PDB-9rgf: Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with follo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rgf

タイトル

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with follow-up compound EOS41783 from ECBL

要素

Genome polyprotein
Serine protease subunit NS2B

キーワード

VIRAL PROTEIN / crystallographic fragment screening / NS2B-NS3 Zika protease / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年11月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2025年12月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rgf.cif.gz	169.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rgf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rgf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/9rgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/9rgf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7iaqC 7iarC 7iasC 7iatC 7iauC 7iavC 7iawC 7iaxC 7iayC 7iazC 7ib0C 7ib1C 7ib2C 7ib3C 7ib4C 7ib5C 7ib6C 7ib7C 7iepC 7ieqC 7ierC 7iesC 7ietC 7ieuC 7ievC 7iewC 7iexC 7ieyC 7iezC 7if0C 7if1C 7if2C 7if3C 7if4C 7if5C 7if6C 7if7C 7if8C 7if9C 7ifaC 7ifbC 7ifcC 7ifdC 7ifeC 7iffC 7ifgC 7ifhC 7ifiC 7ifjC 7ifkC 7iflC 7ifmC 7ifnC 7ifoC 7ifpC 7ifqC 7ifrC 7ifsC 7iftC 7ifuC 7ifvC 7ifwC 7ifxC 7ifyC 7ifzC 7ig0C 7ig1C 7ig2C 7ig3C 7ig4C 7ig5C 7ig6C 7ig7C 7ig8C 7ig9C 7igaC 7igbC 7igcC 7igdC 7igeC 7igfC 7iggC 7ighC 7igiC 7igjC 7igkC 7iglC 7igmC 7ignC 7igoC 7igpC 7igqC 7igrC 7igsC 7igtC 7iguC 7igvC 7igwC 7igxC 7igyC 7igzC 7ih0C 7ih1C 7ih2C 7ih3C 7ih4C 7ih5C 7ih6C 7ih7C 7ih8C 7ih9C 7ihaC 7ihbC 7ihcC 7ihdC 7iheC 7ihfC 7ihgC 7ihhC 7ihiC 7ihjC 7ihkC 7ihlC 7ihmC 7ihnC 7ihoC 7ihpC 7ihqC 7ihrC 7ihsC 7ihtC 7ihuC 7ihvC 7ihwC 7ihxC 7ihyC 7ihzC 7ii0C 7ii1C 7ii2C 7ii3C 7ii4C 7ii5C 7ii6C 7ii7C 7ii8C 7ii9C 7iiaC 7iibC 7iicC 7iidC 7iieC 7iifC 7iigC 7iihC 7iiiC 7iijC 7iikC 7iilC 7iimC 9rfxC 9rg6C 9rgaC 9rggC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (43) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (43) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine protease subunit NS2B

B: Genome polyprotein

C: Serine protease subunit NS2B

D: Genome polyprotein

ヘテロ分子

49.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine protease subunit NS2B

B: Genome polyprotein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Serine protease subunit NS2B

D: Genome polyprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.550, 60.550, 214.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Serine protease subunit NS2B / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Non-structural protein 2B 分子量: 5865.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q32ZE1
#2: タンパク質	Genome polyprotein 分子量: 18877.396 Da / 分子数: 2 / Mutation: C143S, R107K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q32ZE1
#3: 化合物	ChemComp-A1JF3 / ~{N}-[(2~{S})-2-(6,7-dihydro-4~{H}-thieno[3,2-c]pyridin-5-yl)propyl]-5-methyl-furan-2-carboxamide 分子量: 304.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₀N₂O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 24 % (w/v) PEG 2000 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→46.24 Å / Num. obs: 53981 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.27 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_rim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 14.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.7	1.156	1.84	8536	0.721	1.207	100
1.7-1.81	0.65		8068	0.885	0.679
1.81-1.96	0.386		7553	0.954	0.405
1.96-2.15	0.241		6953	0.984	0.251
2.15-2.4	0.16		6329	0.993	0.168
2.4-2.77	0.121		5648	0.996	0.127
2.77-3.39	0.073		4809	0.998	0.076
3.39-4.78	0.049		3810	0.999	0.052
4.78-46.24	0.04		2275	0.999	0.042

