PDB-7ifa: Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ifa

タイトル

Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS103119 from ECBL-96

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / crystallographic fragment screening / Endothiapepsin / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.33 Å

データ登録者

Wollenhaupt, J. / Benz, L.S. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ifa.cif.gz	188.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ifa.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ifa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ifa_validation.pdf.gz	958.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ifa_full_validation.pdf.gz	959.2 KB	表示
XML形式データ	7ifa_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	7ifa_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/7ifa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/7ifa	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002349 (142エントリ) 7iep 7ieq 7ier 7ies 7iet 7ieu 7iev 7iew 7iex 7iey
タイトル	Endothiapepsin vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Endothiapepsin in complex with fragments of the ECBL-96 fragment library. PanDDA analysis including auto-refined models with ligands placed according to PanDDA map, for weak binders event- and z-maps are included in the mmcif and are the determining evidence for the ligands. 2Fo-Fc and Fo-Fc maps will be mostly not useful to consider here. Ground state datasets used in PanDDA analysis are included in the deposition.

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.250, 73.090, 52.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-A1CDN / 4-methoxy-2,3-dihydro-1H-isoindole 分子量: 149.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 29 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M sodium acetate, pH 4.6 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.33→36.54 Å / Num. obs: 73051 / % possible obs: 97.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 248474

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.33-1.41	97	1.402	39650	11662	0.373	1.669	0.78
1.41-1.5	98.1	0.894	37947	11111	0.576	1.062	1.31
1.5-1.63	97.3	0.581	32771	10231	0.745	0.699	2.03
1.63-1.78	99	0.349	34029	9584	0.908	0.411	3.75
1.78-1.99	98.4	0.18	30267	8634	0.971	0.213	7.22
1.99-2.3	96.2	0.113	23891	7478	0.985	0.136	11.31
2.3-2.81	98.9	0.068	23196	6510	0.995	0.08	18.18
2.81-3.97	98.1	0.037	16977	4997	0.997	0.044	29.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.33→36.54 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1974	2100	2.88 %
R_work	0.171	-	-
obs	0.1717	73035	97.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.33→36.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2371	0	28	206	2605

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2538
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.883	3500
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.507	850
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	415
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	447

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.33-1.36	0.3624	135	0.339	4556	X-RAY DIFFRACTION	95
1.36-1.39	0.3193	141	0.3125	4735	X-RAY DIFFRACTION	98
1.39-1.43	0.2912	139	0.2903	4747	X-RAY DIFFRACTION	98
1.43-1.47	0.2948	140	0.2688	4711	X-RAY DIFFRACTION	98
1.47-1.52	0.251	139	0.252	4712	X-RAY DIFFRACTION	98
1.52-1.57	0.257	140	0.2241	4712	X-RAY DIFFRACTION	98
1.57-1.64	0.216	138	0.2039	4684	X-RAY DIFFRACTION	97
1.64-1.71	0.2045	141	0.1772	4757	X-RAY DIFFRACTION	99
1.71-1.8	0.1865	141	0.1595	4772	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8-1.91	0.2021	142	0.1494	4768	X-RAY DIFFRACTION	99
1.91-2.06	0.1811	139	0.1384	4716	X-RAY DIFFRACTION	98
2.06-2.27	0.1609	137	0.1427	4634	X-RAY DIFFRACTION	96
2.27-2.6	0.1772	142	0.1477	4778	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6-3.27	0.1921	142	0.1507	4815	X-RAY DIFFRACTION	99
3.27-36.54	0.1699	144	0.1571	4838	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5576	0.1505	0.172	0.591	0.2536	1.095	-0.0365	-0.092	0.0444	0.0715	-0.0188	0.0432	-0.0309	-0.0833	0.0595	0.179	0.006	-0.0457	0.1634	-0.003	0.1117	30.172	-5.7853	67.9291
2	0.7533	-0.3293	0.3277	0.5099	-0.2362	0.4411	-0.0088	0.0093	0.0256	-0.0053	-0.0316	-0.0754	-0.0194	0.0157	0.0446	0.156	-0.0069	-0.0394	0.1322	0.0019	0.1029	32.91	3.9306	46.5766

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 143 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 144 through 330 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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