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万見
- SASDFA4: Insulin glargine (Toujeo®), oligomeric composition -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFA4
試料Insulin glargine (Toujeo®), oligomeric composition
  • Insulin glargine (Toujeo®) (protein)
引用日付: 2019 Jul
タイトル: The quaternary structure of insulin glargine and glulisine under formulation conditions
著者: Nagel N / Graewert M / Gao M / Heyse W / Jeffries C / Svergun D
登録者
  • Melissa Graewert (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2924
タイプ: atomic / 対称性: Dimer / カイ2乗値: 2.30
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2925
タイプ: atomic / 対称性: Hexamer / カイ2乗値: 2.30
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Insulin glargine (Toujeo®), oligomeric composition / 試料濃度: 10.91 mg/ml
バッファ名称: Toujeo Fromulation (190 ug Zinc chloride, 2.7 mg m-Cresol, 20 mg glycerol 85%)
pH: 4
要素 #1568タイプ: protein / 記述: Insulin glargine (Toujeo®) / 分子量: 6.051 / 分子数: 6
配列:
GIVEQCCTSI CSLYQLENYC GFVNQHLCGS HLVEALYLVC GERGFFYTPK TRR

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 1.241 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 6M
スキャン
タイトル: Insulin glargine (Toujeo®), oligomeric composition
測定日: 2019年7月5日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1723 3.0419
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 933 /
MinMax
Q0.470276 3.04192
P(R) point1 933
R0 6.22
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Here, Toujeo measured at 10.91 mg/ml is displayed (formulation concentration). Measurements from 2 dilutions have been deposited in addition. Mixture analysis of the scattering profiles ...コメント: Here, Toujeo measured at 10.91 mg/ml is displayed (formulation concentration). Measurements from 2 dilutions have been deposited in addition. Mixture analysis of the scattering profiles was performed with the program Oligomer. Data can be fit with a stable equilibrium of ~ 60 % hexamers (based on 1ev3.pdb) and ~ 40 % dimers. For higher concentration a strong influence of interparticle interference is observed, so that data at low s (>0.05 nm-1) is omitted for the fit. The presence of 3% dodecamers (based on 3W80.pdb) slightly improves the fit.
実験値StandardStandard error
分子量35 kDa35 kDa194

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0692.9 658.24 3.72
慣性半径, Rg 1.9 nm1.8 nm0.1

MinMax
D-6.2
Guinier point1 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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