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-基本情報
登録情報 | データベース: SASBDB / ID: SASDBZ6 |
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試料 | Draxin
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 commissural neuron differentiation in spinal cord / dorsal spinal cord development / anterior commissure morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / hippocampal neuron apoptotic process / negative regulation of axon extension / forebrain development / axon guidance / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway ...commissural neuron differentiation in spinal cord / dorsal spinal cord development / anterior commissure morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / hippocampal neuron apoptotic process / negative regulation of axon extension / forebrain development / axon guidance / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / molecular adaptor activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 |
生物種 | Homo sapiens (ヒト) |
引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2018 タイトル: Structural Basis for Draxin-Modulated Axon Guidance and Fasciculation by Netrin-1 through DCC. 著者: Ying Liu / Tuhin Bhowmick / Yiqiong Liu / Xuefan Gao / Haydyn D T Mertens / Dmitri I Svergun / Junyu Xiao / Yan Zhang / Jia-Huai Wang / Rob Meijers / 要旨: Axon guidance involves the spatiotemporal interplay between guidance cues and membrane-bound cell-surface receptors, present on the growth cone of the axon. Netrin-1 is a prototypical guidance cue ...Axon guidance involves the spatiotemporal interplay between guidance cues and membrane-bound cell-surface receptors, present on the growth cone of the axon. Netrin-1 is a prototypical guidance cue that binds to deleted in colorectal cancer (DCC), and it has been proposed that the guidance cue Draxin modulates this interaction. Here, we present structural snapshots of Draxin/DCC and Draxin/Netrin-1 complexes, revealing a triangular relationship that affects Netrin-mediated haptotaxis and fasciculation. Draxin interacts with DCC through the N-terminal four immunoglobulin domains, and Netrin-1 through the EGF-3 domain, in the same region where DCC binds. Netrin-1 and DCC bind to adjacent sites on Draxin, which appears to capture Netrin-1 and tether it to the DCC receptor. We propose the conformational flexibility of the single-pass membrane receptor DCC is used to promote fasciculation and regulate axon guidance through concerted Netrin-1/Draxin binding. VIDEO ABSTRACT. |
登録者 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-モデル
モデル #1747 | タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: ensemble conformer / カイ2乗値: 1.055 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
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モデル #1748 | タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: ensemble conformer / カイ2乗値: 1.055 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
モデル #1749 | タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: ensemble conformer / カイ2乗値: 1.055 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
モデル #1750 | タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: ensemble conformer / カイ2乗値: 1.055 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
モデル #1751 | タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: ensemble conformer / カイ2乗値: 1.055 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
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-試料
試料 | 名称: Draxin / 試料濃度: 0.30-1.20 |
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バッファ | 名称: 20 mM HEPES 150 mM NaCl / pH: 7.5 / 組成: 150 mM NaCl |
要素 #431 | 名称: Draxin / タイプ: protein / 記述: Draxin / 分子量: 44.5 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q8NBI3 配列: MAGPAIHTAP MLFLVLLLPL ELSLAGALAP GTPARNLPEN HIDLPGPALW TPQASHHRRR GPGKKEWGPG LPSQAQDGAV VTATRQASRL PEAEGLLPEQ SPAGLLQDKD LLLGLALPYP EKENRPPGWE RTRKRSREHK RRRDRLRLHQ GRALVRGPSS LMKKAELSEA ...配列: MAGPAIHTAP MLFLVLLLPL ELSLAGALAP GTPARNLPEN HIDLPGPALW TPQASHHRRR GPGKKEWGPG LPSQAQDGAV VTATRQASRL PEAEGLLPEQ SPAGLLQDKD LLLGLALPYP EKENRPPGWE RTRKRSREHK RRRDRLRLHQ GRALVRGPSS LMKKAELSEA QVLDAAMEES STSLAPTMFF LTTFEAAPAT EESLILPVTS LRPQQAQPRS DGEVMPTLDM ALFDWTDYED LKPDGWPSAK KKEKHRGKLS SDGNETSPAE GEPCDHHQDC LPGTCCDLRE HLCTPHNRGL NNKCFDDCMC VEGLRCYAKF HRNRRVTRRK GRCVEPETAN GDQGSFINVG APLEGSENLY FQGSAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEKGAHHHHH HHHH |
-実験情報
ビーム | 設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 1.24 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 名称: Pilatus 2M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
スキャン | タイトル: Draxin / 測定日: 2015年8月19日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
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距離分布関数 P(R) | ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1166 /
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結果 | カーブのタイプ: merged コメント: Chemorepulsive axon guidance protein required for the development of spinal cord and forebrain commissures. Acts as a chemorepulsive guidance protein for commissural axons during ...コメント: Chemorepulsive axon guidance protein required for the development of spinal cord and forebrain commissures. Acts as a chemorepulsive guidance protein for commissural axons during development. Able to inhibit or repel neurite outgrowth from dorsal spinal cord. Inhibits the stabilization of cytosolic beta-catenin (CTNNB1) via its interaction with LRP6, thereby acting as an antagonist of Wnt signaling pathway
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