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万見
- SASDDT9: NADPH oxidase (H2O2 producing and [F-actin] oxidizing) MICAL1 (mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDT9
試料NADPH oxidase (H2O2 producing and [F-actin] oxidizing) MICAL1 (monomer) in complex with Ras-related protein Rab 8 (MICAL1-Rab8 complex)
  • [F-actin]-monooxygenase MICAL1 (monomer) (protein), Mical1, Homo sapiens
  • Ras-related protein 8 (protein), Rab8
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum tubular network organization / protein localization to basolateral plasma membrane / establishment of protein localization to endoplasmic reticulum membrane / establishment of neuroblast polarity / hippocampal mossy fiber expansion / NADPH oxidase H202-forming activity / secretory vesicle / F-actin monooxygenase / NAD(P)H oxidase (H2O2-forming) / sulfur oxidation ...endoplasmic reticulum tubular network organization / protein localization to basolateral plasma membrane / establishment of protein localization to endoplasmic reticulum membrane / establishment of neuroblast polarity / hippocampal mossy fiber expansion / NADPH oxidase H202-forming activity / secretory vesicle / F-actin monooxygenase / NAD(P)H oxidase (H2O2-forming) / sulfur oxidation / endoplasmic reticulum tubular network / regulation of regulated secretory pathway / insulin-responsive compartment / regulated exocytosis / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / polarized epithelial cell differentiation / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / exocytic vesicle / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Golgi to plasma membrane transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / Golgi to plasma membrane protein transport / actin filament depolymerization / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / establishment of protein localization to membrane / intermediate filament / endosomal transport / intercellular bridge / exocytosis / actin filament bundle assembly / antigen processing and presentation / protein secretion / vesicle-mediated transport / cytoskeleton organization / FAD binding / axonogenesis / monooxygenase activity / small monomeric GTPase / G protein activity / secretory granule membrane / negative regulation of protein phosphorylation / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / actin filament / adherens junction / trans-Golgi network / cytoplasmic vesicle membrane / recycling endosome / cilium / small GTPase binding / SH3 domain binding / cellular response to insulin stimulus / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / GDP binding / actin filament binding / actin cytoskeleton / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / actin binding / midbody / cytoskeleton / endosome membrane / endosome / Golgi membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DUF3585 / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / : / : / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type ...DUF3585 / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / : / : / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / FAD-binding domain / FAD binding domain / small GTPase Rab1 family profile. / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-related protein Rab-10 / [F-actin]-monooxygenase MICAL1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2019
タイトル: Human MICAL1: Activation by the small GTPase Rab8 and small-angle X-ray scattering studies on the oligomerization state of MICAL1 and its complex with Rab8.
著者: Alessandro Esposito / Valeria Ventura / Maxim V Petoukhov / Amrita Rai / Dmitri I Svergun / Maria A Vanoni /
要旨: Human MICAL1 is a member of a recently discovered family of multidomain proteins that couple a FAD-containing monooxygenase-like domain to typical protein interaction domains. Growing evidence ...Human MICAL1 is a member of a recently discovered family of multidomain proteins that couple a FAD-containing monooxygenase-like domain to typical protein interaction domains. Growing evidence implicates the NADPH oxidase reaction catalyzed by the flavoprotein domain in generation of hydrogen peroxide as a second messenger in an increasing number of cell types and as a specific modulator of actin filaments stability. Several proteins of the Rab families of small GTPases are emerging as regulators of MICAL activity by binding to its C-terminal helical domain presumably shifting the equilibrium from the free - auto-inhibited - conformation to the active one. We here extend the characterization of the MICAL1-Rab8 interaction and show that indeed Rab8, in the active GTP-bound state, stabilizes the active MICAL1 conformation causing a specific four-fold increase of k of the NADPH oxidase reaction. Kinetic data and small-angle X-ray scattering (SAXS) measurements support the formation of a 1:1 complex between full-length MICAL1 and Rab8 with an apparent dissociation constant of approximately 8 μM. This finding supports the hypothesis that Rab8 is a physiological regulator of MICAL1 activity and shows how the protein region preceding the C-terminal Rab-binding domain may mask one of the Rab-binding sites detected with the isolated C-terminal fragment. SAXS-based modeling allowed us to propose the first model of the free full-length MICAL1, which is consistent with an auto-inhibited conformation in which the C-terminal region prevents catalysis by interfering with the conformational changes that are predicted to occur during the catalytic cycle.
