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- PDB-1p35: CRYSTAL STRUCTURE OF BACULOVIRUS P35 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p35
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BACULOVIRUS P35
要素P35
キーワードAPOPTOSIS / P35 / CELL DEATH / BACULOVIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Baculovirus p35 / Baculovirus p35 / Baculovirus p35, apoptosis preventing protein / Baculovirus p35 superfamily / Apoptosis preventing protein / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Early 35 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fisher, A.J. / Delacruz, W.P. / Zoog, S.J. / Schneider, C.L. / Friesen, P.D.
引用ジャーナル: EMBO J. / : 1999
タイトル: Crystal structure of baculovirus P35: role of a novel reactive site loop in apoptotic caspase inhibition.
著者: Fisher, A.J. / Cruz, W. / Zoog, S.J. / Schneider, C.L. / Friesen, P.D.
履歴
登録1998年9月18日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P35
B: P35
C: P35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,9129
ポリマ-104,4413
非ポリマー4716
4,810267
1
A: P35
C: P35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9416
ポリマ-69,6272
非ポリマー3144
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: P35
ヘテロ分子

B: P35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9416
ポリマ-69,6272
非ポリマー3144
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)114.580, 130.110, 181.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 P35


分子量: 34813.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
: Nucleopolyhedrovirus / プラスミド: BACULOVIRUS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08160
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 49 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: or batch
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-10 mg/mlprotein1drop
21.5-2.0 M1reservoirNa+/K+PO4
3100 mM1reservoirNaCl
41 %ethylene glycol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 66995 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 41.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 14.1
反射
*PLUS
Num. obs: 66997 / Num. measured all: 324073

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high rms absF: 3350183.46 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 3398 5.1 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 66995 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.16 Å20 Å20 Å2
2--1.91 Å20 Å2
3---7.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7244 0 12 267 7523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it7.831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it13.412.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 551 5.1 %
Rwork0.292 10165 -
obs--94.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 66997 / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.04
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.11
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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