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万見
- SASDD85: PDZK1 Domain 1-4 (Uncharacterized protein C1orf159) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD85
試料PDZK1 Domain 1-4
  • Uncharacterized protein C1orf159 (protein), Homo sapiens
機能・相同性Protein of unknown function DUF4501 / Domain of unknown function (DUF4501) / membrane => GO:0016020 / Uncharacterized protein C1orf159
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Probing the Architecture of a Multi-PDZ Domain Protein: Structure of PDZK1 in Solution.
著者: Nelly R Hajizadeh / Joanna Pieprzyk / Petr Skopintsev / Ali Flayhan / Dmitri I Svergun / Christian Löw /
要旨: The scaffolding protein PDZK1 has been associated with the regulation of membrane transporters. It contains four conserved PDZ domains, which typically recognize a 3-5-residue long motif at the C ...The scaffolding protein PDZK1 has been associated with the regulation of membrane transporters. It contains four conserved PDZ domains, which typically recognize a 3-5-residue long motif at the C terminus of the binding partner. The atomic structures of the individual domains are available but their spatial arrangement in the full-length context influencing the binding properties remained elusive. Here we report a systematic study of full-length PDZK1 and deletion constructs using small-angle X-ray scattering, complemented with biochemical and functional studies on PDZK1 binding to known membrane protein partners. A hybrid modeling approach utilizing multiple scattering datasets yielded a well-defined, extended, asymmetric L-shaped domain organization of PDZK1 in contrast to a flexible "beads-on-string" model predicted by bioinformatics analysis. The linker regions of PDZK1 appear to play a central role in the arrangement of the four domains underlying the importance of studying scaffolding proteins in their full-length context.
登録者
  • Nelly Hajizadeh (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1863
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.83 / P-value: 0.371417
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1864
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.50 A / カイ2乗値: 1.200
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1885
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.15 / P-value: 0.000007
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: PDZK1 Domain 1-4 / 試料濃度: 0.80-6.40
バッファ名称: 20mM Hepes 150 NaCl 0.5 mM TCEP / pH: 7.5
要素 #1004タイプ: protein / 記述: Uncharacterized protein C1orf159 / 分子量: 53.405 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q5T2W7
配列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSMMTSTFNP RECKLSKQEG QNYGFFLRIE KDTEGHLVRV VEKCSPAEKA GLQDGDRVLR INGVFVDKEE HMQVVDLVRK SGNSVTLLVL DGDSYEKAVK TRVDLKELGQ SQKEQGLSDN ILSPVMNGGV QTWTQPRLCY LVKEGGSYGF ...配列:
MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSMMTSTFNP RECKLSKQEG QNYGFFLRIE KDTEGHLVRV VEKCSPAEKA GLQDGDRVLR INGVFVDKEE HMQVVDLVRK SGNSVTLLVL DGDSYEKAVK TRVDLKELGQ SQKEQGLSDN ILSPVMNGGV QTWTQPRLCY LVKEGGSYGF SLKTVQGKKG VYMTDITPQG VAMRAGVLAD DHLIEVNGEN VEDASHEEVV EKVKKSGSRV MFLLVDKETD KRHVEQKIQF KRETASLKLL PHQPRIVEMK KGSNGYGFYL RAGSEQKGQI IKDIDSGSPA EEAGLKNNDL VVAVNGESVE TLDHDSVVEM IRKGGDQTSL LVVDKETDNM YRLAHFSPFL YYQSQELPNG SVKEAPAPTP TSLEVSSPPD TTEEVDHKPK LCRLAKGENG YGFHLNAIRG LPGSFIKEVQ KGGPADLAGL EDEDVIIEVN GVNVLDEPYE KVVDRIQSSG KNVTLLVCGK KAY

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 4 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: PDZK1 Domain 1-4 / 測定日: 2016年10月28日 / 保管温度: 11 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0279 3.7771
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 956 /
MinMax
Q0.0592187 2.05055
P(R) point1 956
R0 14.98
結果
カーブのタイプ: merged
実験値StandardPorod
分子量50.2 kDa50.2 kDa75 kDa
体積--120.03 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.0435 0.043 -
慣性半径, Rg 4.056 nm3.94 nm0.02

MinMax
D-14.98
Guinier point16 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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