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万見
- SASDBZ6: Draxin -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBZ6
試料Draxin
  • Draxin (protein), Draxin, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


commissural neuron differentiation in spinal cord / anterior commissure morphogenesis / dorsal spinal cord development / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / hippocampal neuron apoptotic process / negative regulation of axon extension / forebrain development / axon guidance / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / extracellular region
類似検索 - 分子機能
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for Draxin-Modulated Axon Guidance and Fasciculation by Netrin-1 through DCC.
著者: Ying Liu / Tuhin Bhowmick / Yiqiong Liu / Xuefan Gao / Haydyn D T Mertens / Dmitri I Svergun / Junyu Xiao / Yan Zhang / Jia-Huai Wang / Rob Meijers /
要旨: Axon guidance involves the spatiotemporal interplay between guidance cues and membrane-bound cell-surface receptors, present on the growth cone of the axon. Netrin-1 is a prototypical guidance cue ...Axon guidance involves the spatiotemporal interplay between guidance cues and membrane-bound cell-surface receptors, present on the growth cone of the axon. Netrin-1 is a prototypical guidance cue that binds to deleted in colorectal cancer (DCC), and it has been proposed that the guidance cue Draxin modulates this interaction. Here, we present structural snapshots of Draxin/DCC and Draxin/Netrin-1 complexes, revealing a triangular relationship that affects Netrin-mediated haptotaxis and fasciculation. Draxin interacts with DCC through the N-terminal four immunoglobulin domains, and Netrin-1 through the EGF-3 domain, in the same region where DCC binds. Netrin-1 and DCC bind to adjacent sites on Draxin, which appears to capture Netrin-1 and tether it to the DCC receptor. We propose the conformational flexibility of the single-pass membrane receptor DCC is used to promote fasciculation and regulate axon guidance through concerted Netrin-1/Draxin binding. VIDEO ABSTRACT.
登録者
  • Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1747
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: ensemble conformer / カイ2乗値: 1.055
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モデル #1748
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: ensemble conformer / カイ2乗値: 1.055
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モデル #1749
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: ensemble conformer / カイ2乗値: 1.055
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モデル #1750
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: ensemble conformer / カイ2乗値: 1.055
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モデル #1751
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: ensemble conformer / カイ2乗値: 1.055
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モデル #1752
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: ensemble conformer / カイ2乗値: 1.055
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試料

試料名称: Draxin / 試料濃度: 0.30-1.20
バッファ名称: 20 mM HEPES 150 mM NaCl / pH: 7.5 / 組成: 150 mM NaCl
要素 #431名称: Draxin / タイプ: protein / 記述: Draxin / 分子量: 44.5 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q8NBI3
配列: MAGPAIHTAP MLFLVLLLPL ELSLAGALAP GTPARNLPEN HIDLPGPALW TPQASHHRRR GPGKKEWGPG LPSQAQDGAV VTATRQASRL PEAEGLLPEQ SPAGLLQDKD LLLGLALPYP EKENRPPGWE RTRKRSREHK RRRDRLRLHQ GRALVRGPSS LMKKAELSEA ...配列:
MAGPAIHTAP MLFLVLLLPL ELSLAGALAP GTPARNLPEN HIDLPGPALW TPQASHHRRR GPGKKEWGPG LPSQAQDGAV VTATRQASRL PEAEGLLPEQ SPAGLLQDKD LLLGLALPYP EKENRPPGWE RTRKRSREHK RRRDRLRLHQ GRALVRGPSS LMKKAELSEA QVLDAAMEES STSLAPTMFF LTTFEAAPAT EESLILPVTS LRPQQAQPRS DGEVMPTLDM ALFDWTDYED LKPDGWPSAK KKEKHRGKLS SDGNETSPAE GEPCDHHQDC LPGTCCDLRE HLCTPHNRGL NNKCFDDCMC VEGLRCYAKF HRNRRVTRRK GRCVEPETAN GDQGSFINVG APLEGSENLY FQGSAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEKGAHHHHH HHHH

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 1.24 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Draxin / 測定日: 2015年8月19日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.022 4.8204
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1166 /
MinMax
Q0.111917 3.19185
P(R) point1 1166
R0 15
結果
カーブのタイプ: merged
コメント: Chemorepulsive axon guidance protein required for the development of spinal cord and forebrain commissures. Acts as a chemorepulsive guidance protein for commissural axons during ...コメント: Chemorepulsive axon guidance protein required for the development of spinal cord and forebrain commissures. Acts as a chemorepulsive guidance protein for commissural axons during development. Able to inhibit or repel neurite outgrowth from dorsal spinal cord. Inhibits the stabilization of cytosolic beta-catenin (CTNNB1) via its interaction with LRP6, thereby acting as an antagonist of Wnt signaling pathway
実験値StandardStandard errorPorod
分子量44 kDa44 kDa5 51 kDa
体積---87 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.03 0.001 0.032 0.001
慣性半径, Rg 4.43 nm0.1 4.2 nm0.1

MinMaxError
D-15 0.5
Guinier point35 105 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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