EMDB-47061: Consensus map of dynein-dynactin on microtubules

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-47061

タイトル

Consensus map of dynein-dynactin on microtubules

マップデータ

Consensus map of dynein-dynactin bound to microtubules

試料

複合体: dynein-dynactin on microtubules

キーワード

dynein / dynactin / microtubule / MOTOR PROTEIN

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å

データ登録者

Rao Q / Chai P / Zhang K

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of dynein-dynactin on microtubules
著者: Rao Q / Zhang K

履歴

登録	2024年9月18日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年9月24日	-
マップ公開	2025年9月24日	-
更新	2025年9月24日	-
現状	2025年9月24日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_47061.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_47061.map.gz	245.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-47061-v30.xml emd-47061.xml	14.3 KB 14.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_47061_fsc.xml	17.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_47061.png	40.4 KB
マスクデータ	emd_47061_msk_1.map	512 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-47061.cif.gz	3.8 KB
その他	emd_47061_half_map_1.map.gz emd_47061_half_map_2.map.gz	474.4 MB 474.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-47061 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-47061	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_47061_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_47061_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	emd_47061_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	emd_47061_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-47061 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-47061	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	46845C 46846C 46847C 46848C 46849C 9dgrC 9dgsC 9dgtC 9dguC 9dgvC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_47061.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Consensus map of dynein-dynactin bound to microtubules

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.65 Å/pix. x 512 pix. = 844.8 Å	1.65 Å/pix. x 512 pix. = 844.8 Å	1.65 Å/pix. x 512 pix. = 844.8 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.65 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.05
最小 - 最大	-0.112846926 - 0.3212458
平均 (標準偏差)	-0.004204205 (±0.015061188)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_47061_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half

ファイル

emd_47061_half_map_1.map

注釈

half

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half

ファイル

emd_47061_half_map_2.map

注釈

half

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : dynein-dynactin on microtubules

全体	名称: dynein-dynactin on microtubules
要素	複合体: dynein-dynactin on microtubules

-
超分子 #1: dynein-dynactin on microtubules

超分子	名称: dynein-dynactin on microtubules / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量	理論値: 5 MDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.2
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	最大デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16372
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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