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万見
- SASDDK7: Disrupted-in-Schizophrenia 1 protein (DISC1 12d2) (Disrupted- in-... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDK7
試料Disrupted-in-Schizophrenia 1 protein (DISC1 12d2)
  • Disrupted- in-schizophrenia 1 (DISC1 12D2) 691-836 (protein), DISC1 12D2
機能・相同性
機能・相同性情報


pyramidal neuron migration to cerebral cortex / mitochondrial calcium ion homeostasis / central region of growth cone / cell proliferation in forebrain / regulation of dendritic spine development / dynein complex / regulation of synapse maturation / non-motile cilium assembly / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein localization to centrosome ...pyramidal neuron migration to cerebral cortex / mitochondrial calcium ion homeostasis / central region of growth cone / cell proliferation in forebrain / regulation of dendritic spine development / dynein complex / regulation of synapse maturation / non-motile cilium assembly / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein localization to centrosome / intermediate filament cytoskeleton / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of postsynapse organization / kinesin complex / ciliary base / positive regulation of neuroblast proliferation / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / kinesin binding / positive regulation of Wnt signaling pathway / cilium assembly / TOR signaling / positive regulation of axon extension / canonical Wnt signaling pathway / response to electrical stimulus / GABA-ergic synapse / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ciliary basal body / negative regulation of protein binding / neuron migration / positive regulation of neuron projection development / microtubule cytoskeleton organization / neuron cellular homeostasis / synaptic vesicle / presynapse / cell body / ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule / molecular adaptor activity / postsynaptic density / centrosome / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Disrupted in schizophrenia 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Disrupted in schizophrenia 1 protein
類似検索 - 構成要素
引用日付: 2018 Jan 11
タイトル: Biophysical insights from a single chain camelid antibody directed against the Disrupted-in-Schizophrenia 1 protein
著者: Yerabham A / Müller-Schiffmann A / Ziehm T / Stadler A / Köber S / Indurkhya X / Marreiros R / Trossbach S / Bradshaw N / Prikulis I / Willbold D / Weiergräber O
登録者
  • Andreas Stadler (Forschungszentrum Jülich)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2011
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.76
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モデル #2012
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.8.3) / ダミー原子の半径: 2.50 A / カイ2乗値: 5.76
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2013
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.8.3) / ダミー原子の半径: 2.00 A / カイ2乗値: 1.170724 / P-value: 0.000321
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モデル #2014
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.8.3) / ダミー原子の半径: 2.50 A / カイ2乗値: 1.170724 / P-value: 0.000321
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試料

試料名称: Disrupted-in-Schizophrenia 1 protein (DISC1 12d2) / 試料濃度: 2.8 mg/ml
バッファ名称: 25 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 1mM DTT / pH: 7.4
要素 #1077名称: DISC1 12D2 / タイプ: protein / 記述: Disrupted- in-schizophrenia 1 (DISC1 12D2) 691-836 / 分子量: 19.426 / 分子数: 1 / 参照: UniProt: Q9NRI5
配列:
MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGWEADLEAC RLLIQSLQLQ EARGSLSVED ERQMDDLEGA APPIPPRLHS EDKRKTPLKV LEEWKTHLIP SLHCAGGEQK EESYILSAEL GEKCEDIGKK LLYLEDQLHT AIHSHDEDLI QSLRRELQMV KETLQAMILQ LQPAKEAGSG

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.123987 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Disrupted-in-Schizophrenia 1 protein (DISC1 12d2)
測定日: 2015年10月1日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.095 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.049 4.8097
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1115 /
MinMax
Q0.0833552 3.02809
P(R) point1 1115
R0 7.26
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値StandardPorod
分子量17.31 kDa17.31 kDa24.1 kDa
体積--40.9 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0444.6 461.76 1.15
慣性半径, Rg 2.512 nm2.64 nm0.1

MinMax
D-7.26
Guinier point14 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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