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- PDB-9xia: X-RAY ANALYSIS OF D-XYLOSE ISOMERASE AT 1.9 ANGSTROMS: NATIVE ENZ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9xia
タイトルX-RAY ANALYSIS OF D-XYLOSE ISOMERASE AT 1.9 ANGSTROMS: NATIVE ENZYME IN COMPLEX WITH SUBSTRATE AND WITH A MECHANISM-DESIGNED INACTIVATOR
要素XYLOSE ISOMERASE
キーワードISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-3-methyl-beta-D-fructofuranose / : / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Carrell, H.L. / Glusker, J.P.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1989
タイトル: X-ray analysis of D-xylose isomerase at 1.9 A: native enzyme in complex with substrate and with a mechanism-designed inactivator.
著者: Carrell, H.L. / Glusker, J.P. / Burger, V. / Manfre, F. / Tritsch, D. / Biellmann, J.F.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1987
タイトル: Comparison of Backbone Structures of Glucose Isomerase from Streptomyces and Arthrobacter
著者: Henrick, K. / Blow, D.M. / Carrell, H.L. / Glusker, J.P.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1984
タイトル: X-Ray Crystal Structure of D-Xylose Isomerase at 4-Angstroms Resolution
著者: Carrell, H.L. / Rubin, B.H. / Hurley, T.J. / Glusker, J.P.
履歴
登録1990年10月11日処理サイト: BNL
改定 1.01991年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET THE STRUCTURE OF THE MONOMER IS AN EIGHT-FOLD ALPHA-BETA BARREL WITH AN EXTENDED C-TERMINAL ...SHEET THE STRUCTURE OF THE MONOMER IS AN EIGHT-FOLD ALPHA-BETA BARREL WITH AN EXTENDED C-TERMINAL LOOP WHICH FACILITATES AGGREGATION OF MONOMERS TO TETRAMERS. TETRAMERS ARE POSITIONED ON THE 222 SYMMETRY SITE AT THE ORIGIN OF THE CELL.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5424
ポリマ－43,2541
非ポリマー2883
水5,386299
1
A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,16916
ポリマ－173,0174
非ポリマー1,15212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area33330 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area46170 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.800, 100.000, 103.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 187 IS A CIS PROLINE.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-483-

HOH

21A-649-

HOH

詳細THE STRUCTURE OF THE MONOMER IS AN EIGHT-FOLD ALPHA-BETA BARREL WITH AN EXTENDED C-TERMINAL LOOP WHICH FACILITATES AGGREGATION OF MONOMERS TO TETRAMERS. TETRAMERS ARE POSITIONED ON THE 222 SYMMETRY SITE AT THE ORIGIN OF THE CELL.

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要素

#1: タンパク質 XYLOSE ISOMERASE


分子量: 43254.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 糖 ChemComp-DFR / 3-deoxy-3-methyl-beta-D-fructofuranose / 3-DEOXY-3-METHYL-D-FRUCTOSE / 3-deoxy-3-methyl-beta-D-fructose / 3-deoxy-3-methyl-fructose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O5
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE AMINO ACID SEQUENCE WAS TAKEN FROM INTERNATIONAL PATENT APPLICATION NUMBER:PCT/US88/02765, ...THE AMINO ACID SEQUENCE WAS TAKEN FROM INTERNATIONAL PATENT APPLICATION NUMBER:PCT/US88/02765, INTERNATIONAL PUBLICATION NUMBER:WO89/01520. IN THIS PATENT RESIDUE 41 IS SPECIFIED AS ARG. HOWEVER, RESIDUE 41 APPEARS TO BE GLN BASED ON THE CRYSTALLOGRAPHIC STUDY. IN THIS ENTRY RESIDUE 41 IS PRESENTED AS GLN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.93 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 mg/mlprotein11
20.76 Mammonium sulfate11
30.01 MPIPES11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 36274 / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 71368 / Biso Wilson estimate: 22 Å2

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.9→8 Å /
Rfactor反射数
obs0.141 30250
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3047 0 14 299 3360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.045
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 30250 / σ(I): 1.5
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 17 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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