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→40.18 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2164	2099	3.89 %
R_work	0.1809	-	-
obs	0.1822	53977	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2911	0	21	200	3132

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3019
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.959	4096
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.573	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	450
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	537

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2942	137	0.2481	3396	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.68	0.2949	137	0.2364	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.72	0.2834	137	0.2356	3384	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.77	0.2425	138	0.2087	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.83	0.2004	138	0.1914	3399	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.9	0.2033	138	0.1814	3408	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.97	0.2176	137	0.1819	3402	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.06	0.2348	139	0.1832	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.17	0.2376	139	0.1831	3450	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.31	0.2104	140	0.1743	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.49	0.2245	139	0.1823	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.74	0.2222	142	0.1985	3501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.13	0.21	141	0.1903	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.94	0.2054	144	0.1665	3558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-40.18	0.1962	153	0.1606	3783	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6469	1.0496	2.5062	7.1426	3.3541	8.0955	0.1096	-0.6177	0.7074	0.3205	-0.1664	-0.829	-0.8429	0.0853	0.2177	0.1908	-0.0275	-0	0.1775	-0.0372	0.2158	20.1091	-8.719	22.7102
2	3.9242	-0.432	-0.557	3.6968	1.2532	2.4729	0.0697	0.0611	0.0485	-0.1216	-0.0153	-0.0989	0.068	0.1231	0.0067	0.1247	-0.0166	-0.0247	0.1331	0.0214	0.1151	24.4204	-19.7906	15.7948
3	5.0696	0.431	-0.2597	2.4788	-1.0267	1.6414	-0.1634	0.3814	0.0594	-0.2289	0.2012	0.3417	0.0596	-0.2306	-0.1481	0.1597	-0.0171	-0.0621	0.2345	0.0532	0.1827	6.5525	-44.3428	29.5457
4	2.0765	0.5623	0.2196	2.2526	-0.09	3.3166	0.2787	-0.3129	0.0055	0.1478	-0.221	-0.4364	-0.1968	0.7645	-0.0658	0.191	-0.0845	-0.0031	0.3351	0.0518	0.2335	28.3739	-36.0903	40.1438
5	1.5626	1.4889	-0.5057	1.4041	-0.4853	0.16	0.0243	0.1279	-0.184	0.0559	0.0453	0.3649	0.1189	-0.2374	-0.078	0.2019	-0.0101	-0.0126	0.235	0.0443	0.294	-1.1222	-49.7565	36.6951
6	2.7266	0.5196	0.6358	2.2255	0.2303	3.9015	0.1376	-0.1345	0.3786	0.1273	-0.1167	0.4841	-0.3953	-0.4334	0.0374	0.1794	0.029	0.0507	0.1961	0.0075	0.2446	4.2843	-39.1841	41.2128
7	5.1319	1.7246	-0.3568	5.4886	0.9903	3.4198	0.4195	0.0398	0.8588	0.1858	0.047	0.8507	-0.3301	-1.0717	-0.3268	0.2973	0.0282	0.116	0.5377	0.0659	0.3694	-1.9036	-40.0061	45.9768
8	1.7647	1.2925	-0.1613	2.623	-0.7067	3.4008	0.118	-0.1973	-0.0138	0.2352	-0.0399	0.0291	-0.0815	-0.2245	-0.0765	0.1626	-0.0229	0.0253	0.2007	0.0235	0.16	9.0306	-44.4662	49.1935
9	2.5801	0.135	-0.8697	1.2643	-0.2146	2.4512	-0.0773	0.1432	-0.1569	-0.1554	-0.0674	-0.1154	0.3105	0.1251	0.1357	0.1216	-0.015	-0.0025	0.1358	0.0025	0.1643	14.0056	-47.4447	32.9827
10	1.8148	1.3822	0.8547	2.7806	1.017	3.0772	-0.2151	0.0447	-0.2078	-0.1065	0.0354	-0.2454	0.0887	0.3922	0.0508	0.1456	0.0407	0.0174	0.2745	0.0598	0.1767	23.1609	-43.376	29.9272
