PDB-9ya3: Cryo-EM structure of the apical region of subpellicular microtubu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ya3

タイトル

Cryo-EM structure of the apical region of subpellicular microtubule (SPMT) from Toxoplasma gondii (8-nm repeat)

要素

Microtubule associated protein SPM1
TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130
TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380
TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760
TRXL1, TGME49_232410
TRXL2, TGME49_225790
Tubulin alpha chain
Tubulin beta chain

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Tubulin / Microtubule / Microtubule Inner Protein / Microtubule-associated Protein / Toxoplasma gondii / conoid / conoid fiber / subpellicular microtubule / SPMT

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / microtubule-based process / negative regulation of protein ubiquitination / structural constituent of cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Zeng, J. / Zhang, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Atomic models of the Toxoplasma cell invasion machinery
著者: Zeng, J. / Fu, Y. / Qian, P. / Niu, Q. / Beatty, W.L. / Brown, A. / Sibley, L.D. / Zhang, R.

履歴

登録	2025年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ya3.cif.gz	5.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ya3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ya3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9ya3_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ya3_full_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示
XML形式データ	9ya3_validation.xml.gz	696 KB	表示
CIF形式データ	9ya3_validation.cif.gz	1.1 MB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/9ya3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/9ya3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	72719MC 72716C 72717C 72718C 9ya0C 9ya1C 9ya2C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (19) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (17) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (17)

登録構造単位

0: Microtubule associated protein SPM1

1: Microtubule associated protein SPM1

10: Microtubule associated protein SPM1

11: Microtubule associated protein SPM1

12: Microtubule associated protein SPM1

13: Microtubule associated protein SPM1

14: Microtubule associated protein SPM1

15: Microtubule associated protein SPM1

16: Microtubule associated protein SPM1

17: Microtubule associated protein SPM1

18: Microtubule associated protein SPM1

19: Microtubule associated protein SPM1

2: Microtubule associated protein SPM1

22: Microtubule associated protein SPM1

23: Microtubule associated protein SPM1

3: Microtubule associated protein SPM1

4: Microtubule associated protein SPM1

5: Microtubule associated protein SPM1

6: Microtubule associated protein SPM1

7: Microtubule associated protein SPM1

8: Microtubule associated protein SPM1

9: Microtubule associated protein SPM1

A: TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380

A0: Tubulin alpha chain

A1: Tubulin beta chain

A2: Tubulin alpha chain

A3: Tubulin beta chain

A4: Tubulin alpha chain

A5: Tubulin beta chain

A6: Tubulin alpha chain

A7: Tubulin beta chain

A8: Tubulin alpha chain

A9: Tubulin beta chain

B: TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380

B0: Tubulin alpha chain

B1: Tubulin beta chain

B2: Tubulin alpha chain

B3: Tubulin beta chain

B4: Tubulin alpha chain

B5: Tubulin beta chain

B6: Tubulin alpha chain

B7: Tubulin beta chain

B8: Tubulin alpha chain

B9: Tubulin beta chain

C: TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380

C0: Tubulin alpha chain

C1: Tubulin beta chain

C2: Tubulin alpha chain

C3: Tubulin beta chain

C4: Tubulin alpha chain

C5: Tubulin beta chain

C6: Tubulin alpha chain

C7: Tubulin beta chain

C8: Tubulin alpha chain

C9: Tubulin beta chain

D0: Tubulin alpha chain

D1: Tubulin beta chain

D2: Tubulin alpha chain

D3: Tubulin beta chain

D4: Tubulin alpha chain

D5: Tubulin beta chain

D6: Tubulin alpha chain

D7: Tubulin beta chain

D8: Tubulin alpha chain

D9: Tubulin beta chain

E: TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760

E0: Tubulin alpha chain

E1: Tubulin beta chain

E2: Tubulin alpha chain

E3: Tubulin beta chain

E4: Tubulin alpha chain

E5: Tubulin beta chain

E6: Tubulin alpha chain

E7: Tubulin beta chain

E8: Tubulin alpha chain

E9: Tubulin beta chain

F: TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760

F0: Tubulin alpha chain

F1: Tubulin beta chain

G: TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760

H: TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130

I: TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130

J: TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130

K: TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130

a: TRXL1, TGME49_232410

b: TRXL1, TGME49_232410

c: TRXL1, TGME49_232410

d: TRXL1, TGME49_232410

e: TRXL1, TGME49_232410

f: TRXL1, TGME49_232410

g: TRXL1, TGME49_232410

h: TRXL1, TGME49_232410

i: TRXL1, TGME49_232410

j: TRXL1, TGME49_232410

k: TRXL2, TGME49_225790

l: TRXL2, TGME49_225790

m: TRXL1, TGME49_232410

n: TRXL1, TGME49_232410

o: TRXL1, TGME49_232410

p: TRXL1, TGME49_232410

q: TRXL1, TGME49_232410

r: TRXL1, TGME49_232410

s: TRXL1, TGME49_232410

t: TRXL1, TGME49_232410

u: TRXL1, TGME49_232410

v: TRXL1, TGME49_232410

w: TRXL1, TGME49_232410

x: TRXL1, TGME49_232410

ヘテロ分子

4.58 MDa, 108 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
タンパク質 , 8種, 108分子 0110111213141516171819222233456789ABCA0A2A4A6A8...

#1: タンパク質	... Microtubule associated protein SPM1 分子量: 38845.750 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K285
#2: タンパク質	TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380 分子量: 65286.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A151H4L4
#3: タンパク質	... Tubulin alpha chain / Alpha-tubulin / alpha tubulin TUBA1 / TGME49_316400 分子量: 50166.645 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: P10873
#4: タンパク質	... Tubulin beta chain / beta tubulin / TGME49_266960 分子量: 50119.121 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: I7BFC9
#5: タンパク質	TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760 分子量: 37360.230 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K913
#6: タンパク質	TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130 分子量: 47924.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YLA3
#7: タンパク質	... TRXL1, TGME49_232410 / PDI family protein / Putative PDI-like protein 分子量: 24939.332 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: Q8MPF4
#8: タンパク質	TRXL2, TGME49_225790 / PDI family protein / TrxL2 分子量: 21687.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K232

-
非ポリマー , 3種, 78分子

#9: 化合物	... ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	... ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.180 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 25000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 5000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	cryoSPARC	粒子像選択
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 225207 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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