PDB-7iaz: Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7iaz

タイトル

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragment EOS103092 from ECBL-96

要素

NS2B co-factor
NS3 protease

キーワード

VIRAL PROTEIN / crystallographic fragment screening / NS2B-NS3 Zika protease / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / molecular adaptor activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7iaz.cif.gz	223.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7iaz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7iaz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7iaz_validation.pdf.gz	736.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7iaz_full_validation.pdf.gz	739 KB	表示
XML形式データ	7iaz_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	7iaz_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/7iaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/7iaz	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002347 (18エントリ) 7iaq 7iar 7ias 7iat 7iau 7iav 7iaw 7iax 7iay 7iaz
タイトル	Zika NS2B-NS3 protease vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragments from the ECBL-96 Library.

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (41) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (41)

登録構造単位

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

ヘテロ分子

49.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.620, 60.620, 215.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	NS2B co-factor 分子量: 5865.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#2: タンパク質	NS3 protease 分子量: 18877.396 Da / 分子数: 2 / Mutation: C143S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#3: 化合物	ChemComp-A1CDV / 2-amino-5-bromopyridine-3-carboxamide 分子量: 216.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆BrN₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 24 % (w/v) PEG 2000 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.63→46.31 Å / Num. obs: 51249 / % possible obs: 99.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 14.21 / Num. measured all: 567615

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.63-1.73		99.6	1.018	86365	8093	0.606	1.07	1.95
1.73-1.85		100	0.597	90376	7633	0.847	0.624	3.53
1.85-2		100	0.36	84121	7168	0.951	0.376	6.11
2-2.19		100	0.23	72253	6606	0.973	0.242	10.06
2.19-2.44		100	0.153	71269	6011	0.989	0.16	16.43
2.44-2.82		100	0.114	61016	5354	0.994	0.119	21.86
2.82-3.45		100	0.077	45822	4574	0.997	0.081	30.61
3.45-4.87		100	0.062	36573	3637	0.998	0.066	38.25
	4.87	99.7	0.054	19820	2173	0.998	0.057	36.91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.63→46.31 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2467	2101	4.1 %
R_work	0.2175	-	-
obs	0.2187	51248	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→46.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2898	0	11	76	2985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2994
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.143	4062
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.54	424
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	531

