PDB-7ies: Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ies

タイトル

Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS103099 from ECBL-96

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / crystallographic fragment screening / Endothiapepsin / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.09 Å

データ登録者

Wollenhaupt, J. / Benz, L.S. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ies.cif.gz	193 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ies.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ies.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/7ies ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/7ies	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002349 (142エントリ) 7iep 7ieq 7ier 7ies 7iet 7ieu 7iev 7iew 7iex 7iey
タイトル	Endothiapepsin vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Endothiapepsin in complex with fragments of the ECBL-96 fragment library. PanDDA analysis including auto-refined models with ligands placed according to PanDDA map, for weak binders event- and z-maps are included in the mmcif and are the determining evidence for the ligands. 2Fo-Fc and Fo-Fc maps will be mostly not useful to consider here. Ground state datasets used in PanDDA analysis are included in the deposition.

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.280, 72.780, 52.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-A1CDX / 2-[(1S)-2,2-difluorocyclopentyl]ethan-1-amine 分子量: 149.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₃F₂N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 29 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M sodium acetate, pH 4.6 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.09→29.34 Å / Num. obs: 131061 / % possible obs: 97.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 9.38 / Num. measured all: 432819

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.09-1.16	96.2	1.283	62396	20795	0.424	1.563	0.76
1.16-1.24	97.9	0.855	64861	19834	0.594	1.024	1.28
1.24-1.33	97.8	0.619	59291	18498	0.701	0.745	1.77
1.33-1.46	98.7	0.368	59370	17230	0.88	0.436	3.19
1.46-1.63	98	0.199	50885	15417	0.956	0.238	5.71
1.63-1.89	98.8	0.098	48946	13764	0.991	0.115	11.75
1.89-2.31	97.3	0.048	37953	11473	0.997	0.057	23.03
2.31-3.26	99	0.029	32201	9061	0.999	0.035	36.57

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.09→29.34 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1814	2100	1.6 %
R_work	0.157	-	-
obs	0.1574	131041	97.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.09→29.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2372	0	44	288	2704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2550
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.873	3509
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.979	855
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	415
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	447

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.09-1.11	0.362	135	0.3426	8302	X-RAY DIFFRACTION	95
1.11-1.14	0.3151	138	0.3211	8465	X-RAY DIFFRACTION	97
1.14-1.17	0.3176	140	0.2901	8598	X-RAY DIFFRACTION	98
1.17-1.21	0.2908	139	0.2651	8549	X-RAY DIFFRACTION	98
1.21-1.25	0.2918	140	0.2573	8603	X-RAY DIFFRACTION	98
1.25-1.29	0.2551	139	0.2419	8542	X-RAY DIFFRACTION	98
1.29-1.34	0.2335	140	0.2206	8595	X-RAY DIFFRACTION	98
1.34-1.4	0.2082	142	0.1919	8679	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4-1.48	0.1932	140	0.1699	8628	X-RAY DIFFRACTION	98
1.48-1.57	0.1479	141	0.1429	8641	X-RAY DIFFRACTION	98
1.57-1.69	0.1316	140	0.1303	8620	X-RAY DIFFRACTION	98
1.69-1.86	0.1488	141	0.1199	8671	X-RAY DIFFRACTION	99
1.86-2.13	0.1192	140	0.1134	8602	X-RAY DIFFRACTION	98
2.13-2.69	0.1427	142	0.1227	8676	X-RAY DIFFRACTION	98
2.69-29.34	0.189	143	0.1402	8770	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2957	-0.0171	0.0069	0.5064	0.0759	1.048	-0.0225	-0.0513	0.0303	0.0481	-0.0104	0.0063	-0.0008	-0.0446	0.0259	0.1067	0.0031	-0.0496	0.0995	-0.0025	0.1098	33.4445	-5.9249	64.1465
2	1.0233	-0.1289	0.2995	0.5545	-0.1177	0.4493	-0.0148	-0.0011	0.041	-0.0008	-0.0252	-0.0598	-0.0294	-0.0119	0.0367	0.1106	0.0005	-0.0362	0.083	0.0009	0.0966	30.2989	6.9795	44.6321

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 183 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 184 through 330 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)