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- PDB-4gzr: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis H37Rv EsxOP (... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gzr | ||||||
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Title | Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis H37Rv EsxOP (Rv2346c-Rv2347c) complex in space group C2221 | ||||||
![]() |
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![]() | Structural Genomics / Unknown Function / WXG100 / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / Secreted / PSI-2 / Protein Structure Initiative | ||||||
Function / homology | ![]() cell wall / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Arbing, M.A. / Chan, S. / He, Q. / Harris, L. / Zhou, T.T. / Kuo, E. / Ahn, C.J. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI) | ||||||
![]() | ![]() Title: Heterologous expression of mycobacterial Esx complexes in Escherichia coli for structural studies is facilitated by the use of maltose binding protein fusions. Authors: Arbing, M.A. / Chan, S. / Harris, L. / Kuo, E. / Zhou, T.T. / Ahn, C.J. / Nguyen, L. / He, Q. / Lu, J. / Menchavez, P.T. / Shin, A. / Holton, T. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 166.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 134.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 461.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 464.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ogiSC ![]() 3q4hC ![]() 4i0xC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | Dimeric assembly 1 is composed of chains A and B. / Dimeric assembly 2 is composed of chains C and D. |
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Components
#1: Protein | Mass: 10890.939 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 11075.280 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 3.5 Details: Reservoir: 11% PEG3350, 40 mM Citric Acid pH 3.5. Protein concentration: 7.8 mg/mL. Protein Buffer: 20 mM HEPES, pH 7.8, 150 mM NaCl, 2 mM ZnSO4, 38 mM B-ME., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: CRYO-COOLED SI(111) DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.282 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.55→52.531 Å / Num. all: 13597 / Num. obs: 13340 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.56 % / Biso Wilson estimate: 74.899 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 14.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3OGI Resolution: 2.553→38.05 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / FOM work R set: 0.8083 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / Phase error: 25.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 121.77 Å2 / Biso mean: 43.4823 Å2 / Biso min: 14.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.553→38.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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