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Yorodumi- PDB-3q4h: Crystal structure of the Mycobacterium smegmatis EsxGH complex (M... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3q4h | ||||||
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Title | Crystal structure of the Mycobacterium smegmatis EsxGH complex (MSMEG_0620-MSMEG_0621) | ||||||
Components |
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Keywords | METAL TRANSPORT / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / 4-helix bundle / WXG100 motif / ESAT-6/ CFP-10 family / UNKNOWN FUNCTION | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Chan, S. / Harris, L. / Kuo, E. / Ahn, C. / Zhou, T.T. / Nguyen, L. / Shin, A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Arbing, M.A. ...Chan, S. / Harris, L. / Kuo, E. / Ahn, C. / Zhou, T.T. / Nguyen, L. / Shin, A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Arbing, M.A. / Eisenberg, D. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI) / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2013 Title: Heterologous expression of mycobacterial Esx complexes in Escherichia coli for structural studies is facilitated by the use of maltose binding protein fusions. Authors: Arbing, M.A. / Chan, S. / Harris, L. / Kuo, E. / Zhou, T.T. / Ahn, C.J. / Nguyen, L. / He, Q. / Lu, J. / Menchavez, P.T. / Shin, A. / Holton, T. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3q4h.cif.gz | 132.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3q4h.ent.gz | 112.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3q4h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/3q4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/3q4h | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3ogiC 4gzrC 4i0xC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 10221.783 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (bacteria) / Strain: MC2 155 / Gene: MSMEG_0620 / Plasmid: pMAPLe3, pET28 derivative / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-Gold (DE3) / References: UniProt: A0QQ43 #2: Protein | Mass: 11829.669 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (bacteria) / Strain: MC2 155 / Gene: MSMEG_0621 / Plasmid: pMAPLe3, pET28 derivative / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-Gold (DE3) / References: UniProt: A0QQ44 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 460mM K-Na-Tartrate, 35% Glycerol, 95mM HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97917 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 18, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97917 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→80 Å / Num. all: 12416 / Num. obs: 46063 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Redundancy: 3.7 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1231 / Rsym value: 0.482 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.7→80 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 23.617 / SU ML: 0.224 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.661 / ESU R Free: 0.339 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.436 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→80 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.702→2.772 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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