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- PDB-9ynd: Motor domain of human dynein-1 in pre-power stroke bound to dynac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ynd
タイトルMotor domain of human dynein-1 in pre-power stroke bound to dynactin-p150glued-CC1B and LIS1
要素
  • (Cytoplasmic dynein 1 ...) x 2
  • Dynactin subunit 1
  • Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta
キーワードMOTOR PROTEIN / Dynein-1 / Lis1 / p150glued
機能・相同性
機能・相同性情報


cell cortex region / microtubule cytoskeleton organization involved in establishment of planar polarity / ameboidal-type cell migration / establishment of planar polarity of embryonic epithelium / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase complex / corpus callosum morphogenesis / centriolar subdistal appendage / maintenance of centrosome location / positive regulation of neuromuscular junction development / centriole-centriole cohesion ...cell cortex region / microtubule cytoskeleton organization involved in establishment of planar polarity / ameboidal-type cell migration / establishment of planar polarity of embryonic epithelium / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase complex / corpus callosum morphogenesis / centriolar subdistal appendage / maintenance of centrosome location / positive regulation of neuromuscular junction development / centriole-centriole cohesion / platelet activating factor metabolic process / transport along microtubule / radial glia-guided pyramidal neuron migration / acrosome assembly / central region of growth cone / microtubule anchoring at centrosome / cerebral cortex neuron differentiation / establishment of centrosome localization / microtubule sliding / dynein light chain binding / maintenance of synapse structure / ventral spinal cord development / dynein heavy chain binding / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of embryonic development / microtubule organizing center organization / interneuron migration / layer formation in cerebral cortex / microtubule plus-end / auditory receptor cell development / astral microtubule / nuclear membrane disassembly / cortical microtubule organization / positive regulation of intracellular transport / XBP1(S) activates chaperone genes / positive regulation of microtubule nucleation / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / myeloid leukocyte migration / reelin-mediated signaling pathway / regulation of metaphase plate congression / positive regulation of spindle assembly / melanosome transport / establishment of spindle localization / osteoclast development / stereocilium / microtubule plus-end binding / non-motile cilium assembly / brain morphogenesis / vesicle transport along microtubule / dynein complex / retrograde transport, endosome to Golgi / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / kinesin complex / retrograde axonal transport / P-body assembly / microtubule motor activity / negative regulation of JNK cascade / microtubule associated complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / motile cilium / neuromuscular process controlling balance / microtubule-based movement / stem cell division / neuromuscular process / nuclear migration / neuromuscular junction development / germ cell development / cell leading edge / motor behavior / dynein intermediate chain binding / dynein complex binding / transmission of nerve impulse / dynactin binding / establishment of mitotic spindle orientation / protein secretion / cochlea development / neuroblast proliferation / positive regulation of axon extension / microtubule-based process / intercellular bridge / lipid catabolic process / COPI-mediated anterograde transport / phospholipase binding / cytoplasmic microtubule / JNK cascade / cytoplasmic microtubule organization / axon cytoplasm / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / neuron projection maintenance / positive regulation of microtubule polymerization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / centriole / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / MHC class II antigen presentation / Mitotic Prometaphase / positive regulation of mitotic cell cycle / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes
類似検索 - 分子機能
: / : / PAC1 LisH domain / Dynein associated protein / Dynein associated protein / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 1/2 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Dynein regulator LIS1 / LIS1, N-terminal / CAP-Gly domain signature. ...: / : / PAC1 LisH domain / Dynein associated protein / Dynein associated protein / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 1/2 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Dynein regulator LIS1 / LIS1, N-terminal / CAP-Gly domain signature. / : / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Dynactin subunit 1 / Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.26 Å
データ登録者Yang, J. / Rao, Q. / Chai, P. / Zhang, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM142959 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Motor domain of human dynein-1 in pre-power stroke bound to dynactin-p150glued-CC1B and LIS1
著者: Rao, Q. / Yang, J. / Chai, P. / Zhang, K.
履歴
登録2025年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1
B: Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta
C: Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta
D: Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta
E: Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta
F: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
G: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
H: Dynactin subunit 1
I: Dynactin subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,148,88415
ポリマ－1,147,0479
非ポリマー1,8376
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Cytoplasmic dynein 1 ... , 2種, 3分子 AFG

#1: タンパク質 Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 / Cytoplasmic dynein heavy chain 1 / Dynein heavy chain / cytosolic


分子量: 533083.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: DYNC1H1, DHC1, DNCH1, DNCL, DNECL, DYHC, KIAA0325
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14204
#3: タンパク質 Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Cytoplasmic dynein intermediate chain 2 / Dynein intermediate chain 2 / cytosolic / DH IC-2


分子量: 71546.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYNC1I2, DNCI2, DNCIC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13409

-
タンパク質 , 2種, 6分子 BCDEHI

#2: タンパク質
Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta / Lissencephaly-1 protein / LIS-1 / PAF acetylhydrolase 45 kDa subunit / PAF-AH 45 kDa subunit / PAF- ...Lissencephaly-1 protein / LIS-1 / PAF acetylhydrolase 45 kDa subunit / PAF-AH 45 kDa subunit / PAF-AH alpha / PAFAH alpha


分子量: 46709.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAFAH1B1, LIS1, MDCR, MDS, PAFAHA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43034
#4: タンパク質 Dynactin subunit 1 / 150 kDa dynein-associated polypeptide / DAP-150 / DP-150 / p135 / p150-glued


分子量: 142015.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCTN1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14203

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非ポリマー , 3種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Motor domain of human dynein-1 in pre-power stroke bound to dynactin-p150glued-CC1B and LIS1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.2
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 倍率（補正後）: 45000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
8PHENIXモデル精密化
13PHENIX３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37109 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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