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.67	0.3569	135	0.3289	3156	X-RAY DIFFRACTION	99
1.67-1.71	0.3001	138	0.3006	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.76	0.3047	137	0.2738	3219	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.81	0.2755	137	0.259	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.87	0.3122	139	0.2487	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.93	0.289	137	0.2344	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.01	0.2571	139	0.2362	3239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.1	0.277	139	0.2458	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.21	0.2552	139	0.2251	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.35	0.235	139	0.2253	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.53	0.2969	141	0.2288	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.79	0.2786	140	0.2305	3291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-3.19	0.2442	143	0.2196	3338	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-4.02	0.2216	144	0.1885	3379	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-46.31	0.1862	154	0.1775	3587	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9449	1.2689	-0.3005	3.7176	-0.2936	2.4795	0.0852	0.0069	-0.0663	0.1332	-0.0827	-0.1129	-0.071	0.2592	-0.0328	0.1331	-0.0044	0.0091	0.1584	0.0434	0.149	19.6916	-41.994	35.2264
2	7.01	0.475	-0.6715	8.3276	5.9285	8.6609	-0.1599	0.202	-0.5686	-0.0474	-0.4889	0.9982	0.2187	-0.7612	0.7689	0.2158	0.0019	0.0126	0.2369	0.0233	0.4045	3.8222	-21.95	17.7996
3	6.6007	-5.8418	1.192	7.8659	0.6041	4.777	-0.4864	-1.1765	-0.2072	0.69	0.5099	0.3574	0.0511	-0.2389	-0.0698	0.2402	-0.0295	0.0017	0.3023	-0.0036	0.2644	24.7693	-15.3852	29.1397
4	5.6312	-0.1173	1.1202	3.1829	-0.7928	4.1225	0.6435	0.4307	-0.5788	-0.0002	-0.2199	-0.5375	0.9141	0.6084	-0.5662	0.3401	0.0923	-0.0696	0.2921	0.0086	0.2969	33.1348	-25.5333	8.648
5	2.8404	-0.552	-0.1494	5.4373	-0.7631	4.9289	0.0315	0.0923	-0.2237	0.2832	-0.042	0.4433	-0.0028	-0.4735	-0.0206	0.2217	-0.0031	0.0172	0.1602	-0.0026	0.1888	8.7869	-20.5295	15.1779
6	8.7354	0.103	-3.4277	3.5957	-0.9174	5.0868	0.1056	0.478	-0.1518	-0.0489	-0.0803	0.5468	0.1882	-0.9513	-0.0113	0.2084	-0.0151	-0.0298	0.3138	-0.0365	0.1949	5.448	-19.6887	6.5911
7	3.9508	-0.7352	0.2092	0.938	0.4053	1.9318	0.0064	-0.3221	0.1348	0.1841	-0.0313	-0.0867	-0.0415	0.1084	0.0785	0.2424	-0.0171	-0.008	0.1337	0.0323	0.1696	21.0433	-15.8424	18.6122
8	5.7326	-0.109	-0.0578	2.1935	-0.0934	4.0638	0.218	-0.1259	0.2305	0.1244	-0.3558	-0.1056	-0.2879	0.291	0.1296	0.2386	-0.0243	-0.0301	0.1641	0.06	0.1892	23.7031	-17.3044	19.5901
9	7.4558	-1.5396	0.56	4.17	0.8707	4.3904	0.0443	-0.1916	-0.1127	0.2276	0.1293	0.0058	0.013	0.2074	-0.0261	0.2452	-0.0152	-0.0267	0.1386	0.0276	0.1368	24.4028	-19.4072	15.6699
10	5.1621	0.6631	0.8436	3.0147	-0.728	1.7936	-0.2898	0.4359	-0.07	-0.2238	0.1907	0.2477	0.1623	-0.084	-0.0239	0.1895	-0.0084	-0.0613	0.3079	0.0789	0.1835	7.5974	-44.6177	28.5955
11	3.3032	1.2323	-0.0577	2.3047	-1.4488	1.6446	0.2959	-0.4805	0.1697	0.3176	-0.4861	-0.3538	-0.6388	1.0803	-0.0784	0.2929	-0.1357	0.0047	0.4084	0.0338	0.2752	28.6784	-36.0115	40.7015
12	1.5958	0.7165	-0.6079	0.6973	-1.0403	1.7835	-0.2256	0.3392	-0.2403	0.0087	0.5918	1.356	0.1743	-0.1712	-0.2121	0.2569	-0.0011	0.0445	0.2468	0.0811	0.4482	-0.9791	-49.867	36.7623
13	3.9954	0.6258	1.1138	0.9883	0.7302	3.7154	-0.0507	-0.1213	0.9701	0.1869	0.0542	0.7876	-0.9007	-0.6004	0.134	0.3791	0.111	0.0904	0.2721	0.0131	0.4026	1.1125	-35.7479	39.3454
14	4.0969	1.9092	-0.0254	4.147	-0.3076	4.3898	0.1777	-0.2478	0.1044	0.0053	0.0042	0.26	-0.1967	-0.2714	-0.1627	0.1507	-0.0048	0.0373	0.2069	0.0093	0.1336	6.7395	-43.4342	46.8758
15	4.3865	-0.3189	-1.6837	0.6237	0.8945	2.4467	-0.1411	0.1432	-0.0264	-0.0725	-0.0856	-0.1077	0.313	0.1865	0.1961	0.1538	-0.0467	0.0104	0.0955	0.0061	0.1952	14.1943	-47.4568	33.0606
16	6.8975	2.9291	0.8944	4.2065	2.268	6.5118	-0.135	0.1577	-0.0811	-0.0652	0.0921	-0.2247	-0.2587	0.4396	-0.0243	0.1743	0.0009	0.0422	0.1746	0.0735	0.1282	23.3722	-43.375	30.0584

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 119 through 170 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 59 through 73 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 74 through 88 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 18 through 53 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 54 through 71 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 72 through 118 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 119 through 145 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 146 through 170 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 50 through 69 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 70 through 88 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 14 through 26 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 27 through 42 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 43 through 79 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 80 through 106 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 107 through 118 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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