11	2.2248	0.5141	-0.5915	2.5897	0.2061	2.4871	-0.009	0.1211	-0.0744	0.0566	-0.0735	-0.0018	0.1187	0.1781	0.0204	0.1201	0.0027	0.0011	0.1552	0.0323	0.1286	18.634	-42.8616	34.4584
12	3.0806	1.5699	-0.8062	3.8565	-0.3607	2.3786	0.115	-0.1249	-0.1793	0.1663	-0.187	-0.0175	0.013	0.2605	0.1316	0.1171	0.0015	-0.0012	0.1525	0.0258	0.1029	21.0369	-41.2469	37.6031
13	2.2129	0.1895	0.1477	6.6059	4.1787	7.49	-0.0681	0.0406	-0.191	0.0041	0.0539	0.4466	0.0102	-0.4103	-0.0217	0.0788	-0.0151	-0.0007	0.2221	0.0452	0.2568	4.6105	-20.0802	19.0651
14	6.7044	-6.3511	0.7053	6.2271	-1.036	0.7249	-0.6809	-1.4567	-0.169	0.8481	0.9931	0.5216	0.0004	-0.4035	-0.1335	0.2719	0.0258	0.0509	0.5245	-0.044	0.2743	19.8589	-13.3719	32.0944
15	2.8116	-0.8212	0.3743	1.9644	0.0456	4.4664	0.3088	0.1622	-0.1143	-0.1699	-0.1032	-0.3754	0.1677	0.5224	-0.125	0.1952	0.0461	-0.0077	0.2628	0.0249	0.2311	33.7037	-23.8912	13.2711
16	2.5247	-0.8544	-0.6122	2.5512	-0.6838	3.9377	-0.0186	0.0883	-0.1971	0.0611	0.0228	0.2515	0.0857	-0.3302	-0.0355	0.0892	-0.0073	-0.0178	0.142	0.0017	0.1413	8.799	-20.2659	15.1837
17	2.4821	-0.0497	-1.3152	2.4775	-1.0979	3.8874	0.0773	0.1695	-0.1029	-0.0179	0.0032	0.2912	0.1537	-0.7289	-0.0724	0.1999	-0.0214	-0.0597	0.3306	-0.0026	0.2134	5.369	-19.8143	6.5933
18	2.2611	-0.1162	0.9994	0.9732	0.1384	2.0865	-0.0192	0.1458	0.1847	-0.1039	-0.041	-0.0651	-0.1468	0.048	0.0585	0.1513	0.0011	0.0041	0.1642	0.0462	0.1686	19.5896	-12.963	11.2508
19	5.4146	1.9701	-0.2787	4.6883	0.4389	1.3164	0.095	-0.8497	-0.3008	0.378	-0.2029	0.1367	0.1398	0.22	0.0731	0.1583	0.0289	0.0173	0.2507	0.0222	0.1473	15.7459	-19.6697	27.3998
20	3.9563	-1.117	0.0052	2.9079	1.1518	4.6083	0.0083	-0.3901	0.0757	0.0322	0.0191	-0.114	-0.1192	0.2819	0.015	0.1031	-0.0077	-0.0247	0.1547	0.0146	0.1149	28.2631	-17.1801	23.0057
21	1.5634	-0.1666	0.996	1.4914	0.044	0.6474	0.0043	0.0535	0.0376	-0.0844	-0.1065	-0.1775	-0.0544	0.2638	0.0834	0.1547	-0.0163	-0.0009	0.2025	0.054	0.1589	24.8203	-21.7547	18.1666

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 138 through 145 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 146 through 170 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 49 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 69 through 88 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 14 through 26 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 27 through 53 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 54 through 62 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 63 through 79 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 80 through 106 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 107 through 118 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 119 through 155 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 156 through 171 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 50 through 59 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 60 through 69 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 70 through 88 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 18 through 53 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 54 through 71 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 72 through 93 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 94 through 106 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 107 through 118 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 119 through 137 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)