登録者
  • Maxim Petoukhov (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2179
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.28 / P-value: 0.006548
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モデル #2180
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.39 / P-value: 0.000409
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モデル #2181
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.50
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: NADPH oxidase (H2O2 producing and [F-actin] oxidizing) MICAL1 (monomer) in complex with Ras-related protein Rab 8 (MICAL1-Rab8 complex)
試料濃度: 10 mg/ml / Entity id: 1192 / 1194
バッファ名称: 20 mM Hepes/NaOH, pH 7.5, 50 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT
pH: 7.5 / コメント: Mical1:Rab8
要素 #1192名称: Mical1 / タイプ: protein / 記述: [F-actin]-monooxygenase MICAL1 (monomer) / 分子量: 117.93 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q8TDZ2
配列: MASPTSTNPA HAHFESFLQA QLCQDVLSSF QELCGALGLE PGGGLPQYHK IKDQLNYWSA KSLWTKLDKR AGQPVYQQGR ACTSTKCLVV GAGPCGLRVA VELALLGARV VLVEKRTKFS RHNVLHLWPF TIHDLRALGA KKFYGRFCTG TLDHISIRQL QLLLLKVALL ...配列:
MASPTSTNPA HAHFESFLQA QLCQDVLSSF QELCGALGLE PGGGLPQYHK IKDQLNYWSA KSLWTKLDKR AGQPVYQQGR ACTSTKCLVV GAGPCGLRVA VELALLGARV VLVEKRTKFS RHNVLHLWPF TIHDLRALGA KKFYGRFCTG TLDHISIRQL QLLLLKVALL LGVEIHWGVT FTGLQPPPRK GSGWRAQLQP NPPAQLANYE FDVLISAAGG KFVPEGFKVR EMRGKLAIGI TANFVNGRTV EETQVPEISG VARIYNQSFF QSLLKATGID LENIVYYKDD THYFVMTAKK QCLLRLGVLR QDWPDTNRLL GSANVVPEAL QRFTRAAADF ATHGKLGKLE FAQDAHGQPD VSAFDFTSMM RAESSARVQE KHGARLLLGL VGDCLVEPFW PLGTGVARGF LAAFDAAWMV KRWAEGAESL EVLAERESLY QLLSQTSPEN MHRNVAQYGL DPATRYPNLN LRAVTPNQVR DLYDVLAKEP VQRNNDKTDT GMPATGSAGT QEELLRWCQE QTAGYPGVHV SDLSSSWADG LALCALVYRL QPGLLEPSEL QGLGALEATA WALKVAENEL GITPVVSAQA VVAGSDPLGL IAYLSHFHSA FKSMAHSPGP VSQASPGTSS AVLFLSKLQR TLQRSRAKEN AEDAGGKKLR LEMEAETPST EVPPDPEPGV PLTPPSQHQE AGAGDLCALC GEHLYVLERL CVNGHFFHRS CFRCHTCEAT LWPGGYEQHP GDGHFYCLQH LPQTDHKKEG SDRGPESPEL PTPSENSMPP GLSTPTASQE GAGPVPDPSQ PTRRQIRLSS PERQRLSSLN LTPDPEMEPP PKPPRSCSAL ARHALESSFV GWGLPVQSPQ ALVAMEKEEK ESPFSSEEEE EDVPLDSDVE QALQTFAKTS GTMNNYPTWR RTLLRRAKEE EMKRFCKAQT IQRRLNEIEA ALRELEAEGV KLELALRRQS SSPEQQKKLW VGQLLQLVDK KNSLVAEEAE LMITVQELNL EEKQWQLDQE LRGYMNREEN LKTAADRQAE DQVLRKLVDL VNQRDALIRF QEERRLSELA LGTGAQG
要素 #1194名称: Rab8 / タイプ: protein / 記述: Ras-related protein 8 / 分子量: 20.171 / 分子数: 1 / 参照: UniProt: P61026
配列:
GHMAKKTYDL LFKLLLIGDS GVGKTCVLFR FSDDAFNTTF ISTIGIDFKI KTVELQGKKI KLQIWDTAGQ ERFHTITTSY YRGAMGIMLV YDITNGKSFE NISKWLRNID EHANEDVERM LLGNKCDMDD KRVVPKGKGE QIAREHGIRF FETSAKANIN IEKAFLTLAE DILRKTP

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: NADPH oxidase (H2O2 producing and [F-actin] oxidizing) MICAL1 (monomer) in complex with Ras-related protein Rab 8 (MICAL1-Rab8 complex)
測定日: 2017年6月20日 / 保管温度: 23 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 3600 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1079 5.0354
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 756 /
MinMax
Q0.107882 2.18395
P(R) point1 756
R0 11.81
結果
D max: 11.81 / カーブのタイプ: sec
コメント: 1:1 Complex between Mical1 and Rab8. Note: The protein in the SAXS experiments is Rab8, however the protein used for modelling is Rab10.
実験値Porod
分子量142 kDa142 kDa
体積-234 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I08764 8788 -
慣性半径, Rg 3.637 nm3.7 nm0.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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