchange of substrate helices. In each protomer, an arrangement of three-way helical junctions organizes seven helices into a global fold that creates a docking site for the substrate helix of the other protomer, resulting in the formation of two active sites in trans. This mode of RNA-RNA association resembles the process of domain swapping in proteins and has implications for RNA regulation and evolution. Within each active site, adenine and guanine nucleobases abut the scissile phosphate, poised to serve direct roles in catalysis. Similarities to the active sites of the hairpin and hammerhead ribozymes highlight the functional importance of active-site features, underscore the ability of RNA to access functional architectures from distant regions of sequence space, and suggest convergent evolution.
登録者
  • James Fuller (Uchicago, The University of Chicago, Edward H. Levi Hall 5801 South Ellis Avenue Chicago, Illinois 60637 773.702.1234)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #358
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 4.00 A
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モデル #359
タイプ: mix / ソフトウェア: FoXS / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 680.308162367
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Varkud Satellite (VS) ribozyme in Tris / 試料濃度: 1.50-4.50
バッファ名称: Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
濃度: 10.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 25 mM KCl and 5 mM MgCl2
要素 #217名称: G638A / タイプ: RNA / 記述: Varkud Satellite (VS) ribozyme / 分子量: 60.15 / 分子数: 2 / 由来: Neurospora
配列:
GGCGCUGUGU CGCAAUCUGC GAAGGGCGUC GUCGGCCCAA GCGGUAGUAA GCAGGGAACU CACCUCCAAU GAAACACAUU GUCGUAGCAG UUGACUACUG UUAUGUGAUU GGUAGAGGCU AAGUGACGGU AUUGGCGUAA GCCAAUACCG CAGCACAGCA CAAGCCCGCU UGCGAGAUUA CAGCGC

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.103 Å
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Structure of the Varkud Satellite (VS) ribozyme
測定日: 2012年3月6日 / フレーム数: 24 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.2098 3.244
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 252 /
MinMax
Q0.02098 0.173615
P(R) point1 252
R0 164.3
結果
D max: 16.4 / カーブのタイプ: extrapolated
コメント: SAXS data from a catalytically inactive construct support the overall conformation and dimeric state of the VS ribozyme in its x-ray crystal structure.
実験値StandardPorod
分子量125 kDa125 kDa-
体積--239.5 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I04491 4298
慣性半径, Rg 4.13 nm3.87 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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