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- PDB-4gzr: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis H37Rv EsxOP (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gzr
タイトルCrystal structure of the Mycobacterium tuberculosis H37Rv EsxOP (Rv2346c-Rv2347c) complex in space group C2221
要素
  • ESAT-6-like protein 6
  • ESAT-6-like protein 7
キーワードStructural Genomics (構造ゲノミクス) / Unknown Function / WXG100 / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI (第四インターナショナル) / Secreted (分泌) / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


細胞壁 / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ESAT-6-like protein, Mycobacterium / ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / ESAT-6-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ESAT-6-like protein EsxO / ESAT-6-like protein EsxP / ESAT-6-like protein EsxP / ESAT-6-like protein EsxO
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.553 Å
データ登録者Arbing, M.A. / Chan, S. / He, Q. / Harris, L. / Zhou, T.T. / Kuo, E. / Ahn, C.J. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Heterologous expression of mycobacterial Esx complexes in Escherichia coli for structural studies is facilitated by the use of maltose binding protein fusions.
著者: Arbing, M.A. / Chan, S. / Harris, L. / Kuo, E. / Zhou, T.T. / Ahn, C.J. / Nguyen, L. / He, Q. / Lu, J. / Menchavez, P.T. / Shin, A. / Holton, T. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
履歴
登録2012年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Other
改定 1.22014年5月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESAT-6-like protein 6
B: ESAT-6-like protein 7
C: ESAT-6-like protein 6
D: ESAT-6-like protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0295
ポリマ－43,9324
非ポリマー961
水55831
1
A: ESAT-6-like protein 6
B: ESAT-6-like protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9662
ポリマ－21,9662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8130 Å2
手法PISA
2
C: ESAT-6-like protein 6
D: ESAT-6-like protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0623
ポリマ－21,9662
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area8460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.100, 112.070, 95.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Dimeric assembly 1 is composed of chains A and B. / Dimeric assembly 2 is composed of chains C and D.

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要素

#1: タンパク質 ESAT-6-like protein 6


分子量: 10890.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT2411, MTCY98.15c, Rv2346c / プラスミド: pMAPLe3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P95242, UniProt: P9WNI7*PLUS
#2: タンパク質 ESAT-6-like protein 7 / CFP-10 homologue


分子量: 11075.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT2412, MTCY98.16c, Rv2347c / プラスミド: pMAPLe3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P95243, UniProt: P9WNI5*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: Reservoir: 11% PEG3350, 40 mM Citric Acid pH 3.5. Protein concentration: 7.8 mg/mL. Protein Buffer: 20 mM HEPES, pH 7.8, 150 mM NaCl, 2 mM ZnSO4, 38 mM B-ME., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.282 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月8日
放射モノクロメーター: CRYO-COOLED SI(111) DOUBLE CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→52.531 Å / Num. all: 13597 / Num. obs: 13340 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.56 % / Biso Wilson estimate: 74.899 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.55-2.620.6752.725125946195.3
2.62-2.690.6553.255405955199.5
2.69-2.770.5084.125095929198.7
2.77-2.850.4184.934637902198.7
2.85-2.950.3037.225131885199.4
2.95-3.050.2169.275009845199.5
3.05-3.170.17711.274789827199.6
3.17-3.30.13913.414532786199.5
3.3-3.440.10715.924364771199.1
3.44-3.610.08918.563847720198.6
3.61-3.810.0721.693661695198.7
3.81-4.040.06224.043794655199.1
4.04-4.310.05925.683538623198.3
4.31-4.660.0527.483194565197.8
4.66-5.110.05227.562892533196.6
5.11-5.710.05326.122389464195.3
5.71-6.590.05227.482448428196.8
6.59-8.070.04629.22038362196
8.07-11.420.03929.911441282192.5
11.42-52.5310.04230.99885167191.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å62.96 Å
Translation2.5 Å62.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.4.0位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OGI

3ogi


解像度: 2.553→38.05 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / FOM work R set: 0.8083 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2327 1332 10 %Random
Rwork0.1987 ---
obs0.202 13314 97.95 %-
all-13597 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.77 Å2 / Biso mean: 43.4823 Å2 / Biso min: 14.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.553→38.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2160 0 5 31 2196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2252974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.001798
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5526-2.64380.28581280.25161161128996
2.6438-2.74960.27111310.25421174130599
2.7496-2.87470.29661300.22721181131198
2.8747-3.02620.28741350.221912141349100
3.0262-3.21570.29161340.21421203133799
3.2157-3.46380.2271340.20961198133299
3.4638-3.81210.24351340.17871205133998
3.8121-4.36310.18471340.17581202133699
4.3631-5.49440.19211330.18591201133496
5.4944-38.05420.2531390.20291243138295
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.86512.9206-0.7228.1407-1.13253.41640.0935-0.4276-0.35580.2888-0.2223-0.90660.47850.24090.09270.34430.006-0.08030.1768-0.09660.236118.5228-17.3555-9.1469
23.38281.4534-0.01893.1493-0.28251.7034-0.2730.4531-0.4316-0.19250.4522-0.12670.72010.0305-0.13550.4018-0.17250.07210.2906-0.10450.29936.603-20.3333-15.9125
32.45541.2147-0.26585.09861.03972.44110.1117-0.0333-0.08820.2245-0.12140.65510.2774-0.3879-0.00160.2436-0.03480.00560.20230.07650.24869.29724.6038-7.8778
42.8320.6035-0.19612.7457-0.08612.51990.0707-0.1203-0.0391-0.09930.1323-0.3301-0.16260.2191-0.20530.2426-0.0930.01360.18-0.03970.342718.91718.3423-16.2301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 12:69)A12 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 4:95)B4 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 9:69)C9 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 3:94)D3 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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