PDB-6h02: Crystal structure of human Mediator subunit MED23

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h02

タイトル

Crystal structure of human Mediator subunit MED23

要素

LAMA nanobody NB106
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23

キーワード

TRANSCRIPTION / Human / Mediator / complex / subunit

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of T cell extravasation / core mediator complex / mediator complex / Generic Transcription Pathway / RSV-host interactions / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / PPARA activates gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Clantin, B. / Monte, D. / Villeret, V.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of human Mediator subunit MED23.
著者: Monte, D. / Clantin, B. / Dewitte, F. / Lens, Z. / Rucktooa, P. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Verger, A. / Villeret, V.

履歴

登録	2018年7月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月5日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h02.cif.gz	709.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h02.ent.gz	492.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1494 358 4y5w-1 5d39-3 4y5w-2 5u9o-d 5d39-2 3itb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23

B: LAMA nanobody NB106

173 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SAXS, microscopy

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.650, 137.180, 90.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.980, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 / Activator-recruited cofactor 130 kDa component / ARC130 / Cofactor required for Sp1 transcriptional ...Activator-recruited cofactor 130 kDa component / ARC130 / Cofactor required for Sp1 transcriptional activation subunit 3 / CRSP complex subunit 3 / Mediator complex subunit 23 / Protein sur-2 homolog / hSur-2 / Transcriptional coactivator CRSP130 / Vitamin D3 receptor-interacting protein complex 130 kDa component / DRIP130 分子量: 158294.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: human MED23 subunit with a C-terminal purification TAG 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED23, ARC130, CRSP3, DRIP130, KIAA1216, SUR2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9ULK4
#2: 抗体	LAMA nanobody NB106 分子量: 14753.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Lama nanobody generated against Human Mediator subunit MED23 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10% PEG 6000 100mM HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→15 Å / Num. obs: 42643 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 20 % / B_iso Wilson estimate: 76.02 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 20 % / Num. unique obs: 4250 / CC_1/2: 0.887 / R_rim(I) all: 1.47 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→15 Å / SU ML: 0.3418 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.125

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2399	2010	4.79 %
R_work	0.199	-	-
obs	0.201	41954	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11714	0	0	0	11714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	12017
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4695	16328
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0366	1834
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	2064
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.7064	7187

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.87	0.346	151	0.3189	2826	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.87-2.95	0.3068	136	0.2877	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.95-3.03	0.3188	140	0.2783	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.03-3.13	0.3256	127	0.2525	2851	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.13-3.24	0.3345	119	0.2499	2863	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.24-3.37	0.3063	129	0.2402	2842	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.37-3.52	0.2833	133	0.2274	2858	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.52-3.7	0.2584	130	0.2139	2876	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.7-3.93	0.2302	156	0.1991	2836	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.93-4.23	0.2493	153	0.1888	2832	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.23-4.64	0.1879	139	0.1651	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
4.64-5.29	0.1866	145	0.1754	2882	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.29-6.57	0.2732	194	0.2153	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
6.57-15	0.191	158	0.1545	2897	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.22964140389	0.45039245309	0.100616147784	1.27420577789	-0.0270463720891	0.950123894358	0.0703704251477	-0.0196922216193	-0.12537478686	0.026198756536	-0.101432147551	0.183336612595	0.163429836719	-0.331546374321	-5.05108984882E-5	0.603424592507	-0.0935839049973	0.0256106107527	0.734455104002	-0.167908037557	0.734576731216	-41.7101328336	21.2980753944	-5.8622629692
2	0.114033961428	-0.332343847766	-0.316575596527	0.820956987873	0.759676768253	0.650288506238	0.0803074756643	-0.0151084415616	-0.126220887948	0.168342052745	-0.260996914572	0.392862767492	0.214605721444	-0.298043505375	-5.17906889454E-5	0.75273489537	-0.1388564601	0.135905251494	0.818565876037	-0.076422198429	0.660617553997	-25.6095539021	51.5262883512	41.1448446816
3	1.44438310839	0.626016934527	-0.599058378859	0.789159513452	-0.139228898599	0.865008931666	0.225796478503	-0.0555632005032	0.395439235063	0.170280599798	-0.0764796783778	0.196229480977	-0.185874410086	-0.00654824751234	2.42960275035E-5	0.640368179832	0.0123550689754	0.0308769764314	0.559439106742	-0.0226573736421	0.611981028562	0.440414930469	81.6134062771	34.999392984
4	0.698521218436	0.496566948678	0.172377442943	0.475393171381	0.461660459603	0.775768801501	0.0711924739748	-0.080622500027	-0.231069068949	0.130096943917	-0.0382704820563	-0.0833002123544	0.139854892715	0.0124319825843	1.31962650897E-5	0.600487751678	0.0229221501838	-0.0752956686634	0.515485058849	0.015446920714	0.571344044318	1.07201137237	41.5359640548	21.6746611104
5	0.0636071760421	-0.0824433772653	0.0406600675387	0.117310745723	-0.0832489749645	0.0859066563441	0.061249478723	-0.0934441565977	-0.18919898732	-0.118688289568	0.143713621475	-0.531374908908	0.356661210905	0.0714895934696	-0.00018369465047	0.794046267282	0.042784151614	0.00214681329295	1.08074455789	-0.164377187915	1.05634834866	31.923533419	44.5121824003	5.17454397982
6	0.231086762706	-0.0433526451259	0.0993729821427	0.113269899305	0.083748975375	0.138622422159	-0.144896649026	0.00985069313831	-0.149833806997	0.171116500804	0.245781623432	0.0126732079309	-0.0576481092292	-0.205920883184	-3.09962628746E-5	0.796815212967	-0.0604999474438	0.0774963297624	0.65493985231	-0.0454374319547	0.723686926759	20.1950080947	47.5563653415	7.01693580784
7	0.00794216752274	0.0326018731788	0.0338181066433	0.121297138236	0.123707292591	0.122348994562	-0.223695361242	0.201134279261	-0.536799512216	0.227984999327	-0.00255496917887	-0.359752139581	0.172587164997	0.247163357504	-0.000160930096323	0.788079837373	0.0220503809837	0.0275070741392	0.817358550043	-0.0774115304803	0.857452332879	23.5031381231	39.8793426532	3.67528324007
8	0.161767116277	-0.0296224709335	-0.0566518273215	0.0795570208213	0.0343220793197	0.024621103947	-0.11852637788	0.139907668115	0.0177289508945	-0.307375805317	0.0820637029005	-0.208854428892	-0.414143794942	0.336770407615	0.000105708054029	0.664612115412	-0.039677723182	-0.00249937653924	0.679100013957	-0.0487410221015	0.709037796644	23.3240413643	50.2032106263	3.85020157561

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 211 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 212 through 437 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 438 through 997 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 998 through 1334 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 26 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 60 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 61 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 123 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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