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万見
- SASDCQ2: 4Ca2+-calmodulin - Xenopus laevis (Calmodulin, CaM) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCQ2
試料4Ca2+-calmodulin - Xenopus laevis
  • Calmodulinカルモジュリン (protein), CaM, Xenopus laevis
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling receptor binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: 2017 publication guidelines for structural modelling of small-angle scattering data from biomolecules in solution: an update.
著者: Jill Trewhella / Anthony P Duff / Dominique Durand / Frank Gabel / J Mitchell Guss / Wayne A Hendrickson / Greg L Hura / David A Jacques / Nigel M Kirby / Ann H Kwan / Javier Pérez / Lois ...著者: Jill Trewhella / Anthony P Duff / Dominique Durand / Frank Gabel / J Mitchell Guss / Wayne A Hendrickson / Greg L Hura / David A Jacques / Nigel M Kirby / Ann H Kwan / Javier Pérez / Lois Pollack / Timothy M Ryan / Andrej Sali / Dina Schneidman-Duhovny / Torsten Schwede / Dmitri I Svergun / Masaaki Sugiyama / John A Tainer / Patrice Vachette / John Westbrook / Andrew E Whitten /
要旨: In 2012, preliminary guidelines were published addressing sample quality, data acquisition and reduction, presentation of scattering data and validation, and modelling for biomolecular small-angle ...In 2012, preliminary guidelines were published addressing sample quality, data acquisition and reduction, presentation of scattering data and validation, and modelling for biomolecular small-angle scattering (SAS) experiments. Biomolecular SAS has since continued to grow and authors have increasingly adopted the preliminary guidelines. In parallel, integrative/hybrid determination of biomolecular structures is a rapidly growing field that is expanding the scope of structural biology. For SAS to contribute maximally to this field, it is essential to ensure open access to the information required for evaluation of the quality of SAS samples and data, as well as the validity of SAS-based structural models. To this end, the preliminary guidelines for data presentation in a publication are reviewed and updated, and the deposition of data and associated models in a public archive is recommended. These guidelines and recommendations have been prepared in consultation with the members of the International Union of Crystallography (IUCr) Small-Angle Scattering and Journals Commissions, the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) Small-Angle Scattering Validation Task Force and additional experts in the field.
登録者
  • Jill Trewhella (School of Molecular Bioscience, University of Sydney., Sydney, New South Wales 2006, Australia)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1176
タイプ: dummy / ソフトウェア: (on-line) / ダミー原子の半径: 1.80 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 0.844 / P-value: 0.532600
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1177
タイプ: atomic / ソフトウェア: (on-line) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1
コメント: Representative model from 1-state ensemble calculation, flexible residues 77-81
カイ2乗値: 0.840129176626 / P-value: 0.314400
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1178
タイプ: atomic / ソフトウェア: (on-line) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1
コメント: Representative model-0 from 2-state ensemble, flexible residues 77-81
カイ2乗値: 0.790816234359 / P-value: 0.787700
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1179
タイプ: atomic / ソフトウェア: (on-line) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1
コメント: Representative model-1 from 2-state ensemble, flexible residues 77-81
カイ2乗値: 0.790816234359 / P-value: 0.787700
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: 4Ca2+-calmodulin - Xenopus laevis / 試料濃度: 0.74-1.10
バッファ名称: 25 mM MOPS, 250 mM NaCl, 50 mM KCl, 2 mM TCEP, 0.1% NaN3
pH: 7.5
コメント: 2 mM TCEP and 0.1% (.01538 M) NaN3 used for radiation protection
要素 #614名称: CaM / タイプ: protein / 記述: Calmodulinカルモジュリン / 分子量: 16.706 / 分子数: 1 / 由来: Xenopus laevis / 参照: UniProt: P62155
配列:
ADQLTEEQIA EFKEAFSLFD KDGDGTITTK ELGTVMRSLG QNPTEAELQD MINEVDADGN GTIDFPEFLT MMARKMKDTD SEEEIREAFR VFDKDGNGYI SAAELRHVMT NLGEKLTDEE VDEMIREADI DGDGQVNYEE FVQMMTAK

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.10332 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.683 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: 4Ca2+-calmodulin - Xenopus laevis / 測定日: 2017年3月9日 / セル温度: 22 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 24 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0066 0.3104
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 390 /
MinMax
Q0.00740724 0.310411
P(R) point1 390
R0 72.2
結果
カーブのタイプ: other
実験値StandardPorod
分子量16.842 kDa22.003 kDa16.8 kDa
体積--25.2 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.02667 0.0003 0.027 2.5E-5
慣性半径, Rg 2.219 nm0.003 2.174 nm0.006

MinMax
D-7.22
Guinier point2 69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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