PDB-7ieq: Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ieq

タイトル

Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS102793 from ECBL-96

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / crystallographic fragment screening / Endothiapepsin / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.08 Å

データ登録者

Wollenhaupt, J. / Benz, L.S. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ieq.cif.gz	192.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ieq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ieq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ieq_validation.pdf.gz	1001.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ieq_full_validation.pdf.gz	1001.8 KB	表示
XML形式データ	7ieq_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	7ieq_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/7ieq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/7ieq	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002349 (142エントリ) 7iep 7ieq 7ier 7ies 7iet 7ieu 7iev 7iew 7iex 7iey
タイトル	Endothiapepsin vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Endothiapepsin in complex with fragments of the ECBL-96 fragment library. PanDDA analysis including auto-refined models with ligands placed according to PanDDA map, for weak binders event- and z-maps are included in the mmcif and are the determining evidence for the ligands. 2Fo-Fc and Fo-Fc maps will be mostly not useful to consider here. Ground state datasets used in PanDDA analysis are included in the deposition.

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.280, 73.080, 52.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.57, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-A1CFC / 1-{4-[(R)-methanesulfinyl]phenyl}methanamine 分子量: 169.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 29 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M sodium acetate, pH 4.6 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.08→28.03 Å / Num. obs: 134361 / % possible obs: 97.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 9.02 / Num. measured all: 444431

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.08-1.14	93.6	1.106	63408	20897	0.41	1.344	0.88
1.14-1.22	96.9	0.67	66746	20283	0.639	0.8	1.59
1.22-1.32	97.3	0.496	60700	18994	0.708	0.598	2.15
1.32-1.45	98.4	0.301	60935	17644	0.905	0.357	3.75
1.45-1.62	98	0.162	52423	15982	0.968	0.194	6.66
1.62-1.87	99	0.087	50282	14197	0.991	0.103	12.8
1.87-2.29	97.6	0.048	39193	11900	0.996	0.057	22.38
2.29-3.23	98.7	0.035	33194	9287	0.998	0.04	31.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.08→28.03 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1679	2101	1.56 %
R_work	0.1544	-	-
obs	0.1546	134352	97.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.08→28.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2376	0	35	306	2717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2546
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.901	3495
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.457	844
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	411
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	446

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.08-1.1	0.3274	133	0.318	8347	X-RAY DIFFRACTION	92
1.1-1.13	0.2917	135	0.2931	8527	X-RAY DIFFRACTION	95
1.13-1.16	0.2658	138	0.2617	8673	X-RAY DIFFRACTION	96
1.16-1.2	0.2538	139	0.2454	8767	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2-1.24	0.262	140	0.2326	8788	X-RAY DIFFRACTION	97
1.24-1.28	0.2618	140	0.218	8790	X-RAY DIFFRACTION	98
1.28-1.33	0.2049	140	0.2016	8826	X-RAY DIFFRACTION	97
1.33-1.39	0.2119	141	0.1779	8892	X-RAY DIFFRACTION	99
1.39-1.46	0.1665	142	0.1611	8946	X-RAY DIFFRACTION	98
1.47-1.56	0.1331	141	0.1443	8897	X-RAY DIFFRACTION	99
1.56-1.68	0.1334	141	0.1319	8897	X-RAY DIFFRACTION	98
1.68-1.85	0.1628	143	0.1239	8964	X-RAY DIFFRACTION	99
1.85-2.11	0.1241	142	0.1153	8969	X-RAY DIFFRACTION	99
2.11-2.66	0.1419	141	0.1252	8899	X-RAY DIFFRACTION	98
2.66-28.03	0.1546	145	0.1434	9069	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3997	-0.0225	0.1334	0.5607	0.1649	0.9927	-0.0301	-0.0636	0.0101	0.0586	-0.0039	0.0317	-0.003	-0.0775	0.0357	0.0756	-0.0001	-0.0021	0.1181	-0.0012	0.0944	29.98	-5.7934	67.7106
2	0.2175	-0.129	-0.0357	0.9577	-0.5489	1.0412	-0.0028	-0.0012	0.0233	0.0023	-0.0331	-0.0929	0.0087	0.0647	0.0375	0.0537	0.0006	-0.0034	0.1174	0.007	0.1254	41.8985	-1.2504	51.4591
3	1.4429	-0.1698	0.4643	0.6509	-0.1529	0.5825	-0.0185	-0.0012	0.022	-0.0082	-0.0228	-0.0564	-0.0232	-0.0114	0.0429	0.0671	0.0002	0.0049	0.0858	-0.0003	0.0758	27.9737	6.5174	43.7789

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 143 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 144 through 204 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 205 through 